More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0993 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  100 
 
 
600 aa  1221    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  51.91 
 
 
584 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  51.21 
 
 
576 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  50.34 
 
 
583 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  50.68 
 
 
580 aa  535  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  50.17 
 
 
582 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  47.73 
 
 
627 aa  522  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  47.66 
 
 
545 aa  520  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  47.66 
 
 
545 aa  520  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  48.36 
 
 
608 aa  512  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  49 
 
 
580 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  48.58 
 
 
597 aa  501  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  47.49 
 
 
599 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  45.14 
 
 
593 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  45.83 
 
 
569 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  45.33 
 
 
572 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  44.44 
 
 
547 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  42.83 
 
 
581 aa  435  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  44.01 
 
 
525 aa  414  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  47.76 
 
 
581 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  47.76 
 
 
581 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  46.91 
 
 
582 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6232  transcriptional regulator NifA  42.13 
 
 
541 aa  386  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4925  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.17 
 
 
360 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  44.52 
 
 
507 aa  360  3e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40 
 
 
529 aa  360  3e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  39.65 
 
 
532 aa  357  5e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.21 
 
 
544 aa  350  4e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5044  transcriptional regulator, Fis family  51.32 
 
 
361 aa  349  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000694611  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  46.07 
 
 
524 aa  349  9e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  42.34 
 
 
537 aa  347  3e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.2 
 
 
542 aa  344  2e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  46.56 
 
 
511 aa  345  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.21 
 
 
544 aa  343  4e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.33 
 
 
579 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  41 
 
 
549 aa  340  4e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  40.04 
 
 
545 aa  340  4e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.47 
 
 
543 aa  339  9e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  43.54 
 
 
539 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  44.97 
 
 
522 aa  336  9e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  44.92 
 
 
533 aa  335  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  44.57 
 
 
549 aa  332  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  44.75 
 
 
522 aa  331  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  42.96 
 
 
510 aa  330  4e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  42.89 
 
 
537 aa  330  6e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.86 
 
 
539 aa  330  6e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  45.61 
 
 
485 aa  323  5e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.93 
 
 
535 aa  323  6e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.35 
 
 
561 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.54 
 
 
522 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  44.7 
 
 
515 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.92 
 
 
508 aa  318  2e-85  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  41.88 
 
 
517 aa  316  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.15 
 
 
538 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  42.18 
 
 
531 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40.92 
 
 
534 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  41.63 
 
 
508 aa  311  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.25 
 
 
533 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.08 
 
 
535 aa  310  4e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.86 
 
 
502 aa  308  2.0000000000000002e-82  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.28 
 
 
527 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.64 
 
 
517 aa  306  6e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  41.82 
 
 
493 aa  304  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  42 
 
 
550 aa  300  4e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  37.95 
 
 
566 aa  297  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  41.48 
 
 
576 aa  296  5e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.69 
 
 
546 aa  296  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  39.59 
 
 
529 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.89 
 
 
480 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  55.19 
 
 
473 aa  290  4e-77  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.78 
 
 
502 aa  289  8e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  33.74 
 
 
547 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  50 
 
 
455 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.59 
 
 
485 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.59 
 
 
483 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.59 
 
 
483 aa  286  7e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.9 
 
 
653 aa  286  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.55 
 
 
455 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.45 
 
 
458 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  59.49 
 
 
466 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.51 
 
 
635 aa  283  7.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.82 
 
 
495 aa  283  8.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.44 
 
 
458 aa  282  1e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.96 
 
 
451 aa  282  1e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.09 
 
 
458 aa  282  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.3 
 
 
477 aa  282  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  52.54 
 
 
466 aa  281  2e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.5 
 
 
522 aa  281  2e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.47 
 
 
480 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.038607 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.9 
 
 
693 aa  281  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.66 
 
 
501 aa  280  4e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  39.46 
 
 
688 aa  280  5e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.14 
 
 
472 aa  280  5e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  59.34 
 
 
459 aa  280  5e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  57.98 
 
 
461 aa  280  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  60.61 
 
 
459 aa  280  6e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  57.98 
 
 
461 aa  279  9e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.98 
 
 
461 aa  279  1e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  57.98 
 
 
461 aa  279  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  57.98 
 
 
461 aa  279  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>