263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1334 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1334  ribose-5-phosphate isomerase  100 
 
 
148 aa  305  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.126498  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1460  ribose-5-phosphate isomerase  69.44 
 
 
149 aa  212  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4584  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  67.12 
 
 
157 aa  197  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.782125  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2042  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  66.44 
 
 
159 aa  196  9e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0357  ribose-5-phosphate isomerase  63.45 
 
 
166 aa  195  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22120  Ribose 5-phosphate isomerase B protein  63.89 
 
 
157 aa  193  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2572  ribose/galactose isomerase  66.9 
 
 
153 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0410  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  63.45 
 
 
149 aa  182  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.52921 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1815  ribose 5-phosphate isomerase  62.91 
 
 
164 aa  180  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12125  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1791  ribose 5-phosphate isomerase B  62.91 
 
 
164 aa  180  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0813  ribose 5-phosphate isomerase  62.91 
 
 
164 aa  180  6e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1104  ribose 5-phosphate isomerase  62.91 
 
 
164 aa  180  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0454  ribose 5-phosphate isomerase B  62.91 
 
 
164 aa  180  6e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0359  ribose 5-phosphate isomerase B  62.91 
 
 
164 aa  180  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2077  ribose 5-phosphate isomerase  62.91 
 
 
164 aa  180  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0983  ribose-5-phosphate isomerase B  59.03 
 
 
152 aa  179  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0652  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  54.86 
 
 
149 aa  177  2.9999999999999997e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.867126  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1922  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  58.57 
 
 
153 aa  177  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1640  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  55.86 
 
 
152 aa  176  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000194465  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0747  ribose-5-phosphate isomerase B  58.33 
 
 
152 aa  176  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2150  ribose-5-phosphate isomerase B  57.24 
 
 
152 aa  173  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3422  ribose-5-phosphate isomerase B  54.42 
 
 
151 aa  170  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208549  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0952  ribose-5-phosphate isomerase B  54.42 
 
 
151 aa  170  5.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3289  ribose-5-phosphate isomerase B  54.42 
 
 
151 aa  170  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  52.41 
 
 
149 aa  156  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03270  ribose-5-phosphate isomerase  53.1 
 
 
158 aa  155  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2392  ribose-5-phosphate isomerase  49.32 
 
 
181 aa  150  7e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.73759  normal  0.0712618 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  50.69 
 
 
149 aa  145  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  50.69 
 
 
149 aa  145  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  47.92 
 
 
322 aa  144  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0809  ribose 5-phosphate isomerase B  49.31 
 
 
148 aa  143  8.000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3315  ribose-5-phosphate isomerase B  47.95 
 
 
148 aa  143  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.16807  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4178  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.61 
 
 
149 aa  143  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811694  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3427  ribose-5-phosphate isomerase B  47.95 
 
 
149 aa  142  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2385  ribose 5-phosphate isomerase B  46.9 
 
 
149 aa  141  3e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000941182  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1359  ribose-5-phosphate isomerase  49.64 
 
 
158 aa  141  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.632474  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  48.63 
 
 
152 aa  141  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0621  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  51.08 
 
 
152 aa  141  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  49.66 
 
 
148 aa  140  6e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2149  ribose-5-phosphate isomerase B  54.23 
 
 
145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2148  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  45.52 
 
 
152 aa  137  3.9999999999999997e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0757  ribose-5-phosphate isomerase B  41.78 
 
 
148 aa  135  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1638  ribose-5-phosphate isomerase B  45.83 
 
 
149 aa  135  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  45.14 
 
 
149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.85 
 
 
149 aa  133  8e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000129497  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3131  ribose-5-phosphate isomerase B  40.69 
 
 
148 aa  133  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00448812 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  45 
 
 
143 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0488  ribose-5-phosphate isomerase B  43.54 
 
 
149 aa  131  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.136003  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  44.22 
 
 
370 aa  131  3e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  43.06 
 
 
148 aa  131  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3431  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.14 
 
