262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2627 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2627  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
201 aa  412  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752106  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0724  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  65.13 
 
 
209 aa  266  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.690849  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2478  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.33 
 
 
213 aa  265  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12705  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_004310  BR0416  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.78 
 
 
208 aa  262  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.867273  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0857  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  67.34 
 
 
222 aa  261  6e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0424  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.27 
 
 
208 aa  260  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0829  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  62.89 
 
 
212 aa  251  5.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0531  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  61.5 
 
 
216 aa  251  7e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0654  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  62.19 
 
 
216 aa  251  7e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.273077  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0594  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  61 
 
 
206 aa  250  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  61.81 
 
 
213 aa  249  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.318337  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0634  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.8 
 
 
206 aa  250  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0790  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  65.82 
 
 
208 aa  250  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.150003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1136  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  61.73 
 
 
213 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.356422 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.8 
 
 
206 aa  248  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.069325  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1389  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.69 
 
 
212 aa  248  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1205  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.2 
 
 
212 aa  248  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1311  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  62 
 
 
233 aa  245  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279184  normal  0.369294 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3130  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.27 
 
 
218 aa  244  8e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  0.139192 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0765  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.29 
 
 
213 aa  242  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0705195  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1026  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.79 
 
 
206 aa  240  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.392091  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2463  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.65 
 
 
216 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1068  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  61.86 
 
 
210 aa  237  8e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326405  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4754  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.3 
 
 
200 aa  236  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.1157  normal  0.0209318 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1307  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.65 
 
 
212 aa  236  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0048  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.51 
 
 
203 aa  232  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892754  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1088  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.16 
 
 
204 aa  228  5e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0678  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.21 
 
 
213 aa  227  7e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.595144  normal  0.101223 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0885  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.28 
 
 
193 aa  226  1e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0394  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.5 
 
 
215 aa  226  2e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.17512  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2100  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  62.94 
 
 
210 aa  225  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00869837 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3947  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.7 
 
 
207 aa  225  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.932005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4664  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.76 
 
 
214 aa  225  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.187726 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4295  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.25 
 
 
214 aa  224  8e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4813  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.22 
 
 
214 aa  221  8e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134817  normal  0.171584 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1108  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
208 aa  218  3.9999999999999997e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.536628  normal  0.458712 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0423  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.14 
 
 
211 aa  216  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190408  normal  0.079885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1067  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.16 
 
 
211 aa  216  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0332  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.23 
 
 
211 aa  209  3e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.207205 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0186  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.19 
 
 
213 aa  207  6e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626116  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0514  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.3 
 
 
212 aa  205  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.439872  normal  0.298122 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2372  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.59 
 
 
229 aa  202  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0741  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.54 
 
 
213 aa  202  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.643542  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3221  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.03 
 
 
213 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110352  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.85 
 
 
212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554957  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1481  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.27 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185446  normal  0.265561 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.79 
 
 
214 aa  196  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000501004 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2642  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.85 
 
 
212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4533  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.9 
 
 
202 aa  196  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.387891  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0728  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.3 
 
 
214 aa  194  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3944  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.06 
 
 
215 aa  191  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000793587  normal  0.125259 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2487  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.28 
 
 
214 aa  191  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2893  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
213 aa  191  9e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1436  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.02 
 
 
215 aa  190  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2568  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0155  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.02 
 
 
211 aa  190  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.923059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2592  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.27 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984906 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0787  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.28 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.222265 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2616  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.25 
 
 
265 aa  188  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000096585  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0359  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  187  8e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0016328  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0107  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  187  8e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000023808  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0659  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  187  8e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0194138  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2494  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  187  8e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00659427  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.23 
 
 
214 aa  187  1e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1243  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.49 
 
 
213 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0527508 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1061  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.040983  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3033  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.03 
 
 
199 aa  187  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.312491  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0904  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0158513  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0901  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.78 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.901665  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0557  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.22 
 
 
214 aa  186  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.365319  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0767  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.79 
 
 
212 aa  185  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.28 
 
 
212 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.25 
 
 
214 aa  185  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495337 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50800  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.49 
 
 
215 aa  185  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587779 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1988  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.25 
 
 
196 aa  184  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000145695  normal  0.0355751 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2345  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.55 
 
 
200 aa  184  8e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4331  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.98 
 
 
215 aa  184  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262405  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3713  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.58 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589399  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1020  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.04 
 
 
200 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137721  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2803  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.79 
 
 
225 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00595972  normal  0.551671 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1881  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
217 aa  180  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0858  pyridoxamine-phosphate oxidase  56.74 
 
 
220 aa  180  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.911658  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2989  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.77 
 
 
215 aa  180  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274237  normal  0.310077 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2058  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
217 aa  180  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.448099 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1229  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.98 
 
 
215 aa  179  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0848  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.98 
 
 
217 aa  178  4e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.47 
 
 
212 aa  178  4e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.410968  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4116  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.25 
 
 
215 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.225541  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1052  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.02 
 
 
200 aa  177  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0612  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.81 
 
 
199 aa  177  1e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.692449  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1148  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.75 
 
 
201 aa  176  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000148678  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2564  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.45 
 
 
212 aa  176  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.252364  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2931  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.74 
 
 
224 aa  176  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4286  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.49 
 
 
215 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2922  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.7 
 
 
211 aa  175  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.969034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1165  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.98 
 
 
215 aa  174  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1129  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.98 
 
 
215 aa  174  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00425892 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3853  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.49 
 
 
215 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0541085  normal  0.804089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>