More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1312 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  58.54 
 
 
549 aa  639    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
564 aa  1139    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1757  AMP-dependent synthetase and ligase  63.35 
 
 
554 aa  716    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.384408  normal  0.62754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3792  AMP-dependent synthetase and ligase  53.22 
 
 
571 aa  607  9.999999999999999e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  45.59 
 
 
557 aa  487  1e-136  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  46.18 
 
 
566 aa  487  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  45.01 
 
 
569 aa  485  1e-136  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.3 
 
 
582 aa  478  1e-133  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.11 
 
 
561 aa  474  1e-132  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.93 
 
 
563 aa  473  1e-132  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.93 
 
 
561 aa  474  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.74 
 
 
561 aa  473  1e-132  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.74 
 
 
563 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.93 
 
 
561 aa  472  1.0000000000000001e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.36 
 
 
582 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.36 
 
 
563 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.01 
 
 
561 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.36 
 
 
563 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  45.98 
 
 
539 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0169  AMP-dependent synthetase and ligase  47.81 
 
 
554 aa  455  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.38937  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  42.54 
 
 
551 aa  457  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  43.2 
 
 
559 aa  454  1.0000000000000001e-126  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  44.11 
 
 
549 aa  450  1e-125  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  42.62 
 
 
584 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  41.49 
 
 
590 aa  440  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  40.21 
 
 
591 aa  436  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  42.34 
 
 
561 aa  437  1e-121  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  43.31 
 
 
564 aa  433  1e-120  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  43.1 
 
 
565 aa  431  1e-119  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  39.89 
 
 
578 aa  431  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  40.22 
 
 
585 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  42.78 
 
 
543 aa  426  1e-118  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  40.73 
 
 
577 aa  425  1e-117  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  40.44 
 
 
584 aa  420  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 
585 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  40.43 
 
 
573 aa  413  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  40.15 
 
 
583 aa  409  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  41.47 
 
 
567 aa  403  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0249162  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  42.62 
 
 
558 aa  405  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  43.63 
 
 
561 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 
577 aa  395  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7073  putative pimeloyl-CoA ligase pimA  41.57 
 
 
553 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  38.57 
 
 
577 aa  390  1e-107  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4237  dicarboxylate/CoA ligase PimA  41.34 
 
 
552 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  38.68 
 
 
583 aa  385  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  41.01 
 
 
564 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2791  AMP-dependent synthetase and ligase  40.99 
 
 
575 aa  388  1e-106  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.444002 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  39.47 
 
 
551 aa  375  1e-103  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.97 
 
 
583 aa  376  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0889  AMP-dependent synthetase and ligase  40.39 
 
 
560 aa  370  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0278278 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3552  AMP-dependent synthetase and ligase  39.51 
 
 
550 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  37.1 
 
 
579 aa  367  1e-100  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 
577 aa  367  1e-100  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.96 
 
 
510 aa  364  2e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.77 
 
 
510 aa  363  4e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.77 
 
 
510 aa  362  8e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.77 
 
 
510 aa  362  8e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.58 
 
 
510 aa  361  2e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  39.63 
 
 
584 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  39.63 
 
 
584 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  39.63 
 
 
584 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.58 
 
 
510 aa  360  4e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.58 
 
 
510 aa  360  5e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.77 
 
 
510 aa  359  9e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  39.23 
 
 
584 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.96 
 
 
512 aa  358  1.9999999999999998e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.2 
 
 
510 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 
544 aa  356  5.999999999999999e-97  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  39.24 
 
 
586 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 
549 aa  355  1e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.81 
 
 
510 aa  355  2e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  39.38 
 
 
604 aa  353  5e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.5 
 
 
581 aa  353  7e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  40.15 
 
 
521 aa  352  1e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  38.73 
 
 
584 aa  352  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.26 
 
 
566 aa  352  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  38.76 
 
 
584 aa  350  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2221  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.95 
 
 
562 aa  350  5e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.202713 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.97 
 
 
568 aa  349  9e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.31 
 
 
566 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  38.91 
 
 
553 aa  347  3e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  39.05 
 
 
601 aa  347  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  38.25 
 
 
583 aa  346  7e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.25 
 
 
583 aa  346  7e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.43 
 
 
561 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0110  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.08 
 
 
566 aa  345  8.999999999999999e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.963067 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  38.25 
 
 
561 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.05 
 
 
573 aa  345  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.25 
 
 
561 aa  345  1e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2529  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.52 
 
 
590 aa  345  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26444  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  38.25 
 
 
561 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17930  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.27 
 
 
574 aa  345  1e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.849454 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.25 
 
 
561 aa  345  1e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.25 
 
 
561 aa  345  1e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.73 
 
 
554 aa  344  2e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.8 
 
 
572 aa  345  2e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.06 
 
 
561 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.81 
 
 
577 aa  343  4e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 
599 aa  343  4e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.74 
 
 
590 aa  343  5e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0305097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>