More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2220 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2220  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
639 aa  1299  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0021269  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1074  excinuclease ABC subunit C  59.74 
 
 
623 aa  743  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.969621  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2652  excinuclease ABC, C subunit  56.26 
 
 
668 aa  676  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1975  excinuclease ABC subunit C  58.59 
 
 
653 aa  754  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1086  excinuclease ABC subunit C  58.08 
 
 
680 aa  732  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  5.01867e-06 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2526  excinuclease ABC subunit C  55.66 
 
 
666 aa  685  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5405  excinuclease ABC, C subunit  52.86 
 
 
688 aa  699  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4277  excinuclease ABC subunit C  57.33 
 
 
634 aa  712  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.471865 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0772  excinuclease ABC subunit C  55.7 
 
 
633 aa  671  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00962744  normal  0.347624 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2878  excinuclease ABC, C subunit  53.73 
 
 
682 aa  701  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0046  excinuclease ABC subunit C  59.87 
 
 
629 aa  758  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.714841  hitchhiker  0.00962006 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1082  excinuclease ABC subunit C  57.58 
 
 
644 aa  742  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3001  excinuclease ABC, C subunit  53.19 
 
 
700 aa  696  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1177  excinuclease ABC subunit C  55.08 
 
 
695 aa  703  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.8668  normal  0.100977 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1060  excinuclease ABC subunit C  54.86 
 
 
658 aa  690  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.41739  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3919  excinuclease ABC subunit C  59.46 
 
 
631 aa  759  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0901  excinuclease ABC subunit C  56.06 
 
 
699 aa  710  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.686054  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1712  excinuclease ABC, C subunit  52.89 
 
 
692 aa  672  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.254064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1281  excinuclease ABC subunit C  55.35 
 
 
695 aa  706  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280524  normal  0.136737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1362  excinuclease ABC subunit C  55.43 
 
 
704 aa  703  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2520  excinuclease ABC subunit C  56.42 
 
 
635 aa  735  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1434  excinuclease ABC, C subunit  53.93 
 
 
679 aa  660  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0644  excinuclease ABC subunit C  59.34 
 
 
631 aa  756  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0516  excinuclease ABC subunit C  52.7 
 
 
658 aa  692  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2589  excinuclease ABC subunit C  58.16 
 
 
691 aa  741  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0718587  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0782  excinuclease ABC subunit C  58.36 
 
 
674 aa  730  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191761  normal  0.0714693 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2735  excinuclease ABC subunit C  59.74 
 
 
623 aa  742  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.296974  normal  0.0935486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4491  excinuclease ABC subunit C  58.95 
 
 
642 aa  743  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.191027 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0690  excinuclease ABC subunit C  57.78 
 
 
690 aa  728  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.485523  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1232  excinuclease ABC subunit C  57.92 
 
 
680 aa  723  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000101228 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1728  excinuclease ABC subunit C  54.31 
 
 
688 aa  700  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0415792 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0420  excinuclease ABC subunit C  59.9 
 
 
620 aa  740  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000882939  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3146  excinuclease ABC subunit C  55.02 
 
 
690 aa  705  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.055346  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1558  excinuclease ABC subunit C  57.28 
 
 
690 aa  723  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367704  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3713  excinuclease ABC, C subunit  54.31 
 
 
668 aa  677  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2276  excinuclease ABC, C subunit  61.99 
 
 
644 aa  791  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0699  excinuclease ABC subunit C  57.62 
 
 
690 aa  727  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2859  excinuclease ABC subunit C  60.07 
 
 
623 aa  748  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.41177  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3104  excinuclease ABC, C subunit  53.73 
 
 
682 aa  701  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.299342  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2312  excinuclease ABC subunit C  61.42 
 
 
623 aa  725  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2344  excinuclease ABC, C subunit  56.57 
 
 
779 aa  539  1e-152  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.77277  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1362  excinuclease ABC subunit C  46.56 
 
 
611 aa  522  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.884945  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1879  excinuclease ABC subunit C  45.27 
 
 
617 aa  522  1e-146  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.1349e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1907  excinuclease ABC subunit C  47.84 
 
 
609 aa  518  1e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1804  excinuclease ABC subunit C  44.3 
 
 
599 aa  506  1e-142  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.919457  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0022  excinuclease ABC subunit C  43.76 
 
 
613 aa  505  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1644  excinuclease ABC subunit C  43.14 
 
 
599 aa  492  1e-138  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1598  excinuclease ABC, C subunit  44.82 
 
 
607 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.735187  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1410  excinuclease ABC subunit C  44.72 
 
 
621 aa  489  1e-137  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0154  excinuclease ABC subunit C  42.4 
 
