More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2511 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  100 
 
 
686 aa  1370  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  36.43 
 
 
721 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  35.98 
 
 
674 aa  347  6e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.39 
 
 
1075 aa  276  8e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  45.24 
 
 
593 aa  276  1e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.46 
 
 
1238 aa  254  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.6 
 
 
1004 aa  253  1e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.41 
 
 
1004 aa  247  4e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  43.46 
 
 
778 aa  244  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 
915 aa  222  2e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  34.39 
 
 
1065 aa  218  2e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.58 
 
 
775 aa  214  4e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  33.75 
 
 
856 aa  203  7e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  34.14 
 
 
821 aa  181  5e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.23 
 
 
794 aa  166  1e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.28 
 
 
827 aa  163  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.17 
 
 
519 aa  163  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 
698 aa  162  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  29.32 
 
 
893 aa  162  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  37.25 
 
 
525 aa  158  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  36.25 
 
 
525 aa  157  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.31 
 
 
307 aa  150  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.05 
 
 
730 aa  149  1e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  41.85 
 
 
361 aa  149  2e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41 
 
 
578 aa  149  2e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  43.88 
 
 
378 aa  148  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  48.62 
 
 
637 aa  148  4e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.85 
 
 
413 aa  147  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.93 
 
 
917 aa  146  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.06 
 
 
324 aa  145  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.95 
 
 
1078 aa  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  46.58 
 
 
531 aa  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  32.65 
 
 
375 aa  144  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  2.17604e-05 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.24 
 
 
1037 aa  144  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.92 
 
 
710 aa  143  1e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.34 
 
 
423 aa  142  2e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  41.94 
 
 
311 aa  142  2e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  45.71 
 
 
382 aa  142  2e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  33.22 
 
 
422 aa  141  4e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.59 
 
 
1000 aa  141  4e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 
312 aa  141  4e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 
301 aa  141  4e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 
464 aa  141  5e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 
419 aa  140  8e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  40.64 
 
 
312 aa  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.74 
 
 
1094 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 
312 aa  139  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  6.33587e-07 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.86 
 
 
820 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.89 
 
 
492 aa  137  6e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 
324 aa  136  1e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  46.24 
 
 
380 aa  136  1e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.25 
 
 
312 aa  136  1e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 
642 aa  136  2e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.05 
 
 
792 aa  135  2e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  33.23 
 
 
398 aa  135  2e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.8 
 
 
422 aa  135  2e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.91935e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.22 
 
 
308 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
381 aa  135  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.33 
 
 
505 aa  135  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
311 aa  135  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  41.94 
 
 
311 aa  135  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.6 
 
 
512 aa  135  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
311 aa  135  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.22 
 
 
308 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
311 aa  135  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  41.94 
 
 
311 aa  135  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
311 aa  135  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
311 aa  135  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  29.47 
 
 
428 aa  135  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 
312 aa  134  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
336 aa  134  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 
572 aa  134  7e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.36 
 
 
438 aa  134  7e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.07 
 
 
304 aa  134  7e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  42.51 
 
 
411 aa  134  8e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
525 aa  134  8e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  44.24 
 
 
382 aa  133  1e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  34.45 
 
 
1003 aa  133  1e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.45 
 
 
1003 aa  133  1e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  31.17 
 
 
548 aa  132  2e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 
302 aa  132  2e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.85 
 
 
469 aa  132  2e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.91 
 
 
314 aa  132  2e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
401 aa  132  2e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 
315 aa  132  2e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 
407 aa  132  2e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  44.97 
 
 
502 aa  132  2e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
348 aa  132  2e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40 
 
 
319 aa  132  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  40 
 
 
323 aa  132  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 
326 aa  132  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  47.62 
 
 
496 aa  132  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.78 
 
 
890 aa  131  4e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  40.11 
 
 
1203 aa  131  4e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  46.54 
 
 
306 aa  131  5e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  41.94 
 
 
559 aa  131  5e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  5.86134e-07 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  47.06 
 
 
753 aa  131  5e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.03 
 
 
901 aa  131  5e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  3.51362e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  41.42 
 
 
435 aa  131  5e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.24 
 
 
890 aa  131  5e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>