More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2676 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2676  50S ribosomal protein L5  100 
 
 
179 aa  365  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365679  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2157  ribosomal protein L5  68.36 
 
 
179 aa  268  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.101528  normal  0.341111 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2312  50S ribosomal protein L5  65.54 
 
 
179 aa  263  8e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.237365  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2448  50S ribosomal protein L5  66.67 
 
 
180 aa  259  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.449269 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1783  50S ribosomal protein L5  69.71 
 
 
186 aa  259  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0286744  normal  0.0861525 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0417  50S ribosomal protein L5  64.97 
 
 
179 aa  256  1e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000918773  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00742  50S ribosomal protein L5  64.25 
 
 
179 aa  256  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0332  50S ribosomal protein L5  64.8 
 
 
179 aa  256  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000306823  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2806  50S ribosomal protein L5  65.14 
 
 
192 aa  255  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.452001  normal  0.44759 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1934  50S ribosomal protein L5  66.48 
 
 
185 aa  255  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.562319  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0470  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  255  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3732  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  254  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0475697  normal  0.0194704 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3624  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  254  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000930132  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3697  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  254  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000182939  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3795  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  254  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0138381  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3624  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  254  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000960301  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2360  50S ribosomal protein L5  63.84 
 
 
179 aa  254  6e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.65428  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2702  50S ribosomal protein L5  63.84 
 
 
179 aa  253  7e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2387  50S ribosomal protein L5  63.84 
 
 
179 aa  253  7e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001730  LSU ribosomal protein L5p (L11e)  63.69 
 
 
179 aa  253  8e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000273991  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0779  50S ribosomal protein L5  63.84 
 
 
179 aa  253  8e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000823313  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3747  50S ribosomal protein L5  64.25 
 
 
179 aa  253  9e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000384321  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0182  50S ribosomal protein L5  64.8 
 
 
179 aa  253  9e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000628056  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0243  50S ribosomal protein L5  63.69 
 
 
179 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3739  50S ribosomal protein L5P  62.57 
 
 
179 aa  253  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000568765  hitchhiker  0.00392049 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0160  50S ribosomal protein L5  64.25 
 
 
179 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000387746  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0417  ribosomal protein L5  62.01 
 
 
179 aa  252  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000637588  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0501  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 
178 aa  252  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000650709  hitchhiker  0.0042207 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0335  ribosomal protein L5  62.01 
 
 
179 aa  252  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0291  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 
179 aa  252  2.0000000000000002e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251494  hitchhiker  0.00000215768 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0196  50S ribosomal protein L5  63.69 
 
 
179 aa  251  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000388699  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3512  50S ribosomal protein L5  64.25 
 
 
179 aa  251  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000147954  hitchhiker  0.00000011465 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4305  50S ribosomal protein L5  63.69 
 
 
179 aa  251  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000316279  unclonable  0.0000000000574011 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0496  50S ribosomal protein L5  61.02 
 
 
178 aa  251  3e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000102637  normal  0.067435 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2162  50S ribosomal protein L5  62.57 
 
 
179 aa  251  3e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000313261  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0211  50S ribosomal protein L5  63.69 
 
 
179 aa  251  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000150399  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0072  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  251  4.0000000000000004e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000153515  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0846  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 
179 aa  251  4.0000000000000004e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0211  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  250  6e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000226613  unclonable  0.0000000000144866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0206  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  250  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000474066  hitchhiker  0.00760067 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4678  50S ribosomal protein L5  63.69 
 
 
179 aa  250  8.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000391972  unclonable  0.0000000125829 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2748  ribosomal protein L5  65.36 
 
 
185 aa  250  8.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0213845  normal  0.1254 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2321  50S ribosomal protein L5  60.45 
 
 
178 aa  250  9.000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000058995  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0208  50S ribosomal protein L5  62.57 
 
 
179 aa  249  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000274213  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4044  50S ribosomal protein L5  62.57 
 
 
179 aa  249  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000208905  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5058  ribosomal protein L5  62.71 
 
 
179 aa  250  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0491308  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0170  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  249  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000106117  hitchhiker  0.000364727 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4158  50S ribosomal protein L5  62.57 
 
 
179 aa  249  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000453128  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0212  50S ribosomal protein L5  62.57 
 
 
179 aa  249  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000287667  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1078  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 
179 aa  249  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0364811  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0879  50S ribosomal protein L5  62.57 
 