 
605 aa  487  1e-136  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.168899  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1316  excinuclease ABC subunit C  44.72 
 
 
627 aa  488  1e-136  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.235211  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1271  excinuclease ABC subunit C  44.59 
 
 
606 aa  473  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1681  excinuclease ABC, C subunit  43.26 
 
 
626 aa  474  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4098  excinuclease ABC subunit C  43.19 
 
 
607 aa  468  1e-130  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125966  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  43.16 
 
 
603 aa  467  1e-130  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00582  excinuclease ABC subunit C  44.89 
 
 
618 aa  466  1e-130  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0979  excinuclease ABC, C subunit  44.43 
 
 
623 aa  463  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0363417 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1145  excinuclease ABC, C subunit  40.56 
 
 
613 aa  464  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000360051  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3066  excinuclease ABC subunit C  42.88 
 
 
607 aa  465  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0853  excinuclease ABC, C subunit  44.43 
 
 
608 aa  464  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1766  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 
607 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0738607  decreased coverage  0.000573829 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3374  excinuclease ABC subunit C  42.36 
 
 
607 aa  459  1e-128  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2374  excinuclease ABC subunit C  42.72 
 
 
607 aa  455  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.483342  normal  0.0306932 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1803  excinuclease ABC, C subunit  42.62 
 
 
657 aa  452  1e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0340936  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1403  excinuclease ABC subunit C  44.89 
 
 
614 aa  452  1e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.252536  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2306  excinuclease ABC subunit C  44.22 
 
 
605 aa  453  1e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.391453  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2698  excinuclease ABC subunit C  40.29 
 
 
618 aa  454  1e-126  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2614  excinuclease ABC subunit C  41.64 
 
 
608 aa  452  1e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2570  excinuclease ABC subunit C  40.13 
 
 
618 aa  454  1e-126  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30660  excinuclease ABC subunit C  41.8 
 
 
608 aa  453  1e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.385406  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2896  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 
607 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189646  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3671  excinuclease ABC subunit C  42.52 
 
 
585 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159711  hitchhiker  3.75345e-08 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0701  excinuclease ABC subunit C  44.35 
 
 
598 aa  452  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.233077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3023  excinuclease ABC, C subunit  41.69 
 
 
607 aa  446  1e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623507  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0936  excinuclease ABC subunit C  40.85 
 
 
657 aa  448  1e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.581594  normal  0.110547 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1615  excinuclease ABC subunit C  41.9 
 
 
609 aa  446  1e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000543557  normal  0.3636 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1192  excinuclease ABC, C subunit  40.54 
 
 
619 aa  448  1e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0751579  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  40.33 
 
 
612 aa  446  1e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1783  excinuclease ABC subunit C  40.59 
 
 
653 aa  447  1e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1071  excinuclease ABC subunit C  41.06 
 
 
654 aa  445  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  5.38512e-06  normal  0.216036 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1548  excinuclease ABC subunit C  41.73 
 
 
609 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  7.04584e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1001  excinuclease ABC subunit C  39.94 
 
 
657 aa  445  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73532  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25040  excinuclease ABC subunit C  42.46 
 
 
607 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1861  excinuclease ABC subunit C  41.57 
 
 
609 aa  443  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  40.72 
 
 
606 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1609  excinuclease ABC subunit C  41.57 
 
 
609 aa  439  1e-122  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.67064e-05  normal  0.0818954 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2244  excinuclease ABC subunit C  41.32 
 
 
663 aa  442  1e-122  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1954  excinuclease ABC subunit C  39.37 
 
 
609 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00983646  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2449  excinuclease ABC subunit C  40.65 
 
 
608 aa  438  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0823614  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2161  excinuclease ABC subunit C  38.86 
 
 
674 aa  435  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.263968 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2410  excinuclease ABC subunit C  39.76 
 
 
673 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.308713  hitchhiker  0.000953685 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1101  excinuclease ABC subunit C  38.29 
 
 
682 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1143  excinuclease ABC subunit C  38.49 
 
 
681 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232911  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2454  excinuclease ABC subunit C  40.49 
 
 
609 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.263996  normal  0.543932 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4255  excinuclease ABC subunit C  38.57 
 
 
677 aa  434  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.27889  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0663  excinuclease ABC subunit C  38.49 
 
 
681 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.912465  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2011  excinuclease ABC subunit C  41.31 
 
 
610 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.78771e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1627  excinuclease ABC subunit C  39.62 
 
 
649 aa  431  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2151  excinuclease ABC subunit C  40.1 
 
 
609 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.054241  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2599  excinuclease ABC subunit C  40.1 
 
 
609 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00115318  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>