More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0113 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0113  type II secretion system protein E  100 
 
 
688 aa  1347  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00290435  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0547  ATPase, type IV pilus assembly protein PilB  51.07 
 
 
565 aa  577  1e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0078  type II secretion system protein E  49.19 
 
 
554 aa  553  1e-156  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3407  type II secretion system protein E  49.55 
 
 
568 aa  547  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1345  ATPases involved in pili biogenesis, PilB-like  48.65 
 
 
563 aa  545  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.931675  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0641  type II secretion system protein E  45.65 
 
 
560 aa  512  1e-144  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0886  type II secretion system protein E  50.45 
 
 
571 aa  487  1e-136  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.135966  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  40.56 
 
 
558 aa  437  1e-121  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  43.09 
 
 
553 aa  417  1e-115  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  41.91 
 
 
553 aa  414  1e-114  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1996  type II secretion system protein E  40.25 
 
 
567 aa  414  1e-114  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  42.47 
 
 
553 aa  410  1e-113  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  36.51 
 
 
787 aa  411  1e-113  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2414  type II secretion system protein E  36.94 
 
 
564 aa  400  1e-110  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  40.75 
 
 
561 aa  402  1e-110  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  38.42 
 
 
558 aa  401  1e-110  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  40.61 
 
 
556 aa  398  1e-109  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1792  type II secretion system protein E  40.46 
 
 
573 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.608065 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  38.04 
 
 
554 aa  395  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  40.72 
 
 
557 aa  394  1e-108  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  40.39 
 
 
557 aa  392  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  37.32 
 
 
561 aa  390  1e-107  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  40.07 
 
 
564 aa  392  1e-107  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  39.42 
 
 
553 aa  389  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  38.58 
 
 
573 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.78 
 
 
563 aa  389  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  38.25 
 
 
555 aa  383  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  39.2 
 
 
559 aa  385  1e-105  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  38.26 
 
 
871 aa  385  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  35.03 
 
 
562 aa  379  1e-104  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2272  secretion system protein E  35.61 
 
 
563 aa  382  1e-104  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1408  type II secretion system protein E  37.7 
 
 
577 aa  381  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.22381  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0042  type II secretion system protein E  38.5 
 
 
568 aa  378  1e-103  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  37.21 
 
 
570 aa  379  1e-103  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  38.48 
 
 
568 aa  379  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1039  type II secretion system protein E  36.59 
 
 
583 aa  377  1e-103  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1028  type II secretion system protein E  40.66 
 
 
568 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328232 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1884  type II secretion system protein E  36.75 
 
 
570 aa  373  1e-102  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  6.26903e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0426  type II secretion system protein E  37.75 
 
 
577 aa  373  1e-102  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0285266  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  38.36 
 
 
885 aa  375  1e-102  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.3 
 
 
568 aa  372  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1034  type II secretion system protein E  37.77 
 
 
558 aa  370  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  39.18 
 
 
603 aa  372  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3365  type II secretion system protein E  43.06 
 
 
520 aa  371  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.219755  normal  0.0138681 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.32 
 
 
568 aa  371  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0388  MshA biogenesis protein MshE  40.64 
 
 
594 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000356112  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  39.89 
 
 
599 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0173  type II secretion system protein E  38.01 
 
 
637 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1052  general secretion pathway protein E (Type II traffic warden ATPase)(cholera toxin secretion protein EpsE)  38.76 
 
 
585 aa  368  1e-100  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.06 
 
 
568 aa  366  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0328  general secretion pathway protein E  43.76 
 
 
514 aa  367  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  37.12 
 
 
571 aa  368  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3257  type II secretion system protein E  37.86 
 
 
561 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  43.03 
 
 
521 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  39.89 
 
 
599 aa  368  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.12 
 
 
568 aa  365  1e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  37.94 
 
 
568 aa  365  1e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0879  type II secretion system protein E  37.54 
 
 
569 aa  365  2e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0853  type II secretion system protein E  35.1 
 
 
561 aa  365  2e-99  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000472298  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  39.89 
 
 
599 aa  365  2e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0756  type II secretion system protein E  38.92 
 
 
589 aa  364  3e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  40.32 
 
 
561 aa  364  3e-99  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3528  type II secretion system protein E  39.64 
 
 
586 aa  363  5e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.305202  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0326  type II secretion system protein E  39 
 
 
612 aa  363  7e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.038954  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0594  type II secretion system protein E  37.57 
 
 
888 aa  362  9e-99  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0229677 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1231  L(+)-tartrate dehydratase subunit beta (L-TTD beta)  39.78 
 
 
583 aa  362  1e-98  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.49 
 
 
568 aa  361  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.49 
 
 
568 aa  362  2e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  36.52 
 
 
571 aa  361  3e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1964  general secretion pathway protein E  39.48 
 
 
583 aa  360  4e-98  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0457  MSHA biogenesis protein MshE  37.61 
 
 
587 aa  360  5e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  37.72 
 
 
571 aa  360  6e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0682  general secretory pathway protein E  40.97 
 
 
520 aa  359  8e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.980899  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0752  pilus assembly pathway ATPase PilB  39.57 
 
 
577 aa  358  1e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.440841  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  38.31 
 
 
568 aa  358  1e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  36.52 
 
 
568 aa  358  2e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  35.96 
 
 
566 aa  357  3e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0410  type II secretion system protein E  37.13 
 
 
565 aa  357  5e-97  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.430305  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2609  general secretory pathway protein E  38.81 
 
 
610 aa  356  6e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0938454  normal  0.754135 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0392  type II secretion system protein E  37.97 
 
 
586 aa  356  7e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1010  type II secretion system protein E  37.82 
 
 
598 aa  356  8e-97  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1128  type II secretion system protein E  38.37 
 
 
563 aa  355  1e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2089  general secretory pathway protein E  40.07 
 
 
559 aa  354  2e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86871  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  38.1 
 
 
568 aa  353  4e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  37.52 
 
 
891 aa  352  1e-95  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3360  type II secretion system protein E  41.51 
 
 
585 aa  352  1e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0966  type II secretion system protein E  39.23 
 
 
746 aa  352  1e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.783688 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3271  type II secretion system protein E  41.58 
 
 
574 aa  352  1e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1349  general secretory pathway protein E  42.86 
 
 
520 aa  350  5e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  40.69 
 
 
520 aa  350  7e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1351  type II secretion system protein GspE  37.92 
 
 
778 aa  349  8e-95  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  40.69 
 
 
520 aa  349  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.11826e-14 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001891  general secretion pathway protein E  40.34 
 
 
500 aa  348  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1166  type II secretion system protein E  39.11 
 
 
572 aa  348  2e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0145  general secretory pathway protein E  43.34 
 
 
523 aa  348  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0579  type II secretion system protein E  36.36 
 
 
576 aa  348  2e-94  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  6.42239e-05 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0122  type II secretion system protein E  41.28 
 
 
514 aa  348  3e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.766789  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1571  type II secretion system protein E  38.69 
 
 
587 aa  347  4e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00763489  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002371  MSHA biogenesis protein MshE  37.41 
 
 
574 aa  347  5e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46391  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3097  type II secretion system protein E  39.22 
 
 
578 aa  347  5e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>