246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0668 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0668  cobalamin-5'-phosphate synthase  100 
 
 
261 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.364702  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0910  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.15 
 
 
275 aa  145  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.361262  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0871  cobalamin 5'-phosphate synthase  46.03 
 
 
275 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0846  cobalamin 5'-phosphate synthase  45.63 
 
 
275 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.862603 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1566  cobalamin 5'-phosphate synthase  50 
 
 
255 aa  132  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212563  normal  0.0205938 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.27 
 
 
267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1172  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.04 
 
 
250 aa  127  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.292457  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2016  cobalamin synthase  41.27 
 
 
259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  40.65 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  40.24 
 
 
260 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  38.91 
 
 
247 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  38.91 
 
 
247 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.91 
 
 
247 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1973  cobalamin 5'-phosphate synthase  50.39 
 
 
277 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.541001  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  39.58 
 
 
247 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  39.58 
 
 
247 aa  123  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  39.58 
 
 
247 aa  123  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  39.58 
 
 
247 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  39.17 
 
 
247 aa  122  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0577  cobalamin-5'-phosphate synthase  43.27 
 
 
250 aa  122  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000147618  unclonable  0.0000000241437 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2697  cobalamin 5'-phosphate synthase  43.02 
 
 
275 aa  121  9e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.268909  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2193  cobalamin synthase  37.6 
 
 
247 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2186  cobalamin synthase  37.82 
 
 
247 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2352  cobalamin synthase  37.6 
 
 
247 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0217027  normal  0.0119104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2239  cobalamin synthase  37.6 
 
 
247 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.222569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2139  cobalamin synthase  37.6 
 
 
240 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4260  cobalamin 5'-phosphate synthase  45.82 
 
 
265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.907003  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0858  cobalamin synthase  38.31 
 
 
260 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  39.17 
 
 
247 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3774  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.23 
 
 
290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0866  cobalamin synthase  38.31 
 
 
260 aa  112  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2319  cobalamin synthase  39.77 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.17 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.85 
 
 
258 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  35.48 
 
 
260 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1340  cobalamin 5'-phosphate synthase  43.93 
 
 
263 aa  105  9e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97096 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3306  cobalamin-5'-phosphate synthase  39.92 
 
 
273 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000293858  normal  0.059508 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1894  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.51 
 
 
262 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.577089  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  37.5 
 
 
258 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1090  cobalamin 5'-phosphate synthase  47.77 
 
 
249 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.181671  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  37.7 
 
 
258 aa  102  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  38.33 
 
 
259 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4381  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  42.8 
 
 
290 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156898  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  36.65 
 
 
256 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2703  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.53 
 
 
249 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  38.46 
 
 
261 aa  99.4  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.7 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  36.23 
 
 
258 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.41 
 
 
258 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.84 
 
 
261 aa  97.8  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.28 
 
 
261 aa  98.6  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4390  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.34 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1055  cobalamin 5'-phosphate synthase  45.07 
 
 
249 aa  97.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2427  cobalamin-5'-phosphate synthase  48.43 
 
 
249 aa  97.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.01359  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2176  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.6 
 
 
251 aa  96.3  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.880106 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1024  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.83 
 
 
278 aa  95.5  7e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.51 
 
 
258 aa  95.5  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0627  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.78 
 
 
254 aa  95.5  7e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000135843  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1000  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.87 
 
 
248 aa  95.5  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  36.75 
 
 
250 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.03 
 
 
277 aa  94.7  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1230  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.44 
 
 
240 aa  94.7  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4584  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.56 
 
 
268 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.574207  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.6 
 
 
255 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1259  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.08 
 
 
266 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.1794 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.73 
 
 
282 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.73 
 
 
264 aa  93.2  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0787  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  41.04 
 
 
258 aa  92.4  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00056745  normal  0.0562894 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1118  cobalamin synthase  35.22 
 
 
262 aa  92.4  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0658  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.39 
 
 
254 aa  92.4  7e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0979508  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0692  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.39 
 
 
254 aa  92.4  7e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2385  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  39.62 
 
 
256 aa  92  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923196  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  39.32 
 
 
259 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  38.33 
 
 
258 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.54 
 
 
254 aa  91.3  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3857  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.96 
 
 
280 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  38.89 
 
 
259 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  35.89 
 
 
249 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1081  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.21 
 
 
249 aa  90.9  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3135  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.1 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_596  cobalamin 5-prime-phosphate synthase  33.99 
 
 
254 aa  90.5  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000326048  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  32.92 
 
 
261 aa  90.5  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  35.02 
 
 
224 aa  90.1  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  35.71 
 
 
250 aa  89.4  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  35.71 
 
 
250 aa  89.4  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0678  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.6 
 
 
270 aa  89.4  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0518916  normal  0.202661 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  33.33 
 
 
295 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2743  cobalamin 5'-phosphate synthase  43.37 
 
 
252 aa  88.6  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0979893 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1450  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.58 
 
 
265 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21274  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  45.69 
 
 
258 aa  87.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  33.49 
 
 
224 aa  87.8  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.31 
 
 
302 aa  87  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2302  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.47 
 
 
276 aa  86.3  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214077  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  32.09 
 
 
256 aa  85.5  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  33.33 
 
 
256 aa  85.5  9e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  28.33 
 
 
250 aa  85.1  9e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3225  cobalamin synthase  34.8 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1131  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.11 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.996937  normal  0.381 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1680  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.54 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.82805  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.32 
 
 
248 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.801369 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>