More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0737 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  100 
 
 
246 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  50.62 
 
 
253 aa  206  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  48.77 
 
 
258 aa  198  6e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  46.75 
 
 
262 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  46.47 
 
 
262 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  46.25 
 
 
255 aa  186  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  46.81 
 
 
270 aa  183  2e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  47.72 
 
 
255 aa  182  5e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  47.19 
 
 
236 aa  181  9e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  47.28 
 
 
255 aa  181  9e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  46.38 
 
 
271 aa  181  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  46.47 
 
 
262 aa  177  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  50.21 
 
 
271 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  45.19 
 
 
264 aa  176  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  47.72 
 
 
255 aa  175  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  48.05 
 
 
267 aa  175  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  43.33 
 
 
255 aa  175  6e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  47.7 
 
 
254 aa  172  3e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  46.06 
 
 
268 aa  171  8e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  47.92 
 
 
272 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  44.02 
 
 
242 aa  168  7e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  44.92 
 
 
243 aa  167  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  49.36 
 
 
270 aa  164  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  42.44 
 
 
258 aa  163  2e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  47.66 
 
 
217 aa  162  4e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  41.42 
 
 
258 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  41.15 
 
 
269 aa  160  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  46.32 
 
 
248 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  48.82 
 
 
215 aa  155  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  30.74 
 
 
230 aa  154  9e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  46.75 
 
 
260 aa  153  3e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  44.16 
 
 
258 aa  150  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  32.47 
 
 
230 aa  150  1e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  43.29 
 
 
240 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  42.86 
 
 
240 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  47.19 
 
 
269 aa  147  2e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  43.72 
 
 
240 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  50.21 
 
 
264 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  38.21 
 
 
243 aa  141  8e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  49.79 
 
 
279 aa  140  2e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  8.49043e-05 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  38.26 
 
 
229 aa  139  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  38.82 
 
 
242 aa  137  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  42.31 
 
 
258 aa  137  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  39.32 
 
 
251 aa  135  5e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  39.33 
 
 
238 aa  133  2e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  37.18 
 
 
247 aa  131  1e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  36.17 
 
 
279 aa  130  2e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  36.82 
 
 
238 aa  130  2e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  42.74 
 
 
245 aa  123  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  38.14 
 
 
244 aa  123  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  37.56 
 
 
239 aa  120  2e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  32.91 
 
 
227 aa  118  7e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  37.33 
 
 
244 aa  118  8e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  36.89 
 
 
244 aa  117  1e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  39.6 
 
 
247 aa  117  2e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  37.17 
 
 
245 aa  115  9e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  34.98 
 
 
239 aa  114  1e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  33.9 
 
 
245 aa  114  2e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  34.74 
 
 
239 aa  114  2e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.22 
 
 
233 aa  114  2e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  39.92 
 
 
262 aa  114  2e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  35.4 
 
 
259 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  36.84 
 
 
246 aa  112  4e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  35.74 
 
 
249 aa  112  5e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  38.03 
 
 
228 aa  112  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  37.6 
 
 
241 aa  110  2e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  36.52 
 
 
251 aa  110  2e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  33.91 
 
 
239 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  28.51 
 
 
245 aa  110  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.03 
 
 
246 aa  109  4e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  32.37 
 
 
233 aa  109  5e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  27.43 
 
 
270 aa  109  5e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  33.61 
 
 
233 aa  108  8e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  40.86 
 
 
213 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  38.42 
 
 
233 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  32.39 
 
 
245 aa  107  2e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  40.44 
 
 
238 aa  106  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  35.54 
 
 
256 aa  106  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  36.75 
 
 
243 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0165  phosphoribosyltransferase  38.52 
 
 
223 aa  105  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  2.98653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  34.8 
 
 
233 aa  104  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  30.2 
 
 
296 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  33.73 
 
 
247 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  2.28235e-09  hitchhiker  2.30998e-07 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  39.04 
 
 
241 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2240  phosphoribosyltransferase  31.6 
 
 
230 aa  102  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  31.58 
 
 
286 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  38.96 
 
 
230 aa  102  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  38.79 
 
 
299 aa  102  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  36.75 
 
 
243 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  30.21 
 
 
236 aa  100  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  34.65 
 
 
237 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  35.47 
 
 
233 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  36.8 
 
 
241 aa  100  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  39.83 
 
 
227 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  34.65 
 
 
263 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  35.37 
 
 
242 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  33.04 
 
 
293 aa  99.8  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  30.99 
 
 
232 aa  100  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  35.29 
 
 
233 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0877  phosphoribosyltransferase  32.88 
 
 
232 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>