More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2257 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
304 aa  612  1e-174  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  47.06 
 
 
309 aa  290  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
303 aa  277  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  42.3 
 
 
307 aa  270  3e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  41.97 
 
 
302 aa  261  9e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 
306 aa  260  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  46.45 
 
 
315 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 
310 aa  256  5e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 
311 aa  254  1e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
313 aa  252  5e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 
307 aa  249  5e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
301 aa  249  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 
307 aa  249  5e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 
306 aa  247  2e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 
305 aa  246  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 
305 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  43.29 
 
 
335 aa  245  5e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 
309 aa  245  7e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 
307 aa  244  9e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.28 
 
 
305 aa  240  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
302 aa  240  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
302 aa  240  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
309 aa  240  3e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
303 aa  239  6e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
303 aa  238  9e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
303 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
309 aa  236  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
305 aa  236  4e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
304 aa  234  1e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
300 aa  234  2e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
295 aa  233  4e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 
310 aa  232  5e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
298 aa  232  7e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
301 aa  231  8e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  42.48 
 
 
298 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 
305 aa  229  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 
298 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  42.24 
 
 
306 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.28 
 
 
293 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
362 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
296 aa  228  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
295 aa  228  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.8 
 
 
297 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
303 aa  228  1e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
300 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
303 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
313 aa  228  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
300 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
313 aa  227  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 
327 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 
306 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
299 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40.4 
 
 
299 aa  226  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
312 aa  226  5e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
297 aa  225  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
299 aa  225  6e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 
300 aa  225  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 
325 aa  225  6e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
313 aa  225  7e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
313 aa  225  7e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 
309 aa  225  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
306 aa  224  9e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 
328 aa  224  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 
301 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
301 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
301 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
313 aa  224  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 
300 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
316 aa  224  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
310 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
313 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
310 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
310 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  37.83 
 
 
313 aa  223  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
313 aa  223  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
294 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
337 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
294 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  37.38 
 
 
313 aa  223  4e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
301 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.2 
 
 
302 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
301 aa  222  5e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
301 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
301 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
301 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
299 aa  222  6e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
304 aa  222  6e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
301 aa  222  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
295 aa  221  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
301 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
298 aa  221  9e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
310 aa  221  9e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
307 aa  221  1e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
313 aa  221  1e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 
298 aa  221  1e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 
315 aa  221  1e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1347  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 
309 aa  221  1e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.278914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
296 aa  221  1e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.18 
 
 
300 aa  221  1e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 
313 aa  221  1e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>