More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2168 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
224 aa  448  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.14 
 
 
222 aa  258  6e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.94 
 
 
214 aa  249  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61.22 
 
 
216 aa  246  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.51 
 
 
219 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.81 
 
 
220 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.25 
 
 
209 aa  241  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.31 
 
 
219 aa  236  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.79 
 
 
219 aa  236  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.08 
 
 
214 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
215 aa  234  9e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.21 
 
 
223 aa  232  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.23 
 
 
222 aa  231  8.000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.21 
 
 
223 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.04 
 
 
217 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.69 
 
 
218 aa  226  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.04 
 
 
217 aa  225  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55 
 
 
222 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.73 
 
 
216 aa  225  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.07 
 
 
212 aa  223  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.54 
 
 
217 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
220 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.5 
 
 
222 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
220 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.52 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.52 
 
 
220 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.56 
 
 
220 aa  221  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.52 
 
 
220 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.52 
 
 
220 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.46 
 
 
220 aa  221  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.52 
 
 
220 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.17 
 
 
216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.69 
 
 
218 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.94 
 
 
216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.44 
 
 
216 aa  219  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.97 
 
 
220 aa  219  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.49 
 
 
216 aa  218  5e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.25 
 
 
213 aa  217  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
217 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.25 
 
 
219 aa  217  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.52 
 
 
220 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.47 
 
 
212 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.62 
 
 
226 aa  214  7e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.33 
 
 
209 aa  214  7e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.01 
 
 
221 aa  214  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.6 
 
 
221 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.97 
 
 
205 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
216 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.04 
 
 
217 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.92 
 
 
236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.97 
 
 
205 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.89 
 
 
211 aa  212  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
210 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.72 
 
 
229 aa  209  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
209 aa  209  3e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.01 
 
 
216 aa  208  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
216 aa  208  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.4 
 
 
218 aa  205  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.06 
 
 
213 aa  204  8e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
215 aa  203  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.54 
 
 
220 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0973  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.54 
 
 
220 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.03 
 
 
220 aa  202  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0969  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.54 
 
 
220 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.27 
 
 
203 aa  201  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.51 
 
 
209 aa  201  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2488  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.12 
 
 
218 aa  201  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.062829  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.74 
 
 
220 aa  201  9e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.77 
 
 
220 aa  201  9e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.03 
 
 
220 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2110  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.03 
 
 
220 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.487388  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2656  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.03 
 
 
220 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.682807  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1031  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.03 
 
 
220 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.723337  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.2 
 
 
223 aa  198  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.31 
 
 
210 aa  197  1.0000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2956  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.52 
 
 
215 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.502503  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.68 
 
 
194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.11 
 
 
217 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1598  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.21 
 
 
217 aa  196  3e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.718303  normal  0.398382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.14 
 
 
194 aa  195  4.0000000000000005e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.57 
 
 
220 aa  195  5.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48 
 
 
212 aa  194  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.39 
 
 
218 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.135509  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.55 
 
 
212 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
245 aa  192  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.95 
 
 
216 aa  192  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.55 
 
 
218 aa  192  4e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
219 aa  192  5e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
219 aa  192  5e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
219 aa  192  5e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1976  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.32 
 
 
208 aa  191  6e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.899422  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.84 
 
 
206 aa  191  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
197 aa  191  6e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.98 
 
 
203 aa  191  6e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.83 
 
 
192 aa  191  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.69 
 
 
198 aa  191  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.03 
 
 
225 aa  190  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.43 
 
 
198 aa  190  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.55 
 
 
214 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.23 
 
 
212 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>