212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2943 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 396 aa  785    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  35.23 
 
 		 398 aa  204  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  32.58 
 
 		 388 aa  186  7e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  35.57 
 
 		 386 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  31.35 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  30.56 
 
 		 386 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  27.38 
 
 		 379 aa  144  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  30.67 
 
 		 388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  30.99 
 
 		 389 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  26.79 
 
 		 376 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  30.99 
 
 		 389 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  30.99 
 
 		 389 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  26.79 
 
 		 376 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  26.92 
 
 		 376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  28.22 
 
 		 405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  30.03 
 
 		 388 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  28.29 
 
 		 382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  28.29 
 
 		 378 aa  127  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  26.99 
 
 		 371 aa  126  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  28.04 
 
 		 402 aa  126  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  26.39 
 
 		 402 aa  125  9e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  26.39 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  28.33 
 
 		 396 aa  122  8e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  30.69 
 
 		 389 aa  122  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  30.58 
 
 		 388 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  26.53 
 
 		 388 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  28.91 
 
 		 388 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  26.99 
 
 		 380 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  27.68 
 
 		 390 aa  117  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  28.47 
 
 		 388 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  26.67 
 
 		 418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  26.3 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  28.48 
 
 		 416 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  26.4 
 
 		 389 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  26.95 
 
 		 399 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  30.79 
 
 		 392 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  25.21 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  24.73 
 
 		 391 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  27.07 
 
 		 391 aa  98.6  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  25.94 
 
 		 382 aa  98.2  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  25.9 
 
 		 418 aa  97.1  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  27.48 
 
 		 393 aa  96.3  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  27.15 
 
 		 393 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  26.82 
 
 		 399 aa  94  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  29.12 
 
 		 376 aa  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1948  permease, putative  26.39 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00215493  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  23.47 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  29.54 
 
 		 370 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  27.63 
 
 		 372 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  27.3 
 
 		 380 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  29.53 
 
 		 372 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  24.25 
 
 		 391 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  28.79 
 
 		 371 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  28.63 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  28.74 
 
 		 371 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  28.63 
 
 		 371 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  28.24 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1804  permease YjgP/YjgQ family protein  27.65 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  28.31 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  28.31 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  28.14 
 
 		 375 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  29.43 
 
 		 371 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0318  permease YjgP/YjgQ family protein  32.12 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.341931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  26.19 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  24.86 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1234  permease YjgP/YjgQ family protein  23.42 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  28.27 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  21.14 
 
 		 495 aa  67.8  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09981  putative permease  26.91 
 
 		 401 aa  67.4  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.341989 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1230  permease YjgP/YjgQ family protein  27.27 
 
 		 376 aa  67  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.494831  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  23.22 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  26.4 
 
 		 371 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  26 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  28.74 
 
 		 384 aa  66.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  23.46 
 
 		 792 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  25.63 
 
 		 379 aa  65.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  26.07 
 
 		 366 aa  65.1  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1296  permease YjgP/YjgQ family protein  26.11 
 
 		 395 aa  65.1  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00381796  normal  0.151885 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  23.29 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1695  permease YjgP/YjgQ family protein  30.58 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3538  permease YjgP/YjgQ family protein  27.15 
 
 		 375 aa  64.3  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0147965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  22.1 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  22.1 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0512  hypothetical protein  27.91 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3562  permease YjgP/YjgQ family protein  22.27 
 
 		 480 aa  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.326279 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  24.12 
 
 		 358 aa  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  22.58 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  26.89 
 
 		 358 aa  63.5  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  22.22 
 
 		 478 aa  63.5  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  21.83 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1637  permease YjgP/YjgQ  23.69 
 
 		 391 aa  63.2  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0299198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  26.32 
 
 		 366 aa  62.8  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15721  putative permease  19.71 
 
 		 386 aa  62.8  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.868052  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  29.55 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0517  permease  25.33 
 
 		 367 aa  62  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300348  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  35.37 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0593  permease-like protein  18.37 
 
 		 386 aa  61.6  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.472296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0622  permease YjgP/YjgQ family protein  23.67 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0271293  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  25.2 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  22.43 
 
 		 441 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>