More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1702 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 374 aa  721    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  44.56 
 
 		 387 aa  272  6e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  51.44 
 
 		 322 aa  226  7e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  43.22 
 
 		 370 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  49.25 
 
 		 373 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  42.94 
 
 		 370 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  40.22 
 
 		 351 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  39.83 
 
 		 346 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  40.11 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  40.4 
 
 		 346 aa  203  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  41.48 
 
 		 373 aa  204  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  40.97 
 
 		 374 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  39.5 
 
 		 346 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  41.6 
 
 		 381 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  37.32 
 
 		 343 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  38.14 
 
 		 346 aa  185  9e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  37.54 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.44 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  35.98 
 
 		 364 aa  179  8e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  44.71 
 
 		 348 aa  176  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  35.73 
 
 		 341 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.38 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  37.11 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  45.66 
 
 		 347 aa  170  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  38.35 
 
 		 346 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  37.33 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  36.89 
 
 		 341 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  40.93 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  35.34 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  35.34 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  34.9 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  35.03 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.42 
 
 		 347 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  39.4 
 
 		 360 aa  162  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  34.6 
 
 		 354 aa  163  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  43.46 
 
 		 365 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  39.44 
 
 		 360 aa  159  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.31 
 
 		 325 aa  143  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  44.36 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  36.25 
 
 		 326 aa  133  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  41.9 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  39.23 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.52 
 
 		 395 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  39.23 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  39.81 
 
 		 327 aa  117  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  42.38 
 
 		 328 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  42.06 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.04 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.89 
 
 		 328 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  39.62 
 
 		 328 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  39.52 
 
 		 328 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  39.19 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  43.72 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.88 
 
 		 344 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  42.49 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.91 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.03 
 
 		 732 aa  108  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  44.09 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.34 
 
 		 363 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.31 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.19 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.16 
 
 		 358 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  27.39 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.53 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.19 
 
 		 343 aa  104  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.33 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.85 
 
 		 320 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.69 
 
 		 339 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  38.73 
 
 		 319 aa  103  7e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  38.73 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  36.2 
 
 		 330 aa  102  9e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  28.51 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  34.19 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.66 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.75 
 
 		 335 aa  100  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  30.12 
 
 		 389 aa  99.8  7e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.84 
 
 		 338 aa  99.8  8e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  32.97 
 
 		 562 aa  99.4  8e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.04 
 
 		 323 aa  99.4  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.97 
 
 		 570 aa  99  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0819  DNA polymerase III, subunit, putative  30.27 
 
 		 273 aa  98.2  2e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.746566  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  33.64 
 
 		 321 aa  98.6  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.6 
 
 		 320 aa  96.7  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.44 
 
 		 351 aa  97.1  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.38 
 
 		 589 aa  96.7  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.98 
 
 		 698 aa  97.1  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  32.62 
 
 		 559 aa  96.7  6e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.69 
 
 		 326 aa  96.7  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  36.32 
 
 		 396 aa  96.7  6e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.76 
 
 		 320 aa  96.3  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.27 
 
 		 351 aa  96.3  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.29 
 
 		 331 aa  96.3  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  39.13 
 
 		 321 aa  95.9  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.8 
 
 		 334 aa  95.9  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  31.75 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0194  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.76 
 
 		 614 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0993  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.08 
 
 		 325 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.124546  normal  0.376672 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.88 
 
 		 330 aa  95.1  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.49 
 
 		 370 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  30 
 
 		 345 aa  94.4  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>