More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2275 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2275  nickel transporter permease NikC  100 
 
 
299 aa  579  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0126063  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0802  nickel transporter permease NikC  70.18 
 
 
290 aa  381  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0752  nickel transporter permease NikC  70.18 
 
 
290 aa  380  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7616  nickel transporter permease NikC  70.23 
 
 
291 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03327  nickel transporter subunit  68.4 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0237  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  68.4 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3762  nickel transporter permease NikC  68.4 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03280  hypothetical protein  68.4 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0238  nickel transporter permease NikC  68.4 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4818  nickel transporter permease NikC  68.4 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3962  nickel transporter permease NikC  68.4 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3843  nickel transporter permease NikC  68.03 
 
 
277 aa  351  7e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3677  nickel transporter permease NikC  68.4 
 
 
277 aa  350  1e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1836  nickel transporter permease NikC  68.4 
 
 
277 aa  341  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00660391 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6074  nickel transporter permease NikC  60.23 
 
 
283 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1030  nickel transporter permease NikC  56.63 
 
 
270 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3007  nickel transporter permease NikC  65.4 
 
 
281 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.524853 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1323  nickel transporter permease NikC  51.82 
 
 
277 aa  279  4e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00536272  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
373 aa  277  1e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3344  nickel transporter permease NikC  64.88 
 
 
281 aa  269  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  46.59 
 
 
283 aa  258  1e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.92 
 
 
287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
309 aa  233  3e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.03 
 
 
284 aa  226  3e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
296 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.9 
 
 
300 aa  219  5e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
295 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 
309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.13 
 
 
309 aa  211  7.999999999999999e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
308 aa  209  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0470  nickel ABC transporter, permease protein  42.8 
 
 
290 aa  207  2e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 
287 aa  206  5e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40.38 
 
 
279 aa  206  5e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.22 
 
 
310 aa  205  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
305 aa  205  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
330 aa  205  8e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.540099 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.62 
 
 
284 aa  204  1e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.02 
 
 
300 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  41.83 
 
 
282 aa  204  2e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.84 
 
 
292 aa  202  4e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 
291 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
311 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.28 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.24 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  44.84 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.37 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.63 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  44.69 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.75 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  44.84 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.63 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  44.84 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.63 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.63 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  44.84 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.24 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  43.53 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  44.44 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  44.44 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  43.53 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  43.53 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  43.53 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  44.44 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  43.53 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  43.24 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2370  peptide ABC transporter, permease protein  40.25 
 
 
292 aa  199  5e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
301 aa  199  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
469 aa  199  5e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.71 
 
 
301 aa  199  6e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
301 aa  198  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  44.76 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.7 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
300 aa  196  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
310 aa  196  5.000000000000001e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
294 aa  195  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.25 
 
 
303 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.31 
 
 
296 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
305 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
300 aa  194  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
270 aa  194  2e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
303 aa  194  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
303 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.75 
 
 
297 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
307 aa  193  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  40.23 
 
 
301 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
297 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.92 
 
 
298 aa  193  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.89 
 
 
288 aa  192  4e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>