More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0629 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
413 aa  814  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  60.1 
 
 
399 aa  432  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  54.34 
 
 
400 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  54.57 
 
 
400 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  57.67 
 
 
405 aa  414  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  55.37 
 
 
403 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  54.43 
 
 
400 aa  407  1e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  53.67 
 
 
394 aa  400  1e-110  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  58.44 
 
 
402 aa  400  1e-110  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  54.18 
 
 
394 aa  400  1e-110  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  53.67 
 
 
394 aa  400  1e-110  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  52.73 
 
 
401 aa  399  1e-110  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  56.3 
 
 
397 aa  394  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  56.3 
 
 
397 aa  389  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  53.38 
 
 
394 aa  391  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  56.3 
 
 
397 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  57.48 
 
 
408 aa  384  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  50.75 
 
 
393 aa  373  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  57.65 
 
 
330 aa  369  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  38.04 
 
 
380 aa  242  8e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  37.47 
 
 
379 aa  241  3e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  38.44 
 
 
380 aa  239  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  37.53 
 
 
380 aa  238  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  38.04 
 
 
380 aa  238  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  38.46 
 
 
380 aa  237  3e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  36.71 
 
 
379 aa  227  2e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  35 
 
 
455 aa  214  3e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  35.1 
 
 
452 aa  211  1e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  35.21 
 
 
418 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  35.21 
 
 
406 aa  207  2e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  35.12 
 
 
405 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  35.49 
 
 
457 aa  208  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  34.72 
 
 
406 aa  207  3e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  35.77 
 
 
405 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  35.28 
 
 
405 aa  206  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  6.08264e-05  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  37.24 
 
 
406 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.52 
 
 
446 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  36.46 
 
 
406 aa  203  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.34 
 
 
446 aa  203  5e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.09 
 
 
468 aa  202  9e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.09 
 
 
446 aa  202  9e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  36.34 
 
 
407 aa  202  9e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.44 
 
 
445 aa  197  4e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  33.76 
 
 
462 aa  195  1e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.37 
 
 
449 aa  195  1e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  35.5 
 
 
421 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  34.95 
 
 
443 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  34.95 
 
 
443 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  32.69 
 
 
463 aa  167  3e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 
378 aa  109  9e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.24296e-05 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  31.43 
 
 
368 aa  104  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.11 
 
 
375 aa  103  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  26.02 
 
 
391 aa  100  4e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  27.35 
 
 
390 aa  96.3  8e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  32.41 
 
 
384 aa  96.3  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.25722e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  27.91 
 
 
399 aa  95.9  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  26.27 
 
 
390 aa  95.9  1e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  25.35 
 
 
390 aa  95.5  2e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  28.07 
 
 
396 aa  94.7  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  26.32 
 
 
382 aa  93.6  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  30.33 
 
 
374 aa  92.8  9e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  31.74 
 
 
379 aa  91.7  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  22.16 
 
 
396 aa  92  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  7.99674e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 
425 aa  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  25.94 
 
 
370 aa  90.9  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  25.85 
 
 
408 aa  90.9  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  30 
 
 
423 aa  90.5  5e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  24.02 
 
 
387 aa  89.7  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  28.4 
 
 
390 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  29.17 
 
 
403 aa  86.7  7e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  29.9 
 
 
384 aa  85.9  1e-15  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.31 
 
 
384 aa  85.5  2e-15  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  28.31 
 
 
368 aa  84.3  3e-15  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.35 
 
 
389 aa  84.3  3e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  30.75 
 
 
341 aa  84.3  4e-15  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  32.63 
 
 
413 aa  84  5e-15  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4237  putative oxidoreductase  28.66 
 
 
356 aa  83.6  6e-15  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  30.53 
 
 
373 aa  82.8  1e-14  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  27.42 
 
 
385 aa  82.4  1e-14  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.72 
 
 
424 aa  82  2e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  30.22 
 
 
362 aa  82  2e-14  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  7.05466e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  30.82 
 
 
363 aa  81.6  2e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  30.13 
 
 
376 aa  80.9  3e-14  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  28.17 
 
 
373 aa  80.5  6e-14  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4056  putative oxidoreductase  28.37 
 
 
361 aa  80.1  6e-14  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  28.17 
 
 
348 aa  79.7  8e-14  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28.15 
 
 
423 aa  78.6  2e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5123  putative oxidoreductase  28.37 
 
 
354 aa  78.6  2e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.121383 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  25.89 
 
 
395 aa  78.2  3e-13  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  28.12 
 
 
407 aa  78.2  3e-13  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  29.06 
 
 
401 aa  77.8  4e-13  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4200  putative oxidoreductase  28.37 
 
 
354 aa  77.4  4e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1447  geranylgeranyl reductase  23.88 
 
 
392 aa  77  5e-13  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.134641  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0013  putative oxidoreductase  27.53 
 
 
354 aa  76.6  8e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0013  putative oxidoreductase  27.81 
 
 
354 aa  76.3  9e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 
418 aa  76.3  1e-12  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3617  putative oxidoreductase  22.78 
 
 
353 aa  75.9  1e-12  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0110465  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  32.93 
 
 
425 aa  75.9  1e-12  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  28.99 
 
 
376 aa  76.3  1e-12  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3902  putative oxidoreductase  28.09 
 
 
366 aa  75.5  2e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>