More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1110 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
299 aa  619  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  74.39 
 
 
295 aa  463  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  78.23 
 
 
296 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.3 
 
 
340 aa  440  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  72.6 
 
 
297 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  70.5 
 
 
295 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  70.24 
 
 
300 aa  409  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  68.17 
 
 
299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  71.89 
 
 
297 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  71.53 
 
 
297 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  71.53 
 
 
297 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  70.71 
 
 
296 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  70.71 
 
 
296 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  67.47 
 
 
299 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 
299 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  66.22 
 
 
301 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 
299 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 
299 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  66.22 
 
 
308 aa  397  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  67.62 
 
 
295 aa  394  1e-109  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  70.07 
 
 
303 aa  391  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  67.97 
 
 
299 aa  391  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  66.33 
 
 
300 aa  391  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  68.98 
 
 
303 aa  388  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  67.02 
 
 
298 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  65.65 
 
 
302 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  67.02 
 
 
298 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  67.01 
 
 
298 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  67.97 
 
 
299 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  69.64 
 
 
299 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  65.65 
 
 
302 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  67.86 
 
 
303 aa  387  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  68.61 
 
 
303 aa  385  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  70.18 
 
 
301 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  67.97 
 
 
300 aa  387  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  67.15 
 
 
299 aa  383  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  66.3 
 
 
301 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  65.03 
 
 
298 aa  376  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  64.26 
 
 
299 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  68.25 
 
 
298 aa  368  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  63 
 
 
303 aa  363  2e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  63.5 
 
 
306 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  47.81 
 
 
300 aa  265  7e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.91 
 
 
290 aa  261  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  47.81 
 
 
297 aa  260  2e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  47.27 
 
 
307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  42.36 
 
 
297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  47.04 
 
 
279 aa  251  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  47.14 
 
 
284 aa  249  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.77 
 
 
305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.31 
 
 
298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.85 
 
 
326 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.4 
 
 
292 aa  241  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  44.56 
 
 
329 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  45.16 
 
 
299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  44.64 
 
 
286 aa  237  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  48.64 
 
 
293 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  48.44 
 
 
311 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  47.66 
 
 
311 aa  236  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  44.48 
 
 
307 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.65 
 
 
285 aa  236  4e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.29 
 
 
285 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  48.64 
 
 
293 aa  235  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.65 
 
 
285 aa  235  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.27 
 
 
280 aa  235  8e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  47.66 
 
 
311 aa  235  8e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.48 
 
 
307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.48 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  46.29 
 
 
281 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.55 
 
 
280 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  43.07 
 
 
285 aa  229  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.67 
 
 
313 aa  228  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.28 
 
 
300 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.28 
 
 
300 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.28 
 
 
300 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.44 
 
 
291 aa  227  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  42.2 
 
 
285 aa  225  7e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  48.68 
 
 
291 aa  225  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  46.1 
 
 
283 aa  225  8e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  42.8 
 
 
283 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  43.48 
 
 
285 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  41.91 
 
 
284 aa  224  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  43.37 
 
 
277 aa  224  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
285 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
285 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
285 aa  224  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  42.96 
 
 
285 aa  224  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  42.8 
 
 
285 aa  223  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.06 
 
 
289 aa  224  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2721  RNA polymerase factor sigma-32  44.04 
 
 
284 aa  223  3e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  43.61 
 
 
292 aa  223  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  41.81 
 
 
285 aa  223  4e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  41.61 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  41.91 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  41.61 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  41.61 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.42 
 
 
350 aa  222  6e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  45.68 
 
 
287 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.85 
 
 
313 aa  221  9e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  41.61 
 
 
285 aa  221  9e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>