More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1183 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 280 aa  557  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  53.36 
 
 		 277 aa  269  5e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 279 aa  266  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  53.76 
 
 		 293 aa  265  5.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  51.3 
 
 		 275 aa  239  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  49.26 
 
 		 282 aa  238  5.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  40.6 
 
 		 267 aa  231  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  48.06 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  48.89 
 
 		 281 aa  230  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  40.98 
 
 		 267 aa  229  4e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  47.62 
 
 		 268 aa  228  8e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3739  diaminopimelate epimerase  51.1 
 
 		 278 aa  222  4.9999999999999996e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351695 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  45.55 
 
 		 290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  47.88 
 
 		 275 aa  218  7.999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  44.29 
 
 		 297 aa  218  8.999999999999998e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  44.48 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  43.57 
 
 		 288 aa  214  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  47.86 
 
 		 274 aa  211  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  45.68 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  43.77 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  44.8 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  42.35 
 
 		 277 aa  208  9e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  43.97 
 
 		 281 aa  207  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  44.32 
 
 		 290 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  43.45 
 
 		 289 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  41.64 
 
 		 277 aa  203  2e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  45.91 
 
 		 325 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  46.53 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 		 277 aa  202  3e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  46.18 
 
 		 296 aa  202  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  48.34 
 
 		 278 aa  201  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  44.44 
 
 		 277 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  43.27 
 
 		 278 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  43.11 
 
 		 282 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  48.34 
 
 		 278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  47.6 
 
 		 276 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  45.52 
 
 		 280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  46.99 
 
 		 275 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  42.29 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1208  diaminopimelate epimerase  43.85 
 
 		 263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  41.38 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  43.75 
 
 		 277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  41.14 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  44.37 
 
 		 293 aa  195  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  42.44 
 
 		 277 aa  195  8.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  41.79 
 
 		 288 aa  195  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  41.91 
 
 		 276 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  43.43 
 
 		 278 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  40.66 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  41.4 
 
 		 284 aa  193  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  39.71 
 
 		 280 aa  192  6e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  41.24 
 
 		 292 aa  191  9e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  42.35 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  42.52 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 		 279 aa  190  2e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  42.81 
 
 		 279 aa  191  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  45.45 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  40.35 
 
 		 299 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  40.94 
 
 		 274 aa  190  2.9999999999999997e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  41.37 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  41.4 
 
 		 281 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  40.74 
 
 		 292 aa  188  8e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  42.47 
 
 		 334 aa  188  8e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  40.37 
 
 		 269 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  40.99 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  40.8 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  41.05 
 
 		 281 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  40.07 
 
 		 281 aa  186  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  40.43 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  41.34 
 
 		 288 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  41.34 
 
 		 288 aa  186  4e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  38.24 
 
 		 274 aa  186  5e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  40.22 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  43.82 
 
 		 293 aa  185  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  41.7 
 
 		 288 aa  185  8e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  39.64 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  43.15 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  41.11 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  38.23 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  41.34 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  41.67 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  43.8 
 
 		 276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 		 278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  38.83 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  41.34 
 
 		 288 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  39.29 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  38.55 
 
 		 274 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  43.46 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  40.99 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  40.99 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  40.99 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  40.99 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  40.99 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  41.07 
 
 		 323 aa  182  6e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  43.46 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  38.97 
 
 		 290 aa  182  6e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  39.26 
 
 		 269 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>