More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2215 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  622  1e-177  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  62.03 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 303 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 307 aa  232  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 318 aa  231  8.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.57 
 
 		 303 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.89 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.96 
 
 		 306 aa  228  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.95 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 317 aa  227  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.05 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  42.62 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  44.55 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 304 aa  218  8.999999999999998e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.03 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.33 
 
 		 348 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  40.54 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.8 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 329 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 329 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 329 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.8 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 320 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.33 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.33 
 
 		 328 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 		 307 aa  208  9e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 		 320 aa  208  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.89 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.89 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.56 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.56 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.56 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.56 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.56 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 315 aa  205  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.56 
 
 		 321 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.33 
 
 		 322 aa  206  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.07 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  41.35 
 
 		 312 aa  205  7e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.33 
 
 		 322 aa  205  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  41.48 
 
 		 312 aa  205  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.91 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.95 
 
 		 321 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.06 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>