More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0762 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  100 
 
 		 484 aa  997    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 		 461 aa  263  4e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  34.82 
 
 		 459 aa  258  1e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  30.3 
 
 		 470 aa  205  1e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  32.13 
 
 		 529 aa  195  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  32.58 
 
 		 520 aa  191  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.83 
 
 		 472 aa  186  7e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.46 
 
 		 489 aa  183  6e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  31.79 
 
 		 488 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  32.15 
 
 		 556 aa  181  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.97 
 
 		 472 aa  179  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.38 
 
 		 473 aa  177  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  30.79 
 
 		 487 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.54 
 
 		 563 aa  173  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.84 
 
 		 472 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.8 
 
 		 512 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 		 459 aa  169  1e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.87 
 
 		 564 aa  167  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.52 
 
 		 554 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  30.59 
 
 		 471 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  31.93 
 
 		 553 aa  159  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.9 
 
 		 484 aa  157  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.54 
 
 		 462 aa  156  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.49 
 
 		 487 aa  155  1e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  27.59 
 
 		 552 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  30.22 
 
 		 518 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  28.57 
 
 		 461 aa  154  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  31.75 
 
 		 564 aa  153  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.25 
 
 		 441 aa  150  6e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.76 
 
 		 473 aa  147  5e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.34 
 
 		 441 aa  147  5e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 		 533 aa  145  2e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  27.53 
 
 		 501 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  29.11 
 
 		 444 aa  143  7e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  24.03 
 
 		 576 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  23.82 
 
 		 576 aa  141  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 		 521 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 506 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 506 aa  140  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 		 469 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 506 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.78 
 
 		 485 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  29.47 
 
 		 458 aa  138  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  27.58 
 
 		 520 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 		 450 aa  136  9e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.54 
 
 		 520 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.94 
 
 		 524 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 		 502 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  25.47 
 
 		 425 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  27.32 
 
 		 467 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  27.35 
 
 		 548 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.46 
 
 		 451 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  28.34 
 
 		 503 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  23.25 
 
 		 583 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 		 723 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  28.76 
 
 		 426 aa  131  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.95 
 
 		 567 aa  131  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.93 
 
 		 548 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  27.68 
 
 		 494 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  27.68 
 
 		 494 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 		 507 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  26.94 
 
 		 494 aa  129  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.21 
 
 		 558 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.85 
 
 		 681 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  25.51 
 
 		 516 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 488 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.69 
 
 		 609 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  25.31 
 
 		 534 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  26.55 
 
 		 501 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3359  Radical SAM domain protein  21.7 
 
 		 539 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 		 461 aa  126  9e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 		 468 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  28.9 
 
 		 1250 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  26.68 
 
 		 494 aa  126  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.44 
 
 		 569 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  26.63 
 
 		 475 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  32.07 
 
 		 476 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.53 
 
 		 473 aa  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.77 
 
 		 535 aa  123  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.22 
 
 		 473 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  25.69 
 
 		 547 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.96 
 
 		 476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.46 
 
 		 580 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.34 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.53 
 
 		 647 aa  121  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  28.57 
 
 		 618 aa  121  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  31.08 
 
 		 476 aa  121  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.57 
 
 		 674 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  26.53 
 
 		 474 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.19 
 
 		 609 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.48 
 
 		 566 aa  117  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.06 
 
 		 608 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  26.42 
 
 		 424 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  28.5 
 
 		 577 aa  116  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  26.71 
 
 		 545 aa  116  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.57 
 
 		 546 aa  116  8.999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  27.6 
 
 		 501 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.13 
 
 		 546 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>