More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_R0045 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  82.17 
 
 		 1530 bp  831    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  936    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  936    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 		 1518 bp  928    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  84.71 
 
 		 1518 bp  938    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 		 1518 bp  928    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  936    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  936    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  85.85 
 
 		 1473 bp  1045    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  85.85 
 
 		 1473 bp  1045    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00481  16S ribosomal RNA  98.55 
 
 		 1513 bp  2813    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05580  16S ribosomal RNA  98.56 
 
 		 1534 bp  2843    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000356691  normal  0.21036 
 
 
-
 
NC_003295  RS05737  16S ribosomal RNA  98.55 
 
 		 1513 bp  2813    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000227304  normal  0.62291 
 
 
-
 
NC_003296  RS05422  ribosomal RNA-16S  98.56 
 
 		 1534 bp  2843    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000685174  normal  0.144485 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_16s_rrsA  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1488 bp  1988    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000103024  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_16s_rrsB  16S ribosomal RNA  91.99 
 
 		 1488 bp  1980    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000527918  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SC  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1488 bp  1988    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000559741  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SD  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1488 bp  1988    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000941939  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0007  16S ribosomal RNA  91.92 
 
 		 1526 bp  2026    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000074395  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 1538 bp  751    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 1538 bp  751    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 1538 bp  751    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  84.19 
 
 		 1538 bp  743    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 1538 bp  749    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0084  16S ribosomal RNA  91.92 
 
 		 1526 bp  2026    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000608912  normal  0.0264011 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0067  16S ribosomal RNA  91.98 
 
 		 1526 bp  2032    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000751539  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0017  16S ribosomal RNA  92.12 
 
 		 1526 bp  2036    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000179112  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0002  16S ribosomal RNA  87.73 
 
 		 1530 bp  1524    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222771  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0018  16S ribosomal RNA  87.73 
 
 		 1530 bp  1524    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.27678e-17  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0027  16S ribosomal RNA  87.73 
 
 		 1530 bp  1524    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.8382e-16  unclonable  0.000000115774 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0039  16S ribosomal RNA  87.73 
 
 		 1530 bp  1524    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.88908e-17  normal  0.953363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0020  16S ribosomal RNA  95.43 
 
 		 1528 bp  2470    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0174922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0053  16S ribosomal RNA  95.43 
 
 		 1528 bp  2470    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101501  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0063  16S ribosomal RNA  95.43 
 
 		 1528 bp  2470    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000907216  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0070  16S ribosomal RNA  95.37 
 
 		 1528 bp  2462    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0043837  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0078  16S ribosomal RNA  95.3 
 
 		 1528 bp  2464    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0108744  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0083  16S ribosomal RNA  95.43 
 
 		 1528 bp  2470    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0009  16S ribosomal RNA  90.13 
 
 		 1503 bp  1754    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.00000000257641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0041  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 		 1510 bp  1764    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000268779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0005  16S ribosomal RNA  92.13 
 
 		 1488 bp  1996    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000129468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1473  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1488 bp  1988    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000153483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3562  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1488 bp  1988    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1908  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1488 bp  1988    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000344763  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1527 bp  757    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 		 1527 bp  767    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 		 1527 bp  767    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 		 1527 bp  767    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 		 1527 bp  767    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 		 1527 bp  767    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  92.33 
 
 		 1480 bp  1963    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 1480 bp  1959    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0015  16S ribosomal RNA  92.4 
 
 		 1480 bp  1970    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000646037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  92.4 
 
 		 1480 bp  1970    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0075  16S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 1480 bp  1978    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000694489  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0001  16S ribosomal RNA  92.4 
 
 		 1480 bp  1970    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000508168  normal  0.804592 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0012  16S ribosomal RNA  88.81 
 
 		 1529 bp  1671    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000403377  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2047  16S ribosomal RNA  91.92 
 
 		 1489 bp  1968    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000488111  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1096  16S ribosomal RNA  91.98 
 
 		 1488 bp  1982    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366435  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2898  16S ribosomal RNA  91.98 
 
 		 1488 bp  1982    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000172238  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3095  16S ribosomal RNA  91.98 
 
 		 1488 bp  1982    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000377181  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0053  16S ribosomal RNA  88.59 
 
 		 1531 bp  1618    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0058  16S ribosomal RNA  88.59 
 
 		 1531 bp  1618    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0002  16S ribosomal RNA  90.08 
 
 		 1466 bp  1717    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000162067  normal  0.428716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0057  16S ribosomal RNA  90.08 
 
 		 1466 bp  1717    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000060523  normal  0.534107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0044  16S ribosomal RNA  89.01 
 
 		 1528 bp  1673    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.256781  normal  0.169307 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0025  16S ribosomal RNA  92.25 
 
 		 1490 bp  1219    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0074  16S ribosomal RNA  92.25 
 
 		 1490 bp  1219    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000757328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0084  16S ribosomal RNA  92.25 
 
 		 1490 bp  1219    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000010829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0001  16S ribosomal RNA  92.25 
 
 		 1490 bp  1219    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000273638  normal  0.12932 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0007  16S ribosomal RNA  92.25 
 
 		 1490 bp  1219    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000187832  normal  0.20635 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0012  16S ribosomal RNA  92.25 
 
 		 1490 bp  1219    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000135641  normal  0.0289138 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 1586 bp  646    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 1586 bp  646    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 1586 bp  646    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  86.08 
 
 		 1586 bp  646    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0054  16S ribosomal RNA  96.08 
 
 		 1527 bp  2549    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00023003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0064  16S ribosomal RNA  96.08 
 
 		 1527 bp  2549    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000114469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0070  16S ribosomal RNA  96.08 
 
 		 1527 bp  2549    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000020982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0075  16S ribosomal RNA  96.08 
 
 		 1527 bp  2549    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000293987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1526 bp  2038    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0040  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1527 bp  2032    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000422035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0055  16S ribosomal RNA  91.99 
 
 		 1526 bp  2030    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000262376  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0066  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1527 bp  2032    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000961074  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0071  16S ribosomal RNA  92.12 
 
 		 1526 bp  2046    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000358619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0083  16S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 1526 bp  2034    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000003607  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0016  16S ribosomal RNA  83.26 
 
 		 1531 bp  809    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000811527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0023  16S ribosomal RNA  83.26 
 
 		 1531 bp  809    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000872665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0083  16S ribosomal RNA  83.26 
 
 		 1531 bp  809    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000766341  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1532 bp  642    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1532 bp  650    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0003  16S ribosomal RNA  92.12 
 
 		 1526 bp  2036    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000145483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>