More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2950 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  100 
 
 		 360 aa  729    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  60.93 
 
 		 358 aa  399  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  58.93 
 
 		 339 aa  391  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  58.97 
 
 		 335 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  60.19 
 
 		 337 aa  387  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  57.69 
 
 		 340 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  58.02 
 
 		 336 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  57.69 
 
 		 340 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  57.1 
 
 		 336 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  57.48 
 
 		 351 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  59.94 
 
 		 344 aa  374  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  56.56 
 
 		 345 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  57.43 
 
 		 345 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  55.86 
 
 		 336 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  56.18 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  56.79 
 
 		 336 aa  371  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  56.97 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  55.29 
 
 		 336 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  59.09 
 
 		 341 aa  372  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  56.4 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  54.12 
 
 		 356 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  55.52 
 
 		 337 aa  363  2e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  53.24 
 
 		 340 aa  363  3e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  52.94 
 
 		 338 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  56.55 
 
 		 339 aa  356  2.9999999999999997e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  57.85 
 
 		 337 aa  356  2.9999999999999997e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  53.99 
 
 		 328 aa  354  2e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  57.99 
 
 		 338 aa  352  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  53.87 
 
 		 338 aa  352  7e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  57.05 
 
 		 338 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  54.71 
 
 		 338 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  52.62 
 
 		 331 aa  340  2.9999999999999998e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  54.66 
 
 		 333 aa  332  9e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  46.29 
 
 		 338 aa  331  1e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  55.24 
 
 		 333 aa  326  3e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  55.24 
 
 		 333 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  53.4 
 
 		 336 aa  325  9e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  52.41 
 
 		 333 aa  318  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  52.68 
 
 		 335 aa  311  1e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  51.07 
 
 		 340 aa  308  8e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  48.75 
 
 		 322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  48.12 
 
 		 322 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  53.42 
 
 		 334 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  47.99 
 
 		 323 aa  301  8.000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  50.31 
 
 		 322 aa  301  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  46.91 
 
 		 322 aa  298  8e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  48.02 
 
 		 345 aa  298  9e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  48.46 
 
 		 333 aa  297  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  44.51 
 
 		 327 aa  296  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  47.53 
 
 		 323 aa  296  4e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  48.46 
 
 		 323 aa  296  4e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  50.31 
 
 		 322 aa  295  7e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  46.3 
 
 		 322 aa  295  9e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  47.52 
 
 		 323 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  48.46 
 
 		 323 aa  293  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  48.14 
 
 		 331 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  48.14 
 
 		 331 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  48.14 
 
 		 331 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  47.34 
 
 		 348 aa  292  7e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  48.14 
 
 		 331 aa  291  9e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  48.76 
 
 		 323 aa  290  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  47.5 
 
 		 322 aa  291  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  45.89 
 
 		 323 aa  288  1e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  47.81 
 
 		 322 aa  288  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  47.52 
 
 		 341 aa  287  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  45.28 
 
 		 323 aa  287  2e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  46.27 
 
 		 323 aa  287  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  46.52 
 
 		 321 aa  286  4e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  47.83 
 
 		 331 aa  285  9e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  47.99 
 
 		 322 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  45.57 
 
 		 323 aa  284  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  46.48 
 
 		 370 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  46.48 
 
 		 370 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  46.48 
 
 		 370 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  46.48 
 
 		 370 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  46.48 
 
 		 370 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  45.4 
 
 		 322 aa  282  7.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  44.97 
 
 		 323 aa  281  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  49.21 
 
 		 322 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  47.68 
 
 		 324 aa  280  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  55.91 
 
 		 359 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  48.89 
 
 		 322 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  48.89 
 
 		 322 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  48.1 
 
 		 322 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  45.26 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  45.26 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  45.26 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  45.26 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 322 aa  277  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  47.84 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  49.84 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  45.26 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  45.26 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  46.89 
 
 		 331 aa  277  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000273118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  49.64 
 
 		 327 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  45.37 
 
 		 323 aa  277  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  44.95 
 
 		 323 aa  277  3e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  45.65 
 
 		 322 aa  276  3e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  46.89 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  45.23 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>