206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0065 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 297 aa  591  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  54.62 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  53.46 
 
 		 278 aa  241  7.999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  47.51 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  44.96 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  45.68 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  45.32 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  44.53 
 
 		 291 aa  211  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  44.96 
 
 		 292 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  44.4 
 
 		 292 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  47.33 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  41.88 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  43.24 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  43.24 
 
 		 292 aa  206  5e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  42.34 
 
 		 292 aa  205  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  46.26 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  46.49 
 
 		 294 aa  201  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  41.54 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37.5 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  37.45 
 
 		 281 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  35.34 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  38.52 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  35.47 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  43.81 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  32.31 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  37.04 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  35.19 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  37.74 
 
 		 291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  35.37 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  32.59 
 
 		 269 aa  113  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  35.37 
 
 		 379 aa  112  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  28.74 
 
 		 323 aa  108  8.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  32.96 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  36.7 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  37.16 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  33.79 
 
 		 345 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  36.79 
 
 		 276 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  36.94 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  33.46 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  35.61 
 
 		 294 aa  99.4  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  33.01 
 
 		 357 aa  99.4  7e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  33.59 
 
 		 296 aa  97.1  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  27.72 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  38.12 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  31.25 
 
 		 288 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  35.71 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  31.68 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  29.35 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  27.31 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  29.84 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  31.71 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  31.49 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  26.59 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  34.25 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.91 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  36 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  30.04 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  32.97 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  27.31 
 
 		 277 aa  68.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  33.18 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  35.45 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  27.6 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  28.09 
 
 		 326 aa  65.9  0.0000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  26.24 
 
 		 277 aa  65.5  0.000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  28.1 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  27.02 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  29.89 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  32.13 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  27.32 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.61 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  30.56 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  31.86 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  26.09 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  31.13 
 
 		 364 aa  63.2  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  30.8 
 
 		 397 aa  62  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  27.71 
 
 		 339 aa  62  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  29.67 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  22.61 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  31.55 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  31.43 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  28.71 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  27.56 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.59 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  31.09 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  29.67 
 
 		 327 aa  59.7  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  25.32 
 
 		 280 aa  59.3  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  32.46 
 
 		 348 aa  58.9  0.00000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  30.04 
 
 		 687 aa  58.5  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  32.17 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.78 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  27.89 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  25.87 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  28.98 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  29.82 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  32.18 
 
 		 361 aa  57.4  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  31.16 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  31.16 
 
 		 282 aa  57  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  26.78 
 
 		 279 aa  57  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  31.16 
 
 		 282 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>