137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3046 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  100 
 
 		 293 aa  590  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  51.37 
 
 		 293 aa  286  4e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  40.27 
 
 		 293 aa  265  5e-70  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  46.38 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  44.07 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  44.7 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  44.8 
 
 		 293 aa  222  7e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  46.76 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  43.49 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  44.44 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  45.04 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  39.49 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  41.44 
 
 		 291 aa  210  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  40.4 
 
 		 309 aa  208  8e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  39.8 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  39.8 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  42.81 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  42.81 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  39.18 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  39.46 
 
 		 295 aa  202  7e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.76 
 
 		 292 aa  199  3e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  40.13 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  38.72 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  39.46 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  38.14 
 
 		 292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  40.68 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  41.02 
 
 		 292 aa  195  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  38.64 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  38.05 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  38.87 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  36.27 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  39.06 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  40.45 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  36.43 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  39.67 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  39.67 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  37.08 
 
 		 292 aa  162  6e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  34.58 
 
 		 292 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  31.54 
 
 		 291 aa  159  6e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  37.89 
 
 		 257 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  29.35 
 
 		 311 aa  142  9e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  33.57 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  29.2 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  31.46 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  32.71 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  30.72 
 
 		 377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  29.35 
 
 		 373 aa  119  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  31.86 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  32.2 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  33.33 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  28.27 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.05 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  26.5 
 
 		 399 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  29.41 
 
 		 293 aa  103  5e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  29.62 
 
 		 388 aa  101  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 386 aa  98.6  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 		 380 aa  97.4  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  41.26 
 
 		 156 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 		 402 aa  75.9  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 		 409 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  26.98 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  28.27 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 		 430 aa  62.4  0.000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 		 475 aa  60.1  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.16 
 
 		 485 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2167  radical SAM family protein  26.73 
 
 		 444 aa  57  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.208329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0661  radical SAM domain-containing protein  23.31 
 
 		 438 aa  52.4  0.000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.692136  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  27.47 
 
 		 501 aa  52.4  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3233  radical SAM domain-containing protein  27.53 
 
 		 531 aa  52  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 		 474 aa  52  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0391  radical SAM domain-containing protein  26.99 
 
 		 435 aa  51.2  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0800  radical SAM domain-containing protein  22.84 
 
 		 455 aa  51.2  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.422662  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 		 705 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.79 
 
 		 473 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0228  radical SAM domain-containing protein  22.7 
 
 		 441 aa  50.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 473 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  24.87 
 
 		 473 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 503 aa  49.7  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 481 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 481 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 481 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 473 aa  49.7  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  25.26 
 
 		 473 aa  49.3  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  25.26 
 
 		 473 aa  49.3  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1323  radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 		 441 aa  49.3  0.00008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  50 
 
 		 38 aa  48.9  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  24.87 
 
 		 486 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  23.86 
 
 		 473 aa  48.9  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0595  radical SAM domain-containing protein  23.12 
 
 		 437 aa  48.5  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.063528  normal  0.361831 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 520 aa  48.5  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25 
 
 		 474 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  26.75 
 
 		 474 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 450 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  29.52 
 
 		 459 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0488  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.43 
 
 		 374 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.09 
 
 		 474 aa  47.4  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.79 
 
 		 533 aa  47  0.0004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0245  radical SAM family protein  29.17 
 
 		 502 aa  46.6  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000162793  hitchhiker  0.0000142762 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>