More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0317 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0317  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  100 
 
 
300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.460489  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2785  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  40.27 
 
 
303 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2793  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  40.27 
 
 
303 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2709  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  37.19 
 
 
315 aa  162  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00950  formate hydrogenlyase subunit 4  32.36 
 
 
309 aa  152  7e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1790  hydrogenase-4 component C  35.29 
 
 
306 aa  150  2e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00154252  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2591  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.95 
 
 
343 aa  149  5e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1913  hypothetical protein  35.05 
 
 
306 aa  149  5e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1284  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  37.14 
 
 
315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0584834  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0131  hydrogenase-4 component C  32.04 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1126  formate hydrogenlyase subunit 4  36.07 
 
 
313 aa  145  1e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.519574  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2971  formate hydrogenlyase, subunit D  31.85 
 
 
307 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3053  formate hydrogenlyase subunit D  31.85 
 
 
307 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.190103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3002  formate hydrogenlyase subunit D  31.85 
 
 
307 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00604695 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3037  formate hydrogenlyase subunit D  31.85 
 
 
307 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217312 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3160  formate hydrogenlyase, subunit D  31.85 
 
 
307 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.184477 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2190  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  38.05 
 
 
313 aa  143  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.552986 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1186  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  37.02 
 
 
315 aa  143  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3705  hydrogenase-4 component C  37.02 
 
 
315 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.438396  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0960  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  34.55 
 
 
333 aa  143  4e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.298865  normal  0.545007 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2616  hydrogenase-4 component C  37.02 
 
 
315 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3973  formate hydrogenlyase, subunit D  30.95 
 
 
307 aa  142  9e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02572  hydrogenase 3, membrane subunit  30.58 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0967  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.58 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2847  formate hydrogenlyase, subunit D  30.95 
 
 
307 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.115372 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3010  formate hydrogenlyase, subunit D  30.58 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2858  formate hydrogenlyase, subunit D  30.58 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0990  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  30.58 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0456069 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02537  hypothetical protein  30.58 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.478077  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3154  formate hydrogenlyase, subunit D  31.06 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2765  hydrogenase-4 component C  38.29 
 
 
314 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2431  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.82 
 
 
311 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2855  hydrogenase-4 component C  37.67 
 
 
314 aa  139  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3195  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.8 
 
 
307 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3193  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.23 
 
 
332 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1881  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.81 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0676  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.6 
 
 
338 aa  132  7.999999999999999e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1306  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.52 
 
 
305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3523  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  34.2 
 
 
313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1863  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.68 
 
 
308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0153018  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4505  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.27 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2630  hydrogenase-4 component C  36.17 
 
 
315 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0187  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.29 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1421  membrane bound hydrogenase subunit mbhM  31.27 
 
 
323 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245548  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0968  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.72 
 
 
321 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0378  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  32.99 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000246514  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1605  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.4 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2226  NADH dehydrogenase (quinone)  30.51 
 
 
328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2150  hydrogenase-4, C subunit  29.21 
 
 
313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1808  formate hydrogenlyase membrane subunit HyfD  29.21 
 
 
313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.63651  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0702  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  26.12 
 
 
311 aa  110  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.249973  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1740  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  28.3 
 
 
291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.367241  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0596  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.19 
 
 
313 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0792  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.34 
 
 
299 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1821  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.51 
 
 
313 aa  106  5e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000380647  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1261  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.14 
 
 
316 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0889  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  27.51 
 
 
300 aa  105  9e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.497828  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1690  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.8 
 
 
312 aa  105  9e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.178697  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0151  ech hydrogenase subunit B  30.25 
 
 
287 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4704  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  33.2 
 
 
307 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2461  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  31.85 
 
 
314 aa  102  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.823728 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2475  NADH dehydrogenase  32.35 
 
 
318 aa  102  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4574  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.92 
 
 
312 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1320  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  30.69 
 
 
313 aa  102  8e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1218  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.82 
 
 
293 aa  102  9e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1452  hydrogenase, HycD subunit  30.34 
 
 
316 aa  102  1e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1519  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  35.92 
 
 
282 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3023  ech hydrogenase subunit B  29.1 
 
 
291 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0539405  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2725  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.71 
 
 
285 aa  100  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144854  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1731  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.3 
 
 
286 aa  99.8  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0032732  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1129  NADH dehydrogenase (quinone)  29.74 
 
 
322 aa  99.8  6e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1053  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.58 
 
 
350 aa  99.4  6e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0374  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.21 
 
 
302 aa  99.4  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00620608  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1793  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  33.33 
 
 
314 aa  99.4  7e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.116687  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1574  hydrogenase, HycD subunit, putative  29.07 
 
 
313 aa  99  8e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3291  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.24 
 
 
316 aa  98.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0930  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.7 
 
 
316 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150795  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10085  formate hydrogenlyase hycD  31.58 
 
 
316 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314852  normal  0.333416 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0363  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.78 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.631394  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3854  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  31.56 
 
 
316 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3370  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.53 
 
 
283 aa  97.4  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0981  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  29.26 
 
 
348 aa  97.1  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3714  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.35 
 
 
302 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3797  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.35 
 
 
302 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.492003  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2600  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.41 
 
 
302 aa  95.1  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2502  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.57 
 
 
282 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  28.71 
 
 
338 aa  94.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1996  formate hydrogenlyase subunit 4 (HycD)  28.36 
 
 
317 aa  94  3e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.503426  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3656  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  27.97 
 
 
302 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0153222  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0917  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  28.45 
 
 
315 aa  92.8  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1571  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  29.82 
 
 
289 aa  91.7  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.165543 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4287  hydrogenase, membrane subunit 3-like protein (EchB-like)  29.91 
 
 
328 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00137692  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3191  NAD-dependent dehydrogenase subunit  28.43 
 
 
302 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20554  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4670  hydrogenase subunit C  28.87 
 
 
315 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112602  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1742  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  32.02 
 
 
282 aa  91.3  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.34586 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0550  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  31.22 
 
 
288 aa  90.9  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0337  NAD-dependent dehydrogenase subunit  27.4 
 
 
302 aa  91.3  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.419633  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1070  NAD-dependent dehydrogenase subunit  27.87 
 
 
302 aa  90.5  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.36021e-34 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2209  membrane bound protein complex subunit mbxM  26.12 
 
 
301 aa  90.5  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.152472 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1397  formate hydrogenlyase subunit 4-like protein  30.67 
 
 
318 aa  89.7  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>