59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2343 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2343  hypothetical protein  100 
 
 
333 aa  659  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0179  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  99.23 
 
 
580 aa  516  1e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2433  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  46.56 
 
 
570 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0199418  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0057  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  46.72 
 
 
559 aa  192  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3119  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  34.75 
 
 
550 aa  161  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  1.41365e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4852  CRISPR-associated protein Cas1  35.9 
 
 
594 aa  152  5e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.464981  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1441  CRISPR-associated protein Cas1  35.41 
 
 
598 aa  153  5e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0376991  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2913  CRISPR-associated protein Cas1  37.24 
 
 
553 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0184071  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1478  CRISPR-associated protein Cas4  38.86 
 
 
218 aa  99.8  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.470243 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3372  hypothetical protein  38.12 
 
 
218 aa  97.4  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1717  CRISPR-associated protein Cas4  30.88 
 
 
200 aa  96.3  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0505  CRISPR-associated protein Cas4  27.54 
 
 
196 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0522  CRISPR-associated protein Cas4  27.54 
 
 
196 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00230563  hitchhiker  1.01589e-06 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2461  CRISPR-associated protein Cas4  31.86 
 
 
196 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.587961 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0605  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  39.71 
 
 
216 aa  89.7  7e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.452129 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0652  CRISPR-associated Cas4 family protein  32.99 
 
 
210 aa  84.7  2e-15  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2233  CRISPR-associated Cas4 family protein  29.8 
 
 
205 aa  83.6  5e-15  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.874224  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2974  CRISPR-associated protein Cas1  32.39 
 
 
545 aa  81.3  2e-14  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4560  CRISPR-associated protein Cas4  26.53 
 
 
194 aa  80.9  3e-14  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1859  CRISPR-associated Cas4 family protein  29.29 
 
 
193 aa  78.2  2e-13  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.343722  normal  0.533704 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3345  CRISPR-associated Cas4 family protein  33.18 
 
 
221 aa  76.3  8e-13  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0218123  normal  0.382188 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0822  CRISPR-associated protein Cas4  30.46 
 
 
206 aa  75.5  1e-12  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1625  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.25 
 
 
544 aa  74.7  2e-12  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.575155  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4175  hypothetical protein  27.78 
 
 
196 aa  73.9  3e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  1.76829e-05 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1632  CRISPR-associated protein Cas4  33.01 
 
 
218 aa  74.3  3e-12  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.98908 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0235  CRISPR-associated Cas4 family protein  32.28 
 
 
211 aa  72.4  1e-11  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3906  CRISPR-associated Cas4 family protein  32.99 
 
 
212 aa  70.9  3e-11  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.164887  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1006  CRISPR-associated Cas4 family protein  27.75 
 
 
219 aa  69.7  7e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2974  CRISPR-associated Cas4 family protein  30.05 
 
 
212 aa  67.8  3e-10  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.948346  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1006  hypothetical protein  27.8 
 
 
215 aa  67.4  3e-10  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0356084  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1937  hypothetical protein  28.86 
 
 
216 aa  67  4e-10  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.370637  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1661  CRISPR-associated protein Cas4  30.14 
 
 
214 aa  67  4e-10  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.975016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1070  hypothetical protein  28.86 
 
 
204 aa  63.9  4e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0265039 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3507  PE-PGRS family protein  29.5 
 
 
190 aa  62.8  8e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.366327 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02697  crispr-associated protein Cas4  27.41 
 
 
210 aa  62.8  8e-09  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.463213  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0793  CRISPR-associated protein Cas4  32.84 
 
 
209 aa  61.2  2e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.813459  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5519  CRISPR-associated protein Cas1  28.51 
 
 
558 aa  60.8  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.28105 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1558  CRISPR-associated Cas4 family protein  25.82 
 
 
190 aa  60.1  5e-08  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.681932  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1155  CRISPR-associated Cas4 family protein  28.08 
 
 
212 aa  60.1  6e-08  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4331  CRISPR-associated Cas4 family protein  28.64 
 
 
222 aa  59.7  6e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  8.54832e-05  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1975  CRISPR-associated protein Cas4  30.51 
 
 
255 aa  59.3  8e-08  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2652  CRISPR-associated protein Cas4  27.59 
 
 
212 aa  58.5  2e-07  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0303971  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3523  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  29.41 
 
 
218 aa  58.2  2e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2187  CRISPR-associated protein Cas4  25.84 
 
 
223 aa  58.2  2e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31590  CRISPR-associated protein Cas4  27.04 
 
 
199 aa  57.4  3e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1432  CRISPR-associated Cas4 family protein  24.64 
 
 
214 aa  56.2  7e-07  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.343364  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2723  CRISPR-associated Cas4 family protein  27.18 
 
 
208 aa  55.8  9e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3577  CRISPR-associated protein Cas4  25.25 
 
 
190 aa  55.8  9e-07  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1299  hypothetical protein  25 
 
 
214 aa  55.1  1e-06  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.938866  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0832  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  31.62 
 
 
228 aa  54.7  2e-06  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0494  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  27.23 
 
 
214 aa  55.1  2e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1975  CRISPR-associated protein Cas4  26.89 
 
 
220 aa  53.5  5e-06  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.360978  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0479  RecB family exonuclease  25.58 
 
 
234 aa  51.2  2e-05  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.957708  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3647  CRISPR-associated protein Cas4  25 
 
 
225 aa  51.6  2e-05  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0728  CRISPR-associated Cas4 family protein  29.27 
 
 
172 aa  49.7  6e-05  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1872  CRISPR-associated Cas4 family protein  27.4 
 
 
198 aa  49.7  7e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0851  CRISPR-associated exonuclease Cas4 family protein  22.97 
 
 
224 aa  45.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1481  CRISPR-associated protein Cas4  22.17 
 
 
222 aa  43.9  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1287  CRISPR-associated Cas4 family protein  21.74 
 
 
190 aa  43.5  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.826986  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>