 
179 aa  248  3e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273914  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0406  50S ribosomal protein L5  63.28 
 
 
183 aa  248  4e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0381  50S ribosomal protein L5  63.28 
 
 
183 aa  248  4e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2699  ribosomal protein L5  62.15 
 
 
179 aa  248  4e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1512  ribosomal protein L5  66.1 
 
 
183 aa  248  4e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.527961  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3326  50S ribosomal protein L5  63.84 
 
 
179 aa  247  5e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000159394  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0116  50S ribosomal protein L5  62.57 
 
 
179 aa  248  5e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000121875  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0225  50S ribosomal protein L5  62.01 
 
 
179 aa  247  7e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000033393  unclonable  0.00000847343 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0298  ribosomal protein L5  63.28 
 
 
180 aa  247  8e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal  0.102158 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0227  50S ribosomal protein L5  62.01 
 
 
181 aa  246  9e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000836347  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0434  50S ribosomal protein L5  63.13 
 
 
179 aa  246  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000357124  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00950  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  246  1e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00204623  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0062  ribosomal protein L5  60.57 
 
 
180 aa  245  2e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145784  hitchhiker  1.96626e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2845  50S ribosomal protein L5  60.45 
 
 
179 aa  246  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0770  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 
180 aa  245  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000253341  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5183  50S ribosomal protein L5  62.01 
 
 
179 aa  246  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000305231  unclonable  1.92416e-25 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1261  50S ribosomal protein L5  64.57 
 
 
193 aa  246  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479244  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1626  50S ribosomal protein L5  62.86 
 
 
185 aa  245  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317826  normal  0.302656 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3305  50S ribosomal protein L5  63.64 
 
 
180 aa  246  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000419375  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0568  ribosomal protein L5  62.86 
 
 
243 aa  245  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0438  50S ribosomal protein L5  60.45 
 
 
178 aa  246  2e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121232  hitchhiker  0.000103446 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0373  50S ribosomal protein L5  65.34 
 
 
186 aa  245  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1149  ribosomal protein L5  62.86 
 
 
186 aa  245  2e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000871662  hitchhiker  0.000556767 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0117  50S ribosomal protein L5  62.01 
 
 
179 aa  245  2e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000973841  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0134  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  244  3e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.52131e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0143  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  244  3e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000984973  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0122  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  245  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000110602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0118  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  244  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000024971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0116  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  244  3e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000167515  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3167  50S ribosomal protein L5  63.07 
 
 
180 aa  245  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000061863  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2312  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 
181 aa  245  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000116558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0122  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  245  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000142561  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0613  50S ribosomal protein L5  61.58 
 
 
179 aa  245  3e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00554021  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1001  50S ribosomal protein L5  60.34 
 
 
179 aa  244  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00040162  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1727  50S ribosomal protein L5  65.34 
 
 
186 aa  244  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.208294  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1733  ribosomal protein L5  64 
 
 
180 aa  244  4e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000736649  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0331  50S ribosomal protein L5  62.71 
 
 
179 aa  244  4.9999999999999997e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.86209e-22  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4264  ribosomal protein L5  60.89 
 
 
179 aa  244  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000140666  unclonable  0.00000000000331495 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0261  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 
179 aa  244  6e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00011988  hitchhiker  0.00419611 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2522  50S ribosomal protein L5  65.91 
 
 
186 aa  244  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17040  LSU ribosomal protein L5P  62.86 
 
 
191 aa  244  6e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.000000390944  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0859  50S ribosomal protein L5  65.36 
 
 
185 aa  244  6e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246885  hitchhiker  0.001984 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2306  50S ribosomal protein L5  59.78 
 
 
179 aa  244  6.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00313059  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0326  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 
179 aa  243  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000464858  decreased coverage  0.00283063 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2827  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 
179 aa  243  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000925898  normal  0.276949 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2265  50S ribosomal protein L5  59.78 
 
 
179 aa  244  6.999999999999999e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00132272  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3632  50S ribosomal protein L5  62.15 
 
 
179 aa  243  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000391784  decreased coverage  0.00000000000159528 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0123  50S ribosomal protein L5  61.45 
 
 
179 aa  243  8e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0065  50S ribosomal protein L5  60.57 
 
 
180 aa  243  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000146206  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0153  50S ribosomal protein L5  60.89 
 
 
179 aa  243  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>