More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1324 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 		 318 aa  640    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  72.78 
 
 		 318 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  72.78 
 
 		 318 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  45.07 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  44.15 
 
 		 295 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  43.69 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  43.09 
 
 		 297 aa  212  7.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  49.15 
 
 		 292 aa  212  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  45.03 
 
 		 291 aa  209  7e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  48.26 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  44.59 
 
 		 300 aa  199  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  40.45 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  43.37 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  43.38 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  42.46 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  42.53 
 
 		 334 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  47.92 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  47.92 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  42.86 
 
 		 310 aa  192  9e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  41.94 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  42.58 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  41.8 
 
 		 311 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  39.17 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  48.33 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  41.18 
 
 		 309 aa  188  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  42.81 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  46.29 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  43.75 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  43.15 
 
 		 281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  43.15 
 
 		 281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  37.11 
 
 		 283 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  39.26 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  39.26 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  39.26 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  39.26 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  39.26 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  39.26 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  39.26 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  41.8 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  47.52 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  42.62 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  41.84 
 
 		 283 aa  172  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  45.7 
 
 		 300 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  41.76 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  41.08 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  41.91 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  44.7 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  40.73 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  39.52 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  37.68 
 
 		 283 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  42.74 
 
 		 277 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  41.84 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  40.43 
 
 		 277 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  37.55 
 
 		 380 aa  152  8.999999999999999e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  38.2 
 
 		 287 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  37.94 
 
 		 287 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  34.88 
 
 		 398 aa  140  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  27.95 
 
 		 499 aa  90.5  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0585  carboxyl transferase  28.83 
 
 		 512 aa  86.7  5e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1320  carboxyl transferase  28.52 
 
 		 530 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00164381  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2881  carboxyl transferase  27.6 
 
 		 514 aa  83.2  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  30.24 
 
 		 537 aa  82  0.00000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0195606  normal  0.225361 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2907  propionyl-CoA carboxylase  30.73 
 
 		 514 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0700  carboxyl transferase  29.58 
 
 		 529 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4364  carboxyl transferase  30.36 
 
 		 541 aa  80.5  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1099  propionyl-CoA carboxylase  27.87 
 
 		 535 aa  79.7  0.00000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05890  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  28.42 
 
 		 546 aa  79.7  0.00000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.35884 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1593  carboxyl transferase  28.26 
 
 		 514 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0139637  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2555  propionyl-CoA carboxylase complex B subunit  29.08 
 
 		 534 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.117382  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0335  carboxyl transferase  27.24 
 
 		 514 aa  77  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.868559  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3495  carboxyl transferase  29.86 
 
 		 540 aa  77  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0201  carboxyl transferase  29.15 
 
 		 521 aa  76.6  0.0000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0217258  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0317  carboxyl transferase  27.24 
 
 		 514 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3166  carboxyl transferase  28.1 
 
 		 521 aa  76.3  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0567033  normal  0.702037 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1198  carboxyl transferase domain protein  28.32 
 
 		 548 aa  76.3  0.0000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000462076 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0214  carboxyl transferase  30.49 
 
 		 515 aa  76.3  0.0000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1342  carboxyl transferase  30.37 
 
 		 511 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.525317  normal  0.223983 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0792  carboxyl transferase  28.84 
 
 		 524 aa  75.9  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.224802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1317  carboxyl transferase  28.05 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0950  carboxyl transferase  29.92 
 
 		 514 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.216274 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0856  carboxyl transferase  28.63 
 
 		 527 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0690985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13833  propionyl-CoA carboxylase beta subunit 4 accD4  29.1 
 
 		 522 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0406479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3695  carboxyl transferase  28.69 
 
 		 538 aa  74.3  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411544 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0212  carboxyl transferase  30.89 
 
 		 515 aa  74.3  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1840  carboxyl transferase  28.75 
 
 		 542 aa  73.9  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.132711  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1621  Propionyl-CoA carboxylase  26.79 
 
 		 513 aa  73.9  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13309  propionyl-CoA carboxylase beta subunit 5 accD5  28.35 
 
 		 548 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1041  carboxyl transferase  31.05 
 
 		 542 aa  73.6  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4774  carboxyl transferase  27.78 
 
 		 538 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0553  carboxyl transferase  29.8 
 
 		 518 aa  73.6  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.965666  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1677  carboxyl transferase  28.06 
 
 		 542 aa  73.6  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2536  carboxyl transferase  28.37 
 
 		 531 aa  73.2  0.000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.449472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5528  carboxyl transferase  28.21 
 
 		 522 aa  73.2  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1043  carboxyl transferase  30.93 
 
 		 549 aa  72.8  0.000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.282671  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4157  carboxyl transferase  29.71 
 
 		 475 aa  72.4  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.491948 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0821  carboxyl transferase  28.87 
 
 		 536 aa  72.8  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588825  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0034  carboxyl transferase  27.5 
 
 		 516 aa  72.4  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3083  carboxyl transferase  27.5 
 
 		 516 aa  72.4  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6390  carboxyl transferase  31.16 
 
 		 543 aa  72.4  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0531526  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2466  carboxyl transferase  28.67 
 
 		 550 aa  71.6  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>