190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0137 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
350 aa  694    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  45.66 
 
 
333 aa  278  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  40.63 
 
 
316 aa  232  9e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.55 
 
 
329 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  41.03 
 
 
329 aa  230  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.63 
 
 
345 aa  212  7.999999999999999e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.37 
 
 
335 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  30.66 
 
 
328 aa  172  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0240  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.78 
 
 
376 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.79 
 
 
317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.84 
 
 
317 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  31.43 
 
 
324 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.33 
 
 
324 aa  159  8e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  35.42 
 
 
315 aa  158  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.53 
 
 
326 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.97 
 
 
327 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  31.27 
 
 
322 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  30.65 
 
 
322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.94 
 
 
338 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  32.92 
 
 
323 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.02 
 
 
316 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  33.02 
 
 
324 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.02 
 
 
324 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.62 
 
 
325 aa  149  6e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.25 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.97 
 
 
327 aa  146  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  29.09 
 
 
313 aa  145  9e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.69 
 
 
322 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.07 
 
 
333 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  32.06 
 
 
324 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  31.21 
 
 
323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.28 
 
 
322 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.59 
 
 
317 aa  139  8.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.09 
 
 
323 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.34 
 
 
325 aa  138  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  29.5 
 
 
344 aa  136  4e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  29.17 
 
 
312 aa  136  5e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  29.94 
 
 
326 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.19 
 
 
323 aa  135  8e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.09 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.69 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  30.67 
 
 
313 aa  134  3e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.31 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.01 
 
 
348 aa  132  7.999999999999999e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  29.27 
 
 
325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.61 
 
 
330 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.27 
 
 
318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  30.72 
 
 
322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.82 
 
 
326 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.74 
 
 
315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  30.35 
 
 
316 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.68 
 
 
346 aa  127  3e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.37 
 
 
319 aa  126  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.09 
 
 
317 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.62 
 
 
319 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  29.71 
 
 
319 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.07 
 
 
323 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.39 
 
 
317 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.89 
 
 
318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  30.25 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.83 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.35 
 
 
318 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.35 
 
 
318 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.35 
 
 
318 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.35 
 
 
318 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.49 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.87 
 
 
306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  31.08 
 
 
310 aa  119  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.01 
 
 
318 aa  119  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.43 
 
 
339 aa  119  7e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.45 
 
 
316 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  30.15 
 
 
317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.15 
 
 
317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4419  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.31 
 
 
332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.176509  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.94 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.18 
 
 
315 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.7 
 
 
651 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  29.84 
 
 
342 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  29.07 
 
 
319 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.45 
 
 
329 aa  116  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.97 
 
 
317 aa  116  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.9 
 
 
318 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.28 
 
 
317 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.54 
 
 
348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.04 
 
 
330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.87 
 
 
342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  32.69 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  29.55 
 
 
318 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.99 
 
 
318 aa  112  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  28.99 
 
 
318 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.15 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.66 
 
 
318 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.53 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.98 
 
 
337 aa  110  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2836  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30 
 
 
346 aa  110  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.45 
 
 
317 aa  109  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  26.64 
 
 
310 aa  106  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.21 
 
 
356 aa  103  3e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2520  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.27 
 
 
335 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.57 
 
 
344 aa  99.4  8e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>