More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1668 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  100 
 
 		 105 aa  209  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  79.57 
 
 		 105 aa  152  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  70.19 
 
 		 105 aa  150  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  72.16 
 
 		 100 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  70.41 
 
 		 104 aa  142  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  68.04 
 
 		 101 aa  141  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1783  integration host factor subunit alpha  71.13 
 
 		 100 aa  141  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783563  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  70.53 
 
 		 105 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0771  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 128 aa  139  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.801748  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  68.04 
 
 		 100 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2518  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 107 aa  138  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  68.04 
 
 		 100 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  68.04 
 
 		 100 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0778  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 107 aa  138  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  68.69 
 
 		 108 aa  137  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  70.53 
 
 		 105 aa  138  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  67.01 
 
 		 104 aa  138  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  68.69 
 
 		 108 aa  137  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2016  histone family protein DNA-binding protein  68.69 
 
 		 108 aa  138  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1147  integration host factor subunit alpha  68.09 
 
 		 111 aa  137  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.205645  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1408  integration host factor subunit alpha  60.19 
 
 		 106 aa  136  7.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4630  integration host factor subunit alpha  61.54 
 
 		 119 aa  136  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00633863  normal  0.0311538 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  68.04 
 
 		 102 aa  136  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  68.42 
 
 		 106 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0651  integration host factor, alpha subunit  69.89 
 
 		 112 aa  136  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00749057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2677  integration host factor subunit alpha  65.96 
 
 		 108 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00137939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1587  integration host factor subunit alpha  63 
 
 		 110 aa  135  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.526192  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3021  integration host factor subunit alpha  64 
 
 		 118 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2651  integration host factor subunit alpha  64.89 
 
 		 123 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.030982  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2687  integration host factor subunit alpha  64.89 
 
 		 123 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1287  integration host factor subunit alpha  59.22 
 
 		 112 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.921659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1198  integration host factor subunit alpha  58.25 
 
 		 112 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3378  integration host factor, alpha subunit  64.58 
 
 		 125 aa  131  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0830  integration host factor subunit alpha  61.7 
 
 		 112 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120813  normal  0.0891496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4986  histone family protein DNA-binding protein  64.95 
 
 		 105 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777024  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1631  integration host factor subunit alpha  60.64 
 
 		 112 aa  126  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  65.26 
 
 		 101 aa  125  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1417  integration host factor, alpha subunit  57.45 
 
 		 97 aa  121  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.097817  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3557  integration host factor subunit alpha  63.44 
 
 		 100 aa  120  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0639  integration host factor subunit alpha  52.94 
 
 		 103 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2365  integration host factor subunit alpha  58.89 
 
 		 98 aa  114  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3032  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  112  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.814183  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  51.55 
 
 		 99 aa  111  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0796  histone family protein DNA-binding protein  55.67 
 
 		 118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0942374 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  53.26 
 
 		 113 aa  106  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  53.33 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  53.33 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  54.44 
 
 		 99 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1739  histone family protein DNA-binding protein  54.46 
 
 		 122 aa  105  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269584  decreased coverage  0.000883525 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  104  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2994  integration host factor, alpha subunit  48.39 
 
 		 97 aa  104  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 101 aa  103  7e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  50.52 
 
 		 99 aa  103  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  48.35 
 
 		 98 aa  103  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000670658  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  46.39 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 		 92 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  48.89 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  45.74 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2619  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2186  integration host factor subunit alpha  45.74 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1826  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1718  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000312537  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  52.69 
 
 		 96 aa  101  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1166  integration host factor subunit alpha  48.94 
 
 		 136 aa  101  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.516424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  45.74 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 		 100 aa  100  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2493  integration host factor subunit alpha  46.15 
 
 		 98 aa  100  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044668  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1013  integration host factor subunit alpha  47.42 
 
 		 103 aa  100  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00925023 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  47.78 
 
 		 101 aa  100  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 93 aa  99.8  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  51.11 
 
 		 103 aa  100  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.8  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 98 aa  99.8  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  51.11 
 
 		 103 aa  100  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  48.91 
 
 		 102 aa  99.4  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 101 aa  99.8  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  44.68 
 
 		 99 aa  99.8  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>