More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1128 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1128  integrase catalytic subunit  100 
 
 
280 aa  583  1e-165  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  83.94 
 
 
321 aa  358  6e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  57.58 
 
 
277 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  55.26 
 
 
321 aa  220  2e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3549  integrase catalytic region  59.22 
 
 
216 aa  220  2e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.032093 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  50.72 
 
 
316 aa  219  4e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  50.72 
 
 
316 aa  219  4e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  50.72 
 
 
316 aa  219  4e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  50.72 
 
 
316 aa  219  4e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  50.24 
 
 
316 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  50.24 
 
 
316 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  54.4 
 
 
316 aa  213  4e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  54.4 
 
 
316 aa  213  4e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  54.4 
 
 
316 aa  213  4e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  54.4 
 
 
316 aa  213  4e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  54.4 
 
 
316 aa  213  4e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  54.4 
 
 
316 aa  213  4e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  54.4 
 
 
316 aa  213  4e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  54.74 
 
 
327 aa  212  5e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  54.74 
 
 
316 aa  211  7e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  50 
 
 
320 aa  207  2e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  50.26 
 
 
319 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  50.26 
 
 
319 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  50.26 
 
 
319 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  50.26 
 
 
319 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  47.85 
 
 
463 aa  192  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  48.54 
 
 
330 aa  192  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  56.52 
 
 
329 aa  190  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  56.52 
 
 
329 aa  190  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  48.29 
 
 
330 aa  191  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  48.06 
 
 
330 aa  189  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33450  integrase, catalytic core  77.39 
 
 
185 aa  189  6e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  56.52 
 
 
286 aa  188  8e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  48.28 
 
 
330 aa  187  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  56.52 
 
 
329 aa  188  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  48.28 
 
 
330 aa  187  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  48.74 
 
 
355 aa  186  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  48.74 
 
 
348 aa  186  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0529  integrase, catalytic core  50.59 
 
 
259 aa  178  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  40.18 
 
 
320 aa  173  3e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  45 
 
 
314 aa  167  2e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  2.79647e-10 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  45 
 
 
314 aa  163  2e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2839  integrase, catalytic region  53.38 
 
 
153 aa  159  6e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.489873  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25530  Integrase, catalytic domain-containing protein  47.13 
 
 
265 aa  155  5e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1176  hypothetical protein  46.05 
 
 
284 aa  144  1e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.118975 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3472  hypothetical protein  52.8 
 
 
170 aa  132  7e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.119399 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7134  Integrase catalytic core  50 
 
 
303 aa  119  8e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4152  transposase ISRme5 (copy d)  34.55 
 
 
321 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1251  integrase catalytic subunit  34.55 
 
 
333 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1301  integrase catalytic subunit  34.55 
 
 
321 aa  115  7e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1280  integrase catalytic subunit  35.45 
 
 
463 aa  114  1e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.722165  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3709  Integrase catalytic region  33.88 
 
 
325 aa  114  2e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.108327 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0344  Integrase catalytic region  33.88 
 
 
325 aa  114  2e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  8.45152e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0917  transposase  33.15 
 
 
327 aa  110  2e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2493  transposase, putative  33.15 
 
 
325 aa  110  2e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0120  hypothetical protein  33.15 
 
 
497 aa  110  2e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2179  transposase  33.15 
 
 
325 aa  110  2e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2194  putative transposase  33.15 
 
 
329 aa  110  2e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2250  putative transposase  33.15 
 
 
333 aa  110  2e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  33.15 
 
 
441 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2660  integrase catalytic subunit  35.26 
 
 
323 aa  109  4e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.271661 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1378  putative integrase  32.61 
 
 
325 aa  108  8e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00372186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1782  putative integrase  32.61 
 
 
325 aa  108  8e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2447  integrase catalytic subunit  35.64 
 
 
238 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1631  Integrase catalytic region  32.02 
 
 
329 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1424  integrase catalytic subunit  34.57 
 
 
323 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1401  integrase catalytic subunit  34.57 
 
 
323 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2535  integrase catalytic subunit  35.11 
 
 
323 aa  102  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3767  hypothetical protein  45.79 
 
 
128 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7791  Integrase catalytic region  32.04 
 
 
323 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562755  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0443  integrase, catalytic region  49.37 
 
 
83 aa  84.3  2e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.818125 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0122  integrase, catalytic region  54.05 
 
 
221 aa  83.6  3e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0021  putative integrase  33.33 
 
 
332 aa  83.2  5e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468061 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0793  putative integrase  33.33 
 
 
343 aa  82.4  7e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.638394 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0733  transposase, putative  31.16 
 
 
229 aa  77.4  2e-13  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4022  Integrase catalytic region  30.29 
 
 
330 aa  77  3e-13  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500717  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3474  hypothetical protein  42.67 
 
 
206 aa  69.7  5e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.180544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5037  Integrase catalytic region  31.03 
 
 
274 aa  69.7  6e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5325  hypothetical protein  51.79 
 
 
197 aa  62.8  5e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.969651  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17960  integrase family protein  28.99 
 
 
422 aa  62.8  6e-09  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.259892  normal  0.82846 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4870  integrase catalytic subunit  34.29 
 
 
316 aa  62  1e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5566  integrase catalytic region  34.29 
 
 
316 aa  61.6  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0200505  normal  0.0677233 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0801  integrase catalytic region  34.29 
 
 
316 aa  62  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3295  integrase catalytic subunit  34.29 
 
 
316 aa  62  1e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102565  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6848  integrase catalytic subunit  33.33 
 
 
316 aa  60.5  3e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1393  Integrase catalytic region  24.16 
 
 
374 aa  59.7  6e-08  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000348935  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0044  Integrase catalytic region  24.06 
 
 
375 aa  59.3  7e-08  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  3.37574e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0252  transposase (class I)  38.57 
 
 
83 aa  58.9  8e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6859  integrase catalytic region  30.33 
 
 
316 aa  58.9  9e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0984063  normal  0.439407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1276  hypothetical protein  41.79 
 
 
114 aa  57.4  2e-07  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0573  integrase catalytic subunit  32.54 
 
 
597 aa  56.6  4e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0690  Integrase catalytic region  27.87 
 
 
321 aa  55.8  7e-07  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.68341e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0458  integrase catalytic subunit  28.49 
 
 
338 aa  55.5  1e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1602  Integrase catalytic region  33.02 
 
 
607 aa  55.1  1e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.090134  normal  0.142555 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0527  Integrase catalytic region  23.43 
 
 
349 aa  53.9  2e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.431816 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24520  integrase family protein  26.7 
 
 
328 aa  54.7  2e-06  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22790  integrase family protein  27.61 
 
 
318 aa  53.9  3e-06  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.582156  normal  0.782085 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4598  integrase catalytic subunit  28.08 
 
 
315 aa  53.5  4e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0485  integrase catalytic subunit  28.08 
 
 
315 aa  53.5  4e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4504  integrase catalytic subunit  28.08 
 
 
315 aa  53.5  4e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.23514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>