More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0316 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  100 
 
 
561 aa  1153    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  43.71 
 
 
557 aa  479  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  43.71 
 
 
557 aa  479  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  44.44 
 
 
567 aa  479  1e-134  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.82 
 
 
574 aa  429  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  40.25 
 
 
569 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  40.25 
 
 
569 aa  420  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  40.25 
 
 
569 aa  420  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  40.25 
 
 
569 aa  420  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  40.25 
 
 
576 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  40.25 
 
 
569 aa  419  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  40.25 
 
 
576 aa  420  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  40.07 
 
 
569 aa  419  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  40.25 
 
 
569 aa  420  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  39.82 
 
 
569 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.28 
 
 
575 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  39.49 
 
 
569 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  39.49 
 
 
569 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  39.49 
 
 
569 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  39.49 
 
 
569 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  39.49 
 
 
569 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.21 
 
 
575 aa  412  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  39.56 
 
 
571 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  39.56 
 
 
571 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  39.27 
 
 
571 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  39.09 
 
 
571 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  40.57 
 
 
579 aa  402  1e-111  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.57 
 
 
567 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  39.31 
 
 
576 aa  397  1e-109  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  40 
 
 
571 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  38.29 
 
 
555 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.29 
 
 
555 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  39.17 
 
 
578 aa  390  1e-107  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.29 
 
 
555 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  38.29 
 
 
555 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  38.11 
 
 
555 aa  388  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  38.36 
 
 
582 aa  383  1e-105  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  38.98 
 
 
578 aa  382  1e-104  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  37.97 
 
 
537 aa  329  8e-89  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  45.04 
 
 
409 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  42.64 
 
 
414 aa  300  6e-80  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  41.84 
 
 
409 aa  299  8e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0795  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.24 
 
 
525 aa  299  1e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  42.78 
 
 
359 aa  293  4e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  39.57 
 
 
419 aa  292  1e-77  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  41.78 
 
 
359 aa  290  4e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  42.27 
 
 
359 aa  289  8e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  40.15 
 
 
406 aa  289  1e-76  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  41.94 
 
 
359 aa  287  4e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  42.74 
 
 
358 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2464  NADH dehydrogenase (quinone)  31.75 
 
 
531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.511351  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  42.11 
 
 
402 aa  284  3.0000000000000004e-75  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.47 
 
 
409 aa  281  2e-74  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  41.05 
 
 
362 aa  278  2e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  41.83 
 
 
359 aa  277  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  40.77 
 
 
360 aa  276  7e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  42.19 
 
 
362 aa  273  5.000000000000001e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  41.11 
 
 
358 aa  273  7e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  40.44 
 
 
359 aa  272  1e-71  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  40.39 
 
 
359 aa  270  4e-71  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  40.78 
 
 
358 aa  270  5.9999999999999995e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  39.89 
 
 
359 aa  269  1e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  39.22 
 
 
359 aa  268  2e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  40.11 
 
 
359 aa  265  1e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  39.06 
 
 
359 aa  264  4e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  39.55 
 
 
359 aa  263  4.999999999999999e-69  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  39.94 
 
 
362 aa  259  7e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  37.33 
 
 
358 aa  256  7e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.57 
 
 
366 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  39.38 
 
 
358 aa  252  1e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  38.27 
 
 
361 aa  250  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  37.92 
 
 
377 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  36.44 
 
 
360 aa  249  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1687  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.06 
 
 
530 aa  249  1e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.15 
 
 
358 aa  246  9e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0699  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.33 
 
 
524 aa  239  6.999999999999999e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.758996  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.46 
 
 
361 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  38.27 
 
 
362 aa  237  4e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4284  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.2 
 
 
551 aa  233  5e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.56 
 
 
359 aa  232  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.5 
 
 
378 aa  231  3e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3444  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  31.79 
 
 
792 aa  229  8e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0206  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  29.54 
 
 
794 aa  226  9e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000609108  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0333  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  32.15 
 
 
793 aa  226  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0153  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  31.39 
 
 
791 aa  226  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0882  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  29.98 
 
 
580 aa  225  2e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000293416  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1942  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  31.71 
 
 
787 aa  220  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0748  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  30.54 
 
 
586 aa  219  8.999999999999998e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0615291  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1294  F420H2 dehydrogenase subunit D  35.34 
 
 
374 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.196635  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  33.96 
 
 
374 aa  216  7e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0178  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  30.02 
 
 
794 aa  213  7e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4707  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.07 
 
 
486 aa  213  7.999999999999999e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3823  bifunctional NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C/D  27.25 
 
 
580 aa  211  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.203539  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0160  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  30.23 
 
 
794 aa  211  4e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.155081 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1303  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31 
 
 
478 aa  208  2e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0628  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  31.24 
 
 
576 aa  207  4e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0707  NADH dehydrogenase (quinone)  34.15 
 
 
375 aa  206  8e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0116  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.88 
 
 
376 aa  205  1e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1211  NADH dehydrogenase (quinone)  33.61 
 
 
375 aa  204  3e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2989  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.01 
 
 
506 aa  203  7e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.016212  hitchhiker  0.00562837 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>