More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1542 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.06 
 
 
497 aa  703    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0807275  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0098  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.65 
 
 
498 aa  680    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.66 
 
 
498 aa  686    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4060  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.2 
 
 
496 aa  699    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13890  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.54 
 
 
498 aa  674    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0371215  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0775  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.07 
 
 
497 aa  709    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00425927  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1091  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.12 
 
 
496 aa  645    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00014498  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.73 
 
 
496 aa  645    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000962307  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3694  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  66.4 
 
 
498 aa  700    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4104  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  68.88 
 
 
505 aa  706    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.42 
 
 
552 aa  681    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0606  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.66 
 
 
502 aa  671    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0679  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.87 
 
 
497 aa  705    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000513111  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3349  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.86 
 
 
498 aa  656    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.894288 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1185  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.12 
 
 
496 aa  646    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.773308  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0414  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  66.73 
 
 
498 aa  689    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00766  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.79 
 
 
496 aa  695    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3203  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.07 
 
 
505 aa  693    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0157  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.42 
 
 
552 aa  681    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918228  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.02 
 
 
560 aa  687    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0686  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.27 
 
 
497 aa  707    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000335425  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1097  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.42 
 
 
531 aa  679    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.856592  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0637  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.06 
 
 
497 aa  703    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000149078  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1010  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.02 
 
 
560 aa  676    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.291559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1697  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  67.87 
 
 
505 aa  692    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1083  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.92 
 
 
496 aa  639    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000148294  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1542  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  100 
 
 
499 aa  1006    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0780531  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1657  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.43 
 
 
505 aa  686    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.908997  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4566  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.06 
 
 
497 aa  702    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000243063  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0372  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.74 
 
 
501 aa  736    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3662  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  64.19 
 
 
496 aa  680    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1126  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  69.62 
 
 
496 aa  712    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2380  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  65.59 
 
 
495 aa  667    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.67 
 
 
497 aa  711    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4044  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.73 
 
 
498 aa  688    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0642  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.27 
 
 
497 aa  705    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0493  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.42 
 
 
560 aa  680    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0676107  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4052  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.07 
 
 
523 aa  687    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.87 
 
 
505 aa  692    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.174243 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1151  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.12 
 
 
496 aa  643    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11811  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3456  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.07 
 
 
505 aa  701    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146595  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4746  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  68.67 
 
 
505 aa  714    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3023  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.48 
 
 
499 aa  639    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0588426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.12 
 
 
496 aa  646    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.887195  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3730  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.87 
 
 
505 aa  692    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1453  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.42 
 
 
531 aa  680    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.454102  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  68.07 
 
 
497 aa  709    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4293  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.62 
 
 
505 aa  699    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.74921  normal  0.50186 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4593  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.53 
 
 
498 aa  663    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4314  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.07 
 
 
505 aa  687    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389944  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4438  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.42 
 
 
518 aa  695    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.68099  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3107  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  62.53 
 
 
496 aa  632  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.281488  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0965  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.92 
 
 
496 aa  632  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0738299  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0935  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.24 
 
 
501 aa  632  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0357372  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0175  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.64 
 
 
509 aa  633  1e-180  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262954  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2928  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  62.32 
 
 
496 aa  629  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0250419  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3010  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  62.32 
 
 
496 aa  628  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10059  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1113  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.32 
 
 
496 aa  624  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000656277  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1043  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.32 
 
 
496 aa  622  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205992  normal  0.342071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.2 
 
 
506 aa  622  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4215  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.45 
 
 
499 aa  624  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2399  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.56 
 
 
502 aa  622  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169024  normal  0.676059 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1138  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  63.91 
 
 
499 aa  621  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4384  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.85 
 
 
507 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.640119 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1446  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.06 
 
 
507 aa  615  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.494247  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4274  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.85 
 
 
507 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.463031  normal  0.914985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2977  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.57 
 
 
508 aa  615  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.57 
 
 
508 aa  615  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1877  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.37 
 
 
508 aa  613  9.999999999999999e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00719864 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1791  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.44 
 
 
508 aa  610  1e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0249  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  62.3 
 
 
505 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1444  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  62.1 
 
 
499 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0424754  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3524  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  62.1 
 
 
506 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.132108  normal  0.367269 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2521  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.09 
 
 
499 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2368  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.52 
 
 
504 aa  602  1.0000000000000001e-171  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1282  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.9 
 
 
499 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.24316  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02392  transmembrane aldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  62.37 
 
 
499 aa  598  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2416  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.84 
 
 
497 aa  598  1e-170  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3343  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.45 
 
 
503 aa  595  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3917  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.69 
 
 
512 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2475  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.52 
 
 
498 aa  597  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2071  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.81 
 
 
501 aa  597  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0015  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.87 
 
 
512 aa  597  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.69 
 
 
505 aa  596  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5681  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.28 
 
 
503 aa  592  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3801  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.2 
 
 
511 aa  593  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.228893  normal  0.75946 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1351  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.87 
 
 
506 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.241244  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4703  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.89 
 
 
501 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000699732  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1410  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.07 
 
 
506 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0950  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.87 
 
 
506 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3332  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.24 
 
 
505 aa  590  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1035  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.05 
 
 
506 aa  589  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3003  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.24 
 
 
503 aa  588  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.87 
 
 
506 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5814  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.12 
 
 
507 aa  586  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2175  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.39 
 
 
500 aa  585  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210117  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2117  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.51 
 
 
498 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3095  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.31 
 
 
498 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.769898  normal  0.126836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2023  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.12 
 
 
507 aa  586  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.794475  normal  0.0299094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0980  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.73 
 
 
512 aa  587  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>