More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1041 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  619  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 304 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  49.67 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 303 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 303 aa  268  1e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  47.71 
 
 		 313 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 303 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  47.67 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  48.62 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  44.04 
 
 		 307 aa  258  8e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 335 aa  256  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 305 aa  255  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  43.71 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  43.09 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  50.16 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 300 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 310 aa  249  4e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 307 aa  248  6e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 		 298 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 304 aa  245  8e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 309 aa  245  9e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 322 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 294 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 301 aa  241  9e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.38 
 
 		 299 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 297 aa  239  5.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  238  8e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  41.25 
 
 		 301 aa  237  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  39.07 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 297 aa  236  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 310 aa  236  3e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  46.2 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 310 aa  236  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.96 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  43.71 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  42.35 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 316 aa  232  6e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  46.36 
 
 		 305 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  41.02 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 		 367 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 367 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 351 aa  229  3e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 312 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 298 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4131  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.67 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 296 aa  229  6e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 351 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 351 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 351 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 351 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 351 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 362 aa  228  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 351 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  43.48 
 
 		 351 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 289 aa  228  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>