279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0010 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 500 aa  1012    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  52.26 
 
 		 545 aa  529  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  54.67 
 
 		 543 aa  526  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  52.63 
 
 		 546 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  53.5 
 
 		 520 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  51.86 
 
 		 546 aa  510  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.63 
 
 		 520 aa  507  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  51.32 
 
 		 546 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  53.52 
 
 		 493 aa  505  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  50.59 
 
 		 500 aa  502  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  51.95 
 
 		 519 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  50.59 
 
 		 500 aa  502  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.52 
 
 		 516 aa  496  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  52.15 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  49.32 
 
 		 513 aa  497  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  50.19 
 
 		 553 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.61 
 
 		 515 aa  494  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  49.53 
 
 		 526 aa  487  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  53.54 
 
 		 504 aa  484  1e-135  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.66 
 
 		 524 aa  473  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  51.46 
 
 		 502 aa  471  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.11 
 
 		 511 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.98 
 
 		 512 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.19 
 
 		 528 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.59 
 
 		 511 aa  457  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.29 
 
 		 518 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  53.79 
 
 		 511 aa  458  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  49.9 
 
 		 507 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.12 
 
 		 503 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  50.69 
 
 		 490 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  53.24 
 
 		 482 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  48.1 
 
 		 484 aa  428  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  47.91 
 
 		 498 aa  420  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  46.98 
 
 		 458 aa  415  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.31 
 
 		 466 aa  377  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  42.17 
 
 		 477 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  42.17 
 
 		 477 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  42.17 
 
 		 477 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  42.17 
 
 		 477 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  41.97 
 
 		 477 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.85 
 
 		 510 aa  340  4e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  41.16 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  41.16 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  41.16 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  41.16 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  41.16 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  41.16 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  41.16 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  41.16 
 
 		 477 aa  340  5e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.96 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  41.57 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  40.96 
 
 		 477 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  40.27 
 
 		 511 aa  331  2e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  38.34 
 
 		 497 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  40.2 
 
 		 478 aa  330  4e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  39.4 
 
 		 482 aa  329  6e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  38.54 
 
 		 497 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  40.56 
 
 		 477 aa  327  3e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  40.56 
 
 		 477 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  38.78 
 
 		 497 aa  325  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  38.14 
 
 		 497 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.75 
 
 		 497 aa  323  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.75 
 
 		 497 aa  323  4e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  39.81 
 
 		 505 aa  322  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  38.14 
 
 		 511 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  40.04 
 
 		 477 aa  321  1.9999999999999998e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  40.04 
 
 		 477 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  40.04 
 
 		 477 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 		 477 aa  320  3e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  38.7 
 
 		 497 aa  320  5e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  38.07 
 
 		 497 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.49 
 
 		 505 aa  318  2e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.7 
 
 		 489 aa  316  7e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  38.69 
 
 		 488 aa  316  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.06 
 
 		 480 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  38.51 
 
 		 485 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  39.04 
 
 		 508 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  38.8 
 
 		 487 aa  311  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.76 
 
 		 489 aa  312  1e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  35.59 
 
 		 493 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  37.8 
 
 		 489 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  36.8 
 
 		 481 aa  301  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.47 
 
 		 497 aa  301  2e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  36.91 
 
 		 488 aa  300  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  38.15 
 
 		 491 aa  300  4e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  38.72 
 
 		 530 aa  299  8e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1771  sigma-54 factor  38.99 
 
 		 474 aa  299  9e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0786495  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.21 
 
 		 521 aa  297  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0489  RNA polymerase factor sigma-54  38.8 
 
 		 493 aa  296  5e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.706481  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  38.26 
 
 		 498 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  38.26 
 
 		 498 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  37.43 
 
 		 502 aa  295  1e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  39.01 
 
 		 478 aa  295  1e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4167  sigma-54 (RpoN)  37.2 
 
 		 501 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0610813  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  37.68 
 
 		 492 aa  295  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  36.06 
 
 		 507 aa  295  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4298  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.01 
 
 		 501 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4320  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.01 
 
 		 501 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757017  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  39.36 
 
 		 493 aa  293  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.95 
 
 		 474 aa  293  6e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>