More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0085 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 453 aa  914    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  42.72 
 
 		 417 aa  342  9e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  42.69 
 
 		 414 aa  329  6e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 417 aa  324  2e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 414 aa  323  3e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 415 aa  315  7e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.42 
 
 		 447 aa  315  9e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 420 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  38.5 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  37.83 
 
 		 418 aa  299  6e-80  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  39.13 
 
 		 403 aa  291  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 406 aa  291  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  40.33 
 
 		 416 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 411 aa  284  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 422 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 400 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.54 
 
 		 419 aa  282  7.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 443 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 415 aa  278  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  38.37 
 
 		 419 aa  278  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 443 aa  269  8e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  37.83 
 
 		 407 aa  262  8e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 428 aa  258  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 418 aa  258  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 445 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.35 
 
 		 417 aa  247  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  31.52 
 
 		 426 aa  235  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  47.54 
 
 		 500 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  44.91 
 
 		 487 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 427 aa  221  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  41.77 
 
 		 268 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 269 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  30.17 
 
 		 414 aa  207  3e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  30.17 
 
 		 414 aa  207  3e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  29.93 
 
 		 414 aa  205  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  42.52 
 
 		 272 aa  205  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  40.08 
 
 		 273 aa  196  7e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.8 
 
 		 1691 aa  194  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  39.85 
 
 		 277 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  37.94 
 
 		 268 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  29.5 
 
 		 414 aa  191  2.9999999999999997e-47  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  39.76 
 
 		 274 aa  189  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  37.55 
 
 		 276 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  33.55 
 
 		 301 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  36.44 
 
 		 526 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 314 aa  150  6e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 308 aa  149  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  32.67 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.27 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.56 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 419 aa  140  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 309 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 308 aa  139  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 917 aa  138  2e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 301 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 310 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 322 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 301 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  32.88 
 
 		 305 aa  131  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 555 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 634 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 302 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 543 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 715 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 302 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  31.02 
 
 		 299 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1108  diguanylate cyclase  26.24 
 
 		 454 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  32.12 
 
 		 454 aa  126  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 298 aa  126  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 546 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  32.7 
 
 		 634 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 546 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 316 aa  126  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 546 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 330 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  47.5 
 
 		 1099 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 546 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 298 aa  124  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 300 aa  123  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 544 aa  123  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 544 aa  123  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 370 aa  123  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>