More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1770 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1770  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 423 aa  859    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1906  seryl-tRNA synthetase  61.47 
 
 		 425 aa  524  1e-147  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  61.94 
 
 		 426 aa  514  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 		 427 aa  513  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  60.99 
 
 		 469 aa  513  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0437  seryl-tRNA synthetase  61 
 
 		 424 aa  507  9.999999999999999e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0193411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  57.81 
 
 		 435 aa  501  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0957  seryl-tRNA synthetase  59.82 
 
 		 433 aa  503  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  60.05 
 
 		 442 aa  499  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0722  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 		 426 aa  500  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4604  seryl-tRNA synthetase  60.05 
 
 		 428 aa  497  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.547444  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  59.81 
 
 		 427 aa  497  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4234  seryl-tRNA synthetase  60.05 
 
 		 428 aa  498  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.905349 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  58.14 
 
 		 430 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  57.91 
 
 		 430 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  58.39 
 
 		 426 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  57.98 
 
 		 426 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  57.28 
 
 		 426 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  57.04 
 
 		 426 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  59.1 
 
 		 427 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  58.39 
 
 		 426 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4753  seryl-tRNA synthetase  59.1 
 
 		 428 aa  486  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.287187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  56.81 
 
 		 426 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0453  seryl-tRNA synthetase  57.67 
 
 		 430 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393606  normal  0.0512779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  58.63 
 
 		 426 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  56.81 
 
 		 426 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  56.57 
 
 		 426 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1229  seryl-tRNA synthetase  56.98 
 
 		 427 aa  482  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  57.92 
 
 		 426 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000844174 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  57.21 
 
 		 427 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  58.39 
 
 		 427 aa  484  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  59.64 
 
 		 426 aa  480  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  57.11 
 
 		 424 aa  481  1e-134  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  55.92 
 
 		 426 aa  478  1e-134  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000308686  hitchhiker  0.0000000659657 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  56.24 
 
 		 427 aa  476  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0637  seryl-tRNA synthetase  61.08 
 
 		 425 aa  472  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0919244  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4414  seryl-tRNA synthetase  56.62 
 
 		 442 aa  472  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3115  seryl-tRNA synthetase  54.01 
 
 		 474 aa  474  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.132725 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  58.64 
 
 		 431 aa  473  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0839  seryl-tRNA synthetase  54.91 
 
 		 433 aa  471  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  54.61 
 
 		 425 aa  474  1e-132  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  54.04 
 
 		 428 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2626  seryl-tRNA synthetase  53.79 
 
 		 427 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1044  seryl-tRNA synthetase  55.14 
 
 		 431 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682379 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  54.59 
 
 		 438 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1392  seryl-tRNA synthetase  57.88 
 
 		 425 aa  471  1.0000000000000001e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2429  seryl-tRNA synthetase  57.31 
 
 		 430 aa  471  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.614056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1070  seryl-tRNA synthetase  56.26 
 
 		 430 aa  468  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  54.52 
 
 		 428 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0851  seryl-tRNA synthetase  54.44 
 
 		 433 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1863  seryl-tRNA synthetase  57.08 
 
 		 431 aa  466  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.517326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  54.05 
 
 		 428 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  54.29 
 
 		 428 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2419  seryl-tRNA synthetase  55.14 
 
 		 433 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4404  seryl-tRNA synthetase  54.74 
 
 		 468 aa  465  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0454  seryl-tRNA synthetase  51.54 
 
 		 423 aa  466  9.999999999999999e-131  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.730155  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  54.21 
 
 		 433 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2742  seryl-tRNA synthetase  52.74 
 
 		 476 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51517  normal  0.290109 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3435  seryl-tRNA synthetase  55.14 
 
 		 431 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2787  seryl-tRNA synthetase  57.18 
 
 		 434 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  54.05 
 
 		 428 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  54.05 
 
 		 428 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  54.05 
 
 		 428 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0642  seryl-tRNA synthetase  54.44 
 
 		 432 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2118  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.510487  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1986  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3072  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0946131  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2702  seryl-tRNA synthetase  58.14 
 
 		 436 aa  461  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0794  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2626  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18292  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  52.8 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  53.97 
 
 		 433 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  52.8 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2986  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 433 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.340897  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3038  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  52.8 
 
 		 428 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  53.97 
 
 		 433 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  53.74 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1539  seryl-tRNA synthetase  53.99 
 
 		 428 aa  460  9.999999999999999e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000020455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1547  seryl-tRNA synthetase  54.14 
 
 		 424 aa  458  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0380  seryl-tRNA synthetase  56.56 
 
 		 421 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1565  seryl-tRNA synthetase  54.55 
 
 		 433 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.382494  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0584  seryl-tRNA synthetase  50.83 
 
 		 423 aa  459  9.999999999999999e-129  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0550  seryl-tRNA synthetase  56.56 
 
 		 421 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0012144  hitchhiker  0.0000582933 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  53.27 
 
 		 428 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2315  seryl-tRNA synthetase  54.95 
 
 		 425 aa  458  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00701941  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1699  seryl-tRNA synthetase  56.13 
 
 		 424 aa  461  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.849075 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  52.86 
 
 		 428 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 428 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 428 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2337  seryl-tRNA synthetase  53.47 
 
 		 438 aa  455  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.252974 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  52.53 
 
 		 428 aa  456  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1686  seryl-tRNA synthetase  53.49 
 
 		 430 aa  455  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.162047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0586  seryl-tRNA synthetase  56.53 
 
 		 461 aa  456  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.64934 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2681  seryl-tRNA synthetase  53.02 
 
 		 430 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.252056  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2145  seryl-tRNA synthetase  53.9 
 
 		 438 aa  458  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119162  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1616  seryl-tRNA synthetase  53.02 
 
 		 430 aa  457  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.466666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  53.02 
 
 		 430 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0994  seryl-tRNA synthetase  56.56 
 
 		 430 aa  458  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1768  seryl-tRNA synthetase  55.37 
 
 		 430 aa  457  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>