More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2687 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2687  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 206 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0662732  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  62.62 
 
 		 206 aa  250  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  62.62 
 
 		 206 aa  248  6e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  61.17 
 
 		 206 aa  246  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  62.62 
 
 		 206 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  62.14 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  61.17 
 
 		 206 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  61.65 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  61.17 
 
 		 206 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1546  50S ribosomal protein L4  61.65 
 
 		 206 aa  241  7e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  61.17 
 
 		 206 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 		 206 aa  239  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  58.25 
 
 		 206 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  60.19 
 
 		 206 aa  238  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 		 206 aa  238  5.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2163  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  237  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.591953 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2441  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  237  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.527594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2124  50S ribosomal protein L4  58.25 
 
 		 206 aa  236  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2219  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 		 206 aa  235  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1717  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 		 206 aa  235  4e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0362  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 		 206 aa  235  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0277  50S ribosomal protein L4  60.19 
 
 		 205 aa  235  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.187422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  234  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2533  50S ribosomal protein L4  57.77 
 
 		 206 aa  234  8e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0247  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 		 205 aa  233  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.767965  normal  0.730186 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1677  50S ribosomal protein L4  58.25 
 
 		 206 aa  232  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1232  50S ribosomal protein L4  56.8 
 
 		 206 aa  232  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.24642  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1957  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 206 aa  231  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0135033  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1195  50S ribosomal protein L4  56.8 
 
 		 206 aa  232  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.280242  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0584  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 		 206 aa  228  4e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.745098 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1355  50S ribosomal protein L4  55.34 
 
 		 206 aa  228  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal  0.0533022 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0760  50S ribosomal protein L4  59.22 
 
 		 206 aa  224  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.536286  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2967  50S ribosomal protein L4  54.15 
 
 		 204 aa  223  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.191884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1794  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 211 aa  222  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130776  normal  0.0731355 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0667  50S ribosomal protein L4  56.8 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764856  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0699  50S ribosomal protein L4  56.8 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000231924  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2737  ribosomal protein L4/L1e  60.19 
 
 		 206 aa  220  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.508185  normal  0.224795 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1615  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 		 212 aa  218  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.140901 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1945  50S ribosomal protein L4  54.15 
 
 		 216 aa  217  7.999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0611  50S ribosomal protein L4  49.76 
 
 		 205 aa  201  8e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.937443  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0410  50S ribosomal protein L4  50.24 
 
 		 205 aa  199  3e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.498861  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0680  50S ribosomal protein L4  48.29 
 
 		 204 aa  197  1.0000000000000001e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0323983  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2817  50S ribosomal protein L4  50.24 
 
 		 208 aa  194  9e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  49.48 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1250  50S ribosomal protein L4  52.4 
 
 		 207 aa  183  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.919527  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  46.34 
 
 		 207 aa  183  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  46.57 
 
 		 207 aa  180  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  48.77 
 
 		 224 aa  180  1e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  46.57 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  47.96 
 
 		 207 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  45.59 
 
 		 207 aa  175  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1352  50S ribosomal protein L4  47.83 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0267  ribosomal protein L4  47.96 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000335514  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  45.1 
 
 		 205 aa  168  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  43.06 
 
 		 215 aa  167  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  43.22 
 
 		 206 aa  167  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  45.54 
 
 		 207 aa  164  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  45.54 
 
 		 207 aa  164  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  43.63 
 
 		 207 aa  162  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  44.83 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  43.07 
 
 		 206 aa  161  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  44.72 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 		 207 aa  155  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  43.94 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  43.63 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  42.65 
 
 		 206 aa  153  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  42.29 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 		 207 aa  151  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  39.6 
 
 		 207 aa  150  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  42.93 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  43.41 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  40.69 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  40.74 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  42.51 
 
 		 208 aa  149  4e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  43.94 
 
 		 206 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  41.24 
 
 		 206 aa  148  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  41.03 
 
 		 204 aa  148  6e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  38.12 
 
 		 207 aa  148  7e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  41.03 
 
 		 204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  41.29 
 
 		 206 aa  145  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 		 220 aa  145  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000530014  hitchhiker  0.00000000000031805 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  42.42 
 
 		 208 aa  145  3e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  40.38 
 
 		 209 aa  145  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  39.09 
 
 		 207 aa  145  6e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  40.39 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2773  50S ribosomal protein L4  40.82 
 
 		 206 aa  143  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0187174  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  38.61 
 
 		 207 aa  143  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  41.06 
 
 		 208 aa  143  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  41.71 
 
 		 208 aa  142  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>