More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2312 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  52.57 
 
 
694 aa  752  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  53.88 
 
 
711 aa  747  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  9.46048e-06 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  100 
 
 
719 aa  1458  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  53.02 
 
 
711 aa  753  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  54.78 
 
 
694 aa  770  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  53.58 
 
 
692 aa  732  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  54.59 
 
 
694 aa  737  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  47.68 
 
 
694 aa  619  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  41.16 
 
 
705 aa  559  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  41.16 
 
 
705 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  41.16 
 
 
705 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  34.85 
 
 
707 aa  343  7e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 
712 aa  287  5e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  30.27 
 
 
687 aa  283  7e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
686 aa  242  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  29.42 
 
 
686 aa  237  5e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
686 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 
685 aa  223  7e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 
685 aa  223  9e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 
685 aa  223  1e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 
685 aa  219  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 
685 aa  216  1e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 
835 aa  213  8e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 
685 aa  213  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  29.68 
 
 
685 aa  209  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 
713 aa  156  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 
697 aa  155  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 
680 aa  154  6e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 
720 aa  152  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 
747 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
741 aa  149  2e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 
695 aa  149  2e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  8.98905e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 
710 aa  146  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  26.41 
 
 
715 aa  146  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 
851 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
853 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  26.51 
 
 
695 aa  142  1e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 
666 aa  143  1e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 
704 aa  140  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 
687 aa  138  3e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
713 aa  138  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 
733 aa  137  6e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
764 aa  135  2e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
726 aa  135  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2337  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 
741 aa  135  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 
758 aa  133  1e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 
761 aa  131  4e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 
757 aa  130  1e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 
641 aa  129  2e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 
720 aa  129  2e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  27.03 
 
 
691 aa  129  2e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  24.57 
 
 
685 aa  129  2e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 
748 aa  129  2e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 
730 aa  129  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 
729 aa  128  4e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  7.50921e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 
730 aa  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  7.05013e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 
712 aa  125  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  2.26653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 
732 aa  124  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 
784 aa  124  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  23.9 
 
 
729 aa  123  1e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 
733 aa  123  1e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 
712 aa  122  2e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 
736 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 
728 aa  121  5e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3046  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 
722 aa  121  5e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.770987  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 
713 aa  120  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 
736 aa  120  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 
690 aa  120  1e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 
773 aa  120  1e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
771 aa  120  1e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 
702 aa  118  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  5.40128e-05  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  26 
 
 
700 aa  118  4e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 
775 aa  117  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  24.4 
 
 
748 aa  117  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  9.1536e-08  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 
743 aa  117  8e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 
717 aa  116  1e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
773 aa  115  2e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 
794 aa  116  2e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 
733 aa  115  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 
688 aa  114  4e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 
690 aa  114  7e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 
743 aa  114  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 
744 aa  114  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  5.83553e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 
737 aa  112  2e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 
730 aa  112  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 
724 aa  111  4e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  22.85 
 
 
776 aa  111  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 
710 aa  109  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 
743 aa  109  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 
767 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 
744 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  23.52 
 
 
743 aa  107  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 
744 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  2.23864e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 
731 aa  107  9e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 
735 aa  106  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  2.17846e-11  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 
687 aa  106  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 
732 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 
749 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  3.58025e-10  decreased coverage  1.02915e-05 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55050  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
684 aa  104  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  5.01937e-10  unclonable  1.04288e-20 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 
758 aa  103  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>