More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2693 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  248  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  95.93 
 
 
123 aa  240  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1833  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
202 aa  229  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0567288  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1201  30S ribosomal protein S12  91.87 
 
 
123 aa  229  9e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.449722  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1238  30S ribosomal protein S12  91.87 
 
 
123 aa  229  9e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0981  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
123 aa  228  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.808535  normal  0.0659851 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  91.06 
 
 
123 aa  228  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1951  30S ribosomal protein S12  91.87 
 
 
123 aa  229  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00000165732  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1425  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
123 aa  228  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0469141  normal  0.0235591 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1327  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
123 aa  228  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139307  normal  0.0632073 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  226  7e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2118  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  226  8e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2157  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  226  8e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.949049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2435  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  226  8e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.141919 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1683  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  225  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1903  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  224  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.120307  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0661  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  224  4e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000291952  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0358  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  224  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0968074  normal  0.576972 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0693  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  224  4e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000127901  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2213  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  223  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  87.8 
 
 
123 aa  222  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2071  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  221  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.944717  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1674  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  221  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.230597  hitchhiker  0.0029615 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
125 aa  220  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2962  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  219  9e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.330049  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0753  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  219  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.263568 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0271  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377555  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1950  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0575  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.962051 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  218  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5075  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  217  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.27607  normal  0.189155 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0239  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  217  5e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.981172  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2290  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  216  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3453  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  216  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1359  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  216  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.604164 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3189  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.863233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1540  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  215  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3672  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1349  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  215  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.443211  hitchhiker  0.00943336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  214  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  214  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  214  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0400  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  214  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000378884  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0342  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.67081 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  213  7e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1710  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  7e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2539  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.800309  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0887  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  213  7e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000822603 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0356  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0801  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  213  9e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.208097  normal  0.232344 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  213  9e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000117432  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0318  ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  213  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000292606  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0832  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08790  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.762272  normal  0.0106283 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0711  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
136 aa  212  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.305716  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  212  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06190  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  211  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.529309  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0585  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.940946 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0926  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  212  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000117239  hitchhiker  0.000768141 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0714  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000249505  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3861  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  211  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0473  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0316  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  210  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000103775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3678  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  211  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000880258  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3921  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  211  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012429  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  210  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0275  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  211  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000516158  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0045  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  210  5.999999999999999e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000913228  hitchhiker  7.76086e-21 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2329  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  5.999999999999999e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000396371  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0371  ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.72822e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3811  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000707874  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0371  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000085622  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3538  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.3416399999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3645  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000185964  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3718  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  0.0746879 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4651  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000289179  normal  0.0331168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3753  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00207543  normal  0.0353577 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3816  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  209  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000929578  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>