More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0310 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  100 
 
 		 462 aa  938    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  38.65 
 
 		 460 aa  296  7e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  38.38 
 
 		 458 aa  288  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  33.4 
 
 		 581 aa  240  4e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  33.19 
 
 		 582 aa  229  7e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  32.71 
 
 		 582 aa  229  7e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  31.39 
 
 		 579 aa  220  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  35.1 
 
 		 387 aa  221  3e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  35.44 
 
 		 615 aa  219  8.999999999999998e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  32.5 
 
 		 573 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  31.87 
 
 		 573 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  31.33 
 
 		 527 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  31.3 
 
 		 574 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  31.67 
 
 		 573 aa  212  1e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  33.55 
 
 		 573 aa  208  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  30.64 
 
 		 520 aa  204  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  29.25 
 
 		 549 aa  202  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  28.57 
 
 		 572 aa  202  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  30.21 
 
 		 594 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  31.99 
 
 		 578 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  28.57 
 
 		 572 aa  200  3.9999999999999996e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  31.87 
 
 		 578 aa  200  5e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  32.04 
 
 		 583 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  30.41 
 
 		 582 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  32.14 
 
 		 573 aa  196  7e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  31.15 
 
 		 590 aa  195  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  31.12 
 
 		 578 aa  195  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  30.43 
 
 		 563 aa  193  5e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  31.05 
 
 		 523 aa  192  9e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  32.63 
 
 		 576 aa  192  9e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  30.17 
 
 		 513 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  31.28 
 
 		 585 aa  188  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  30.82 
 
 		 625 aa  188  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  31.7 
 
 		 593 aa  187  5e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  30.59 
 
 		 580 aa  186  6e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  30.06 
 
 		 574 aa  186  9e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  31.34 
 
 		 606 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  28.85 
 
 		 666 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  30.02 
 
 		 598 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  30.82 
 
 		 570 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  30.06 
 
 		 562 aa  181  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  30.59 
 
 		 585 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  30.89 
 
 		 417 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  31.48 
 
 		 601 aa  182  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  30.11 
 
 		 577 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  31.68 
 
 		 410 aa  179  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  31.68 
 
 		 410 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  32.07 
 
 		 439 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  31.68 
 
 		 410 aa  178  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  31.3 
 
 		 587 aa  177  3e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  29.11 
 
 		 586 aa  177  4e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  31.39 
 
 		 659 aa  177  5e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  27.16 
 
 		 644 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  31.47 
 
 		 587 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  27.67 
 
 		 569 aa  174  3.9999999999999995e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  31.51 
 
 		 585 aa  173  5e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  28.57 
 
 		 582 aa  170  6e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  27.39 
 
 		 644 aa  168  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  30.32 
 
 		 619 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  31.3 
 
 		 418 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  27.96 
 
 		 1150 aa  166  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  27.47 
 
 		 581 aa  164  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  30.15 
 
 		 421 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  28.21 
 
 		 582 aa  161  2e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  28.93 
 
 		 582 aa  160  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  28.09 
 
 		 582 aa  160  4e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  28.06 
 
 		 567 aa  160  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  29.72 
 
 		 569 aa  160  6e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  29.38 
 
 		 421 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  28.47 
 
 		 582 aa  158  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  26.22 
 
 		 696 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  25.97 
 
 		 696 aa  157  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  28.18 
 
 		 667 aa  151  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  27.22 
 
 		 666 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  27.94 
 
 		 566 aa  143  6e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  26.81 
 
 		 596 aa  142  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  27.61 
 
 		 653 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  28.64 
 
 		 645 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  28.64 
 
 		 645 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  28.27 
 
 		 473 aa  106  9e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0839  putative PAS/PAC sensor protein  25.25 
 
 		 569 aa  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00192903 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.46 
 
 		 748 aa  87  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33268  nuclear architecture related protein  29.35 
 
 		 545 aa  85.9  0.000000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  25.27 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  25.7 
 
 		 462 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  23.25 
 
 		 478 aa  84  0.000000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02950  putative PAS/PAC sensor protein  24.67 
 
 		 877 aa  82.8  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  24.17 
 
 		 490 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  25.45 
 
 		 767 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  23.43 
 
 		 756 aa  80.5  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  24.23 
 
 		 488 aa  80.1  0.00000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.87 
 
 		 763 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  23.57 
 
 		 490 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2145  Fe-S cluster domain-containing protein  24 
 
 		 435 aa  79  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  23.82 
 
 		 508 aa  77.4  0.0000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.77 
 
 		 755 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0912  Fe-S cluster domain protein  20.81 
 
 		 443 aa  75.5  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2312  Fe binding transcriptional regulator FhlA  25.27 
 
 		 747 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0093  Fe-S cluster domain protein  23.77 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000835421 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  23.15 
 
 		 483 aa  75.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>