 
147 aa  130  3.9999999999999996e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000280792  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4652  ribose-5-phosphate isomerase B  51.41 
 
 
148 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.278077 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3746  ribose-5-phosphate isomerase B  46.09 
 
 
148 aa  130  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.307071  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2561  ribose 5-phosphate isomerase  48.3 
 
 
159 aa  130  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2606  ribose 5-phosphate isomerase  48.3 
 
 
159 aa  130  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2600  ribose 5-phosphate isomerase  48.3 
 
 
159 aa  130  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.97 
 
 
147 aa  127  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.136383 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32090  ribose 5-phosphate isomerase  47.97 
 
 
153 aa  125  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.124709  normal  0.300701 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2450  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  45.21 
 
 
149 aa  125  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.618106 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1307  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.26 
 
 
154 aa  124  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.833866  normal  0.257706 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0885  ribose 5-phosphate isomerase  46.94 
 
 
163 aa  125  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0405085  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03962  ribose-5-phosphate isomerase B  42.36 
 
 
149 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3901  ribose 5-phosphate isomerase B  42.36 
 
 
149 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03922  hypothetical protein  42.36 
 
 
149 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5073  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  42.86 
 
 
148 aa  124  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3936  ribose-5-phosphate isomerase B  42.36 
 
 
149 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4556  ribose-5-phosphate isomerase B  42.36 
 
 
149 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1117  ribose-5-phosphate isomerase B  47.66 
 
 
150 aa  124  5e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0098  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  42.66 
 
 
148 aa  122  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1313  ribose 5-phosphate isomerase B  45 
 
 
149 aa  122  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00000182185  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3745  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  42.66 
 
 
142 aa  122  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0446576  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0790  ribose 5-phosphate isomerase B  43.45 
 
 
145 aa  122  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1737  ribose 5-phosphate isomerase B  45 
 
 
143 aa  122  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1505  ribose 5-phosphate isomerase  42.95 
 
 
156 aa  122  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562135  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1664  ribose 5-phosphate isomerase B  45 
 
 
143 aa  122  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2515  ribose-5-phosphate isomerase B  46.88 
 
 
148 aa  121  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499695  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0881  ribose 5-phosphate isomerase  46.31 
 
 
165 aa  121  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.729816  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  42.86 
 
 
146 aa  121  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0972  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.78 
 
 
149 aa  120  4e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1182  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.75 
 
 
145 aa  121  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0615  ribose-5-phosphate isomerase B  46.15 
 
 
152 aa  120  5e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4071  ribose 5-phosphate isomerase  43.92 
 
 
156 aa  120  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204632  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28680  ribose 5-phosphate isomerase  47.97 
 
 
152 aa  120  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.786447  normal  0.033398 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2314  ribose-5-phosphate isomerase  44.76 
 
 
149 aa  120  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0643  ribose-5-phosphate isomerase B  46.15 
 
 
152 aa  119  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0677  ribose-5-phosphate isomerase B  46.15 
 
 
152 aa  119  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0870  ribose-5-phosphate isomerase B  48.25 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0817  ribose-5-phosphate isomerase B  48.25 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.36 
 
 
149 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2905  ribose-5-phosphate isomerase B  48.25 
 
 
152 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2837  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.96 
 
 
147 aa  118  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0185  ribose 5-phosphate isomerase  46.36 
 
 
171 aa  118  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000979367 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2239  ribose-5-phosphate isomerase  44.68 
 
 
145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2228  ribose 5-phosphate isomerase B  42.45 
 
 
147 aa  118  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000313562  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2593  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  36.55 
 
 
153 aa  118  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  40.85 
 
 
162 aa  118  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2482  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.9 
 
 
163 aa  118  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0842  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.29 
 
 
142 aa  118  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5017  ribose-5-phosphate isomerase B  42.76 
 
 
147 aa  117  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000649757  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2929  ribose 5-phosphate isomerase B  41.96 
 
 
147 aa  117  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>