More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0461 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
297 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4019  transcriptional regulator, LysR family  61.69 
 
 
295 aa  376  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4211  transcriptional regulator, LysR family  58.98 
 
 
295 aa  361  1e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  56.95 
 
 
297 aa  346  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  53.02 
 
 
304 aa  323  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  54.39 
 
 
298 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  54.73 
 
 
295 aa  317  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  51.35 
 
 
298 aa  288  6e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
297 aa  273  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
306 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  44.07 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 
294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 
301 aa  249  4e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  45.08 
 
 
294 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
296 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 
288 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 
294 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.39 
 
 
305 aa  241  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
302 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 
294 aa  236  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  42.76 
 
 
298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 
291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.1 
 
 
293 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
297 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
297 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
296 aa  229  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 
304 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.86 
 
 
301 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  39.52 
 
 
299 aa  224  9e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
306 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
322 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
310 aa  223  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5522  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
306 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0758082  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
313 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5886  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
306 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437235  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 
301 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.59 
 
 
307 aa  219  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 
293 aa  219  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
303 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
305 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 
305 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2275  transcriptional regulator, LysR family protein  36.7 
 
 
289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0234107  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.61 
 
 
297 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
306 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 
304 aa  211  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
296 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.32 
 
 
302 aa  211  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
298 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
296 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 
295 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
302 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
322 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
309 aa  209  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
303 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
298 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 
294 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
303 aa  209  5e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
300 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
304 aa  209  6e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
303 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 
306 aa  208  8e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
324 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.35 
 
 
302 aa  208  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
296 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
303 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5851  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 
299 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.905079  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 
307 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
323 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
323 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 
300 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 
310 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 
299 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
301 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
338 aa  204  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.88 
 
 
309 aa  203  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
304 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
301 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 
306 aa  202  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
324 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
299 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
324 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
324 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 
307 aa  202  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 
307 aa  202  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 
305 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 
299 aa  202  8e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
303 aa  202  8e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
351 aa  201  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
322 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>