More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2365 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  51.23 
 
 
826 aa  677    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  51.12 
 
 
844 aa  650    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  50.89 
 
 
846 aa  677    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  50 
 
 
842 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  48.53 
 
 
840 aa  689    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  49.64 
 
 
830 aa  663    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  51.25 
 
 
825 aa  660    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  50.65 
 
 
833 aa  685    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  50.94 
 
 
844 aa  677    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  50.06 
 
 
854 aa  654    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  49.88 
 
 
842 aa  656    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  49.77 
 
 
842 aa  671    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  47.28 
 
 
872 aa  660    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  49.94 
 
 
839 aa  670    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  51.63 
 
 
838 aa  681    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  53.26 
 
 
917 aa  692    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  47.18 
 
 
822 aa  639    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  48.22 
 
 
842 aa  644    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1172  ATP-dependent helicase HrpB  49.08 
 
 
863 aa  650    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  47.59 
 
 
844 aa  658    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  46.45 
 
 
842 aa  645    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 
860 aa  1645    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  48.16 
 
 
825 aa  666    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  47.26 
 
 
827 aa  649    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  43.9 
 
 
864 aa  638    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  48.87 
 
 
825 aa  661    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  48.7 
 
 
824 aa  656    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  47.82 
 
 
829 aa  644    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  51.88 
 
 
848 aa  662    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  54.26 
 
 
832 aa  731    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  47.66 
 
 
818 aa  648    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  48.02 
 
 
832 aa  648    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  51.14 
 
 
826 aa  685    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  48.63 
 
 
829 aa  652    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  48.06 
 
 
842 aa  643    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  53.81 
 
 
838 aa  693    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  51.67 
 
 
824 aa  692    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  47.79 
 
 
821 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  46.62 
 
 
877 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  48.57 
 
 
825 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  42.76 
 
 
826 aa  634  1e-180  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  50.42 
 
 
847 aa  633  1e-180  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  47.62 
 
 
828 aa  633  1e-180  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  46.49 
 
 
820 aa  630  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  51.36 
 
 
850 aa  626  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  47.19 
 
 
821 aa  624  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1306  ATP-dependent helicase HrpB  47.49 
 
 
900 aa  625  1e-177  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.493804  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  47.22 
 
 
844 aa  621  1e-176  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  48.1 
 
 
841 aa  621  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3458  ATP-dependent helicase HrpB  49.05 
 
 
798 aa  613  9.999999999999999e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  46.57 
 
 
821 aa  610  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  49.66 
 
 
837 aa  606  9.999999999999999e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  45.81 
 
 
870 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3111  ATP-dependent helicase HrpB  48.81 
 
 
808 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.577878  normal  0.0241826 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2603  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.62 
 
 
821 aa  598  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.55 
 
 
833 aa  598  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  49.23 
 
 
830 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  49.41 
 
 
834 aa  597  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  46.32 
 
 
837 aa  593  1e-168  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  47.16 
 
 
821 aa  593  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  45.4 
 
 
798 aa  593  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  49.7 
 
 
802 aa  595  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  46.9 
 
 
814 aa  590  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6547  ATP-dependent helicase HrpB  52.08 
 
 
823 aa  585  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.10181  normal  0.639209 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2013  DEAD/DEAH box helicase  48.21 
 
 
808 aa  585  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3886  ATP-dependent helicase HrpB  45.74 
 
 
834 aa  583  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.41571 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.15 
 
 
820 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0595  ATP-dependent helicase HrpB  50.42 
 
 
821 aa  581  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.420753  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0501  ATP-dependent helicase HrpB  43.09 
 
 
833 aa  580  1e-164  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0723  ATP-dependent helicase HrpB  48.63 
 
 
808 aa  582  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.336305  normal  0.341531 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41641  predicted protein  44.05 
 
 
936 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.000692526 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0565  ATP-dependent helicase  42.86 
 
 
833 aa  571  1e-161  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0554  ATP-dependent helicase HrpB  39.23 
 
 
848 aa  571  1e-161  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.164012  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002567  ATP-dependent helicase HrpB  41.34 
 
 
822 aa  572  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.26 
 
 
824 aa  559  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.14 
 
 
809 aa  556  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03270  ATP-dependent RNA helicase  46.02 
 
 
823 aa  556  1e-157  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3124  ATP-dependent helicase HrpB  42.04 
 
 
843 aa  557  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000637258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  43.78 
 
 
809 aa  552  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.02 
 
 
824 aa  554  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  43.78 
 
 
809 aa  552  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  43.9 
 
 
824 aa  549  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.9 
 
 
809 aa  552  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0632  ATP-dependent helicase HrpB  40.54 
 
 
835 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.9 
 
 
809 aa  550  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.78 
 
 
809 aa  550  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0655  ATP-dependent helicase HrpB  39.35 
 
 
846 aa  550  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.92 
 
 
824 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.66 
 
 
824 aa  548  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0205  ATP-dependent RNA helicase HrpB  44.04 
 
 
824 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.879127  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.8 
 
 
824 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0223  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.8 
 
 
824 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.42 
 
 
812 aa  544  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.68 
 
 
824 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  40.5 
 
 
835 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3869  ATP-dependent helicase HrpB  38.81 
 
 
849 aa  542  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  40.14 
 
 
835 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  40.66 
 
 
835 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.53674 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.87 
 
 
853 aa  537  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.76 
 
 
834 aa  536  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>