More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2149 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  60.28 
 
 		 863 aa  704    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  100 
 
 		 889 aa  1774    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0589  ribonuclease, Rne/Rng family  61.6 
 
 		 1009 aa  729    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000676969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  60.75 
 
 		 905 aa  646    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  56.51 
 
 		 868 aa  676    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  60.04 
 
 		 890 aa  685    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2965  ribonuclease  65.95 
 
 		 869 aa  568  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0116298  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  62.67 
 
 		 936 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  62.08 
 
 		 869 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  62.67 
 
 		 890 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0729  ribonuclease, Rne/Rng family  58.13 
 
 		 1080 aa  555  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.410807 
 
 
-
 
NC_004310  BR0912  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  57.97 
 
 		 922 aa  543  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00607829  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0931  ribonuclease  63.55 
 
 		 1005 aa  545  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.589799 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  57.94 
 
 		 906 aa  544  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1459  RNAse E  56.63 
 
 		 976 aa  545  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.00000280055  normal  0.379566 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  57.97 
 
 		 891 aa  541  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2268  ribonuclease  57.67 
 
 		 926 aa  540  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.78941  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2728  ribonuclease, Rne/Rng family  56.07 
 
 		 1053 aa  538  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.236076  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4668  ribonuclease  61.35 
 
 		 1080 aa  538  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.156996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0957  ribonuclease  58.84 
 
 		 944 aa  537  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545354  normal  0.0139882 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2539  ribonuclease E  60.7 
 
 		 890 aa  538  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.915754  normal  0.197349 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1393  ribonuclease, Rne/Rng family  59.3 
 
 		 953 aa  538  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  unclonable  0.000000823933  normal  0.119255 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1302  ribonuclease, Rne/Rng family  59.35 
 
 		 965 aa  535  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00000158665  normal  0.0123334 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3009  ribonuclease  55.76 
 
 		 1060 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00611074  normal  0.333184 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  48.77 
 
 		 984 aa  533  1e-150  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2340  ribonuclease  64.76 
 
 		 1026 aa  530  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114926  normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1720  ribonuclease E and G  62.32 
 
 		 1059 aa  530  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325079  normal  0.0192553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4204  ribonuclease E  62.91 
 
 		 1070 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1794  ribonuclease E  58.14 
 
 		 1035 aa  528  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.713418  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2854  ribonuclease  60.91 
 
 		 1029 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.541303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1822  ribonuclease  61.15 
 
 		 1039 aa  528  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  58.86 
 
 		 1045 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0393  ribonuclease  59.08 
 
 		 1092 aa  522  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3946  ribonuclease, Rne/Rng family  61.63 
 
 		 1065 aa  519  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.213913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2442  ribonuclease  60.43 
 
 		 1043 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.26344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3659  ribonuclease  61.88 
 
 		 1049 aa  521  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3952  ribonuclease, Rne/Rng family  61.88 
 
 		 1046 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0825957  normal  0.60191 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4649  ribonuclease  61.88 
 
 		 1043 aa  515  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.332201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3848  RNAse E  59.67 
 
 		 880 aa  514  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2318  ribonuclease E  62.21 
 
 		 935 aa  507  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3172  ribonuclease  58.7 
 
 		 881 aa  506  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0592866  normal  0.271417 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  46.72 
 
 		 904 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  45.56 
 
 		 1014 aa  489  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  46.79 
 
 		 1074 aa  491  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  45.93 
 
 		 1011 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  46.34 
 
 		 1175 aa  489  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  45.93 
 
 		 1008 aa  488  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  45.78 
 
 		 1042 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  46.34 
 
 		 1061 aa  484  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  46.9 
 
 		 977 aa  484  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  46.42 
 
 		 1038 aa  484  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  45.78 
 
 		 1037 aa  484  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  46.42 
 
 		 1076 aa  483  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  44.84 
 
 		 873 aa  482  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  45.4 
 
 		 1056 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  45.89 
 
 		 1041 aa  481  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  45.39 
 
 		 1096 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  46.24 
 
 		 1029 aa  479  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  47.28 
 
 		 1058 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  45.94 
 
 		 1092 aa  478  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  46.47 
 
 		 938 aa  479  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  45.39 
 
 		 1097 aa  479  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  45.32 
 
 		 1044 aa  477  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  46.24 
 
 		 1025 aa  479  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  46.34 
 
 		 1132 aa  476  1e-133  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  45.94 
 
 		 1007 aa  478  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  46.15 
 
 		 1057 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  46.79 
 
 		 998 aa  479  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  46.02 
 
 		 928 aa  477  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  45.69 
 
 		 1040 aa  475  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  45.22 
 
 		 1128 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  46.34 
 
 		 1132 aa  475  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  45.4 
 
 		 870 aa  473  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  45.02 
 
 		 1056 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  45.02 
 
 		 1053 aa  474  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  46.15 
 
 		 1073 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  45.22 
 
 		 1111 aa  476  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  45.39 
 
 		 1088 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  45.02 
 
 		 1059 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  46.9 
 
 		 1091 aa  475  1e-132  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  45.02 
 
 		 1059 aa  475  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  46.18 
 
 		 1073 aa  473  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  45.02 
 
 		 1068 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  45.02 
 
 		 1059 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  45.39 
 
 		 1087 aa  473  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  45.57 
 
 		 1141 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  45.39 
 
 		 1090 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  45.22 
 
 		 1120 aa  473  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  45.01 
 
 		 1128 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  45.39 
 
 		 1087 aa  473  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  44.63 
 
 		 1142 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  45.03 
 
 		 1082 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  45.78 
 
 		 1072 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  45.39 
 
 		 1088 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  44.82 
 
 		 1201 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  45.4 
 
 		 1065 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  45.37 
 
 		 1068 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  45.59 
 
 		 1012 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  45.59 
 
 		 1016 aa  471  1.0000000000000001e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  45.84 
 
 		 1238 aa  473  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>