More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1959 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  100 
 
 		 235 aa  473  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  50 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  34.59 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  50.41 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  44.88 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  35.81 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  48 
 
 		 210 aa  94  2e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3374  hypothetical protein  30.04 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  43.7 
 
 		 258 aa  91.3  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  33.33 
 
 		 234 aa  91.7  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3531  hypothetical protein  29.63 
 
 		 223 aa  89.7  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.786232  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  28.69 
 
 		 226 aa  89  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1571  hypothetical protein  35.86 
 
 		 211 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.794785 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  36.12 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1848  hypothetical protein  34.6 
 
 		 211 aa  86.3  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361359  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  31.56 
 
 		 202 aa  85.5  6e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0659  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 212 aa  85.9  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.815067  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0822  hypothetical protein  30.04 
 
 		 223 aa  85.5  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3844  hypothetical protein  43.38 
 
 		 212 aa  85.5  7e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.621065  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  40.59 
 
 		 208 aa  85.1  9e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  35.29 
 
 		 209 aa  85.1  9e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  38.51 
 
 		 202 aa  85.1  9e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1449  hypothetical protein  41.67 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3149  hypothetical protein  31.51 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.105264  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  37.78 
 
 		 193 aa  84.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1494  hypothetical protein  31.95 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1045  hypothetical protein  41.73 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0321486  normal  0.408994 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  45.76 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0935  hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000274693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0856  hypothetical protein  29.75 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1329  hypothetical protein  39.08 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0283  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.173391  normal  0.103255 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02622  hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0912  conserved hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000203902  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02584  hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000638386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4033  hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000488158  normal  0.75822 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6469  organic radical activating-like protein  39.61 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3099  hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000109551  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4406  hypothetical protein  39.61 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2910  hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000863859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3080  hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000477114  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2918  hypothetical protein  28.93 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.7449199999999994e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1394  hypothetical protein  39.08 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3056  organic radical activating enzyme-like protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0138  hypothetical protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.620978  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3134  organic radical activating enzyme-like protein  38.96 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.260686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2504  organic radical activating enzymes-like  38.96 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160261  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3109  radical SAM domain protein  27.69 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000108893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3173  organic radical activating enzyme-like protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.655462  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3118  organic radical activating enzymes-like protein  38.96 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0172  hypothetical protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.196863  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0153  hypothetical protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0357  GntS  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2364  hypothetical protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1837  hypothetical protein  40.83 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0997579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  35.8 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2794  hypothetical protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0162  organic radical activating protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.495618  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2285  hypothetical protein  39.61 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3115  organic radical activating enzyme-like protein  39.61 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.369286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3265  radical SAM domain-containing protein  27.69 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000025013  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3084  radical SAM domain protein  27.69 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000255818  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  37.32 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3167  hypothetical protein  27.69 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000157264  normal  0.548962 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3148  radical SAM domain-containing protein  27.69 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000734892  normal  0.311004 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  45.63 
 
 		 231 aa  81.6  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3229  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000624181  normal  0.126781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  38.96 
 
 		 210 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  29.78 
 
 		 225 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2614  organic radical activating-like protein  41.91 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0808  radical SAM domain-containing protein  27.05 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3313  radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.566212  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  37.32 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  38.78 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.465455 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0977  radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3444  radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  43.69 
 
 		 215 aa  79.7  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0526  hypothetical protein  38.69 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313091  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  46.46 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1702  Radical SAM domain protein  42.72 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.86531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4095  hypothetical protein  34.75 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  42.16 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1974  radical activating enzyme, putative  37.59 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  33.52 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1115  radical SAM domain-containing protein  42.86 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2049  radical activating enzyme  27.46 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.341171  normal  0.258883 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  36.67 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  28.38 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0922  hypothetical protein  43.33 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2960  radical SAM family protein  32.61 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1715  organic radical activating enzyme  31.91 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0221743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2177  radical SAM domain-containing protein  32.22 
 
 		 211 aa  78.6  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.401056 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0318  queuosine biosynthesis protein QueE  31.23 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.321571  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  41.22 
 
 		 260 aa  78.2  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  42.02 
 
 		 197 aa  78.2  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1782  organic radical activating enzyme  31.21 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330721  normal  0.904053 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  40.87 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0487  radical SAM domain-containing protein  33.09 
 
 		 210 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>