More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0427 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 256 aa  495  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 		 261 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0372396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3237  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.02 
 
 		 262 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.85457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2291  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.02 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.448302  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.02 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3288  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.02 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3273  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.02 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0537  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.02 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.618923  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2168  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.02 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408948  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3014  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  44.13 
 
 		 257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.698047  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 		 267 aa  186  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 		 260 aa  185  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 		 261 aa  184  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 		 255 aa  182  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 		 267 aa  183  3e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 		 258 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 		 263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.57 
 
 		 255 aa  172  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 		 223 aa  168  8e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.31 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.836425  normal  0.228083 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0780  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.46 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0247795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.76 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.25395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1339  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.54 
 
 		 261 aa  155  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.789963  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 		 259 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.32 
 
 		 255 aa  152  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 		 279 aa  152  5.9999999999999996e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.649512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 		 264 aa  149  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 		 249 aa  149  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  42.52 
 
 		 259 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  40.62 
 
 		 260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  40.64 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.46 
 
 		 255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.678089  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 		 236 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.450899  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 		 260 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.32 
 
 		 265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 		 267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  40.31 
 
 		 265 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 		 257 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 		 257 aa  138  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.79 
 
 		 271 aa  138  7.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 		 257 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 		 257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 		 260 aa  135  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  38.76 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 		 259 aa  132  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 		 266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  38.61 
 
 		 264 aa  126  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 		 264 aa  125  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 		 277 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 		 254 aa  122  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 277 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 		 250 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 250 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 		 240 aa  117  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0142  short chain dehydrogenase  39.77 
 
 		 266 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0284  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 		 256 aa  116  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 238 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 		 245 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  35.25 
 
 		 245 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0134  short chain dehydrogenase  37.59 
 
 		 266 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 247 aa  112  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 		 245 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  29.8 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.32 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 		 260 aa  109  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 		 257 aa  108  8.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.1 
 
 		 250 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 		 328 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>