154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4610 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3534  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  100 
 
 
286 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4610  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  100 
 
 
276 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2787  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  51.64 
 
 
254 aa  268  5e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.856388  normal  0.976704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3803  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  49.8 
 
 
252 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32610  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  48.21 
 
 
256 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.347111  normal  0.0253122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4237  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  48.21 
 
 
252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.919377  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2762  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  47.81 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.194838  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1627  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  48.18 
 
 
252 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4241  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  47.26 
 
 
268 aa  230  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.143049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3938  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  47.71 
 
 
249 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.450979  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2396  thiol:disulfide interchange protein  46.56 
 
 
280 aa  224  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.903284  normal  0.517846 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05940  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  47.18 
 
 
257 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00000139676  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2396  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  41.95 
 
 
257 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000025188  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1355  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  43.14 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.617458  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0765  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  38.04 
 
 
248 aa  195  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.527932 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2594  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  42.31 
 
 
255 aa  193  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.67724  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0625  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  38.55 
 
 
248 aa  192  7e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0625  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  37.94 
 
 
268 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00573  periplasmic disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  38 
 
 
253 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.023443  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3020  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  37.7 
 
 
248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0690  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  37.7 
 
 
248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.678233  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0656  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  37.7 
 
 
248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3039  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  37.7 
 
 
248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00562  hypothetical protein  38 
 
 
247 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0306036  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0719  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  38.71 
 
 
268 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.635315  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0660  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  38.71 
 
 
268 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0646  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  38.43 
 
 
248 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0704  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  38.04 
 
 
248 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.970694  normal  0.0618042 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4182  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  37.4 
 
 
251 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2031  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  31.94 
 
 
253 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5854  protein-disulfide isomerase-like protein  37.45 
 
 
333 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1397  Fis family transcriptional regulator  32.67 
 
 
272 aa  122  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.837797  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0518  thiol:disulfide interchange protein DsbG  39.34 
 
 
141 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1085  thiol:disulfide interchange domain protein  27.62 
 
 
274 aa  89.4  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00153173  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1872  thiol:disulfide interchange protein, putative  28.31 
 
 
255 aa  87.8  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1547  hypothetical protein  28.31 
 
 
283 aa  87.8  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116305 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2228  hypothetical protein  30.67 
 
 
208 aa  87  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1896  hypothetical protein  32.05 
 
 
201 aa  86.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.649573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2246  dsbG domain protein  32.05 
 
 
201 aa  86.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.119068  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0452  hypothetical protein  32.87 
 
 
203 aa  75.1  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.912774  hitchhiker  0.000257257 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0275  thiol:disulfide interchange domain protein  32.87 
 
 
203 aa  75.1  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0514  thiol:disulfide interchange protein DsbG  36.36 
 
 
122 aa  73.6  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1853  Fis family transcriptional regulator  31.98 
 
 
201 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.70818 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1057  hypothetical protein  28.03 
 
 
222 aa  67.4  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000413495  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1615  disulfide isomerase/thiol-disulfide oxidase  30.43 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.110652  hitchhiker  0.00109876 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1943  dsbG domain protein  30.43 
 
 
225 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0209968  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2560  hypothetical protein  33.9 
 
 
302 aa  62.8  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2947  thiol:disulfide interchange protein DsbG, putative  33.9 
 
 
302 aa  62.8  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3811  hypothetical protein  26.54 
 
 
193 aa  62.4  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1066  thiol:disulfide interchange protein  26.98 
 
 
261 aa  62  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000006488  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2771  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  30.3 
 
 
254 aa  58.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.756706  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0642  thiol:disulfide interchange protein  24.77 
 
 
275 aa  57.4  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.374404  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2706  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  25.12 
 
 
241 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0140  putative thiol:disulfide interchange protein  22.33 
 
 
237 aa  56.2  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.303259  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4190  hypothetical protein  28.39 
 
 
430 aa  55.8  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2559  hypothetical protein  32 
 
 
231 aa  55.5  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.948214  normal  0.318604 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1018  thiol:disulfide interchange domain protein  28.1 
 
 
182 aa  55.8  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.977804  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2103  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  32.69 
 
 
237 aa  55.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.84966 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3850  hypothetical protein  24.76 
 
 
354 aa  55.5  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3891  thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.79 
 
 
238 aa  55.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.305682  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4214  hypothetical protein  22.5 
 
 
301 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000071573  normal  0.744992 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2299  hypothetical protein  29.93 
 
 
399 aa  53.5  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.441757  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1150  hypothetical protein  29.84 
 
 
267 aa  53.1  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000405305  normal  0.155093 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0323  protein-disulfide isomerase  28.34 
 
 
250 aa  52.8  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3504  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  26.19 
 
 
241 aa  52  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478883  normal  0.0108218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16050  thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.41 
 
 
242 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3784  protein-disulfide isomerase  25.65 
 
 
253 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00018308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1382  thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.41 
 
 
242 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000549688  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4644  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.57 
 
 
240 aa  51.6  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0453  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  26.19 
 
 
241 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3190  putative thiol:disulfide interchange protein  22.28 
 
 
252 aa  51.2  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00541638  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2681  hypothetical protein  31.33 
 
 
262 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000484489 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2579  protein-disulfide isomerase-like  31.82 
 
 
242 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0526  protein-disulfide isomerase-like protein  31.82 
 
 
242 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0646  thiol:disulfide interchange protein DsbC  24.35 
 
 
238 aa  50.4  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0884  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  31.36 
 
 
246 aa  50.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.776267  normal  0.695906 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0498  protein-disulfide isomerase-like protein  31.82 
 
 
242 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1571  hypothetical protein  27.37 
 
 
236 aa  50.1  0.00004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3035  thiol:disulfide interchange protein  26.71 
 
 
249 aa  50.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3004  protein-disulfide isomerase-like protein  25.67 
 
 
262 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0227664  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1124  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  29.66 
 
 
237 aa  49.7  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1382  hypothetical protein  27.37 
 
 
236 aa  49.7  0.00005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0584066  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0862  thiol:disulfide interchange protein DsbC  24.87 
 
 
238 aa  49.3  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3613  protein-disulfide isomerase-like  30.91 
 
 
242 aa  48.9  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2931  Thioredoxin, conserved site  29.57 
 
 
236 aa  48.5  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.353115  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6169  thiol-disulfide isomerase  26.61 
 
 
238 aa  48.5  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00370649  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2738  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.23 
 
 
242 aa  48.5  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3621  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.57 
 
 
236 aa  48.5  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2868  protein-disulfide isomerase-like protein  30 
 
 
242 aa  48.1  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0799094  normal  0.459288 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0153  putative thiol:disulfide interchange protein  23.2 
 
 
238 aa  48.9  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.313521 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2157  thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.35 
 
 
265 aa  48.1  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2892  thiol:disulfide interchange protein  23.29 
 
 
248 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3367  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  29.66 
 
 
245 aa  47.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1803  hypothetical protein  27.91 
 
 
260 aa  47.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000076837  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0260  protein-disulfide isomerase  27.81 
 
 
250 aa  47  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0880  thiol:disulfide interchange protein DsbC  22.5 
 
 
238 aa  46.6  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.331864  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3848  thiol:disulfide interchange protein DsbC  22.5 
 
 
238 aa  46.6  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0921  thiol:disulfide interchange protein DsbC  22.5 
 
 
238 aa  46.6  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2768  thiol:disulfide interchange protein  25 
 
 
248 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.342173 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0455  protein-disulfide isomerase-like protein  28.44 
 
 
242 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0600413 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>