158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4980 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  74.06 
 
 		 640 aa  976    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  100 
 
 		 640 aa  1321    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  74.69 
 
 		 640 aa  958    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  98.1 
 
 		 632 aa  1278    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  74.69 
 
 		 640 aa  958    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  41.03 
 
 		 625 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  40.61 
 
 		 626 aa  458  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  38.2 
 
 		 616 aa  451  1e-125  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  40.14 
 
 		 630 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  39.64 
 
 		 611 aa  430  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  40 
 
 		 556 aa  378  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  40 
 
 		 556 aa  378  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  40 
 
 		 556 aa  378  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  40 
 
 		 556 aa  378  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  38.67 
 
 		 636 aa  369  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  33.44 
 
 		 618 aa  367  1e-100  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  33.44 
 
 		 618 aa  367  1e-100  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  37.52 
 
 		 595 aa  360  3e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  37.55 
 
 		 554 aa  335  2e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  37.33 
 
 		 551 aa  326  7e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  37.06 
 
 		 560 aa  318  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  37.45 
 
 		 572 aa  317  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  37.45 
 
 		 562 aa  317  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  37.92 
 
 		 509 aa  309  8e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  33.08 
 
 		 548 aa  280  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  36.2 
 
 		 547 aa  279  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  29.41 
 
 		 618 aa  278  2e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  36.42 
 
 		 552 aa  275  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  37.32 
 
 		 422 aa  261  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  32.32 
 
 		 547 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  34.02 
 
 		 542 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  29.67 
 
 		 541 aa  249  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  29.67 
 
 		 541 aa  249  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  29.67 
 
 		 541 aa  249  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  29.67 
 
 		 541 aa  249  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  29.23 
 
 		 614 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  45.45 
 
 		 291 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  31.24 
 
 		 536 aa  241  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  33.13 
 
 		 599 aa  229  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  33.13 
 
 		 599 aa  229  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  33.94 
 
 		 382 aa  217  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  37.86 
 
 		 322 aa  209  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  30.15 
 
 		 560 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  28.93 
 
 		 550 aa  190  8e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  34.1 
 
 		 497 aa  180  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  28.7 
 
 		 649 aa  152  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  28.66 
 
 		 617 aa  150  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  26.97 
 
 		 617 aa  147  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  27.83 
 
 		 810 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  25.93 
 
 		 733 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  25.5 
 
 		 560 aa  137  7.000000000000001e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  27.18 
 
 		 677 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  27.13 
 
 		 652 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  27.13 
 
 		 652 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  27.13 
 
 		 652 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1983  TnsA endonuclease  22.87 
 
 		 886 aa  134  7.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.176363 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  24.69 
 
 		 558 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  24.52 
 
 		 558 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  26.17 
 
 		 902 aa  125  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  24.89 
 
 		 575 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  29.1 
 
 		 721 aa  121  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  24.89 
 
 		 662 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  24.89 
 
 		 662 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  23.86 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  23.86 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  28.06 
 
 		 905 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  28.06 
 
 		 905 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  28.06 
 
 		 905 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  28.06 
 
 		 905 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  28.06 
 
 		 905 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  24.82 
 
 		 704 aa  117  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  26.27 
 
 		 561 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  25.13 
 
 		 581 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  26.57 
 
 		 663 aa  111  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  25.09 
 
 		 614 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  25.09 
 
 		 614 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  25.09 
 
 		 614 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  25.06 
 
 		 567 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3935  putative transposase  25.38 
 
 		 697 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  24.3 
 
 		 902 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5369  Integrase catalytic region  24.16 
 
 		 907 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.295571 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  23.95 
 
 		 555 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  24.34 
 
 		 468 aa  107  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  24.79 
 
 		 653 aa  107  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  22.8 
 
 		 481 aa  104  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  23.34 
 
 		 481 aa  103  7e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  25.84 
 
 		 497 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  25.84 
 
 		 497 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  25.84 
 
 		 497 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1659  Integrase catalytic region  24.26 
 
 		 922 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  24.21 
 
 		 650 aa  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  24.3 
 
 		 670 aa  101  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  22.74 
 
 		 636 aa  99.4  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  25 
 
 		 900 aa  96.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  25 
 
 		 900 aa  96.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  27.54 
 
 		 774 aa  94.7  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  27.74 
 
 		 785 aa  90.1  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  25.67 
 
 		 644 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  23.77 
 
 		 782 aa  87  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  21.26 
 
 		 721 aa  85.1  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>