More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4765 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  66.01 
 
 
563 aa  720    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
557 aa  1113    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
557 aa  1113    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  60.39 
 
 
562 aa  634  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  59.12 
 
 
568 aa  624  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  55.65 
 
 
615 aa  600  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  52.75 
 
 
563 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  52.67 
 
 
563 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
559 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 
563 aa  332  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  36.76 
 
 
524 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  41.35 
 
 
459 aa  300  5e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 
551 aa  294  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  38.46 
 
 
454 aa  294  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  37.72 
 
 
459 aa  291  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  40.09 
 
 
453 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  36.16 
 
 
454 aa  287  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  38.32 
 
 
454 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  38.32 
 
 
454 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  37.84 
 
 
455 aa  280  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  37.46 
 
 
557 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  38.08 
 
 
454 aa  278  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  36.94 
 
 
454 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  36.84 
 
 
454 aa  277  4e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  36.71 
 
 
454 aa  276  8e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  36.94 
 
 
454 aa  276  9e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  36.71 
 
 
454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  37.28 
 
 
466 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  36.71 
 
 
454 aa  272  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  36.68 
 
 
457 aa  260  4e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  36.46 
 
 
561 aa  240  5e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 
565 aa  231  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  36.4 
 
 
591 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 
451 aa  219  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  35.01 
 
 
457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 
453 aa  191  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  26.73 
 
 
518 aa  164  4.0000000000000004e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  25.9 
 
 
518 aa  151  4e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  31.97 
 
 
427 aa  149  9e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  24.7 
 
 
448 aa  147  5e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  29.56 
 
 
609 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  29.2 
 
 
609 aa  145  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  28.81 
 
 
584 aa  141  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  28.84 
 
 
590 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  28.84 
 
 
590 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  30.22 
 
 
580 aa  136  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  31.27 
 
 
565 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  32.96 
 
 
565 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 
593 aa  124  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  28.26 
 
 
448 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 
570 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  30.22 
 
 
501 aa  115  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  29.77 
 
 
435 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  30 
 
 
450 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.64 
 
 
569 aa  113  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  30.96 
 
 
443 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 
446 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  28.85 
 
 
393 aa  103  8e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0937  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.95 
 
 
345 aa  89  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.24401  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  29.01 
 
 
453 aa  82  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  27.82 
 
 
466 aa  80.9  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0033  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.89 
 
 
361 aa  79.3  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.648797  normal  0.336703 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0951  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  22.59 
 
 
485 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0932  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  22.59 
 
 
485 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.210053  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.94 
 
 
551 aa  77.8  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  29.17 
 
 
394 aa  77.8  0.0000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  25.71 
 
 
561 aa  75.1  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  24.93 
 
 
559 aa  75.5  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2266  amino acid adenylation  24.86 
 
 
1369 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654953  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  27.69 
 
 
518 aa  74.7  0.000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 
458 aa  73.9  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  26.65 
 
 
546 aa  73.6  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2116  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 
539 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.528716 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1793  amino acid adenylation  26.87 
 
 
1370 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0250793 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0524  AMP-dependent synthetase and ligase  25.82 
 
 
525 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319633  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 
508 aa  72.4  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2364  AMP-dependent synthetase and ligase  24.21 
 
 
497 aa  72  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472982  normal  0.0410842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1960  non-ribosomal peptide synthase:amino acid adenylation  23.36 
 
 
2883 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.77716 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  27.08 
 
 
517 aa  71.6  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  20.23 
 
 
474 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  22.34 
 
 
591 aa  70.9  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  26.75 
 
 
411 aa  70.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1846  peptide synthase  23.88 
 
 
4502 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02012  acetyl-coenzyme A synthetase  26.47 
 
 
539 aa  70.1  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4115  AMP-dependent synthetase and ligase  26.52 
 
 
517 aa  69.7  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  22.14 
 
 
495 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.215812  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4602  AMP-dependent synthetase and ligase  26.59 
 
 
506 aa  69.7  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.666881  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  23.62 
 
 
512 aa  70.1  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  25.07 
 
 
542 aa  69.3  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.29536 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.87 
 
 
513 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2563  antibiotic biosynthesis protein, putative  27.25 
 
 
923 aa  68.6  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136066  normal  0.595112 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  28.28 
 
 
403 aa  68.6  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0186  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 
503 aa  68.2  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  23.63 
 
 
490 aa  68.6  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  23.84 
 
 
518 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2576  amino acid adenylation  23.79 
 
 
3165 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25 
 
 
562 aa  67.8  0.0000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0144  AMP-dependent synthetase and ligase  26.23 
 
 
504 aa  67.8  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.846465  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  26.92 
 
 
527 aa  67.8  0.0000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  24.29 
 
 
526 aa  67  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>