136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4536 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3464  FMN-binding negative transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  434  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.272985 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4536  FMN-binding negative transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  434  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.856573 
 
 
-
 
NC_003296  RS01760  hypothetical protein  77.83 
 
 		 212 aa  338  4e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.233372 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4524  negative transcriptional regulator  76.19 
 
 		 216 aa  332  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00396175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3110  negative transcriptional regulator  74.53 
 
 		 212 aa  323  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5257  negative transcriptional regulator  74.53 
 
 		 212 aa  323  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1423  FMN-binding domain-containing protein  72.17 
 
 		 212 aa  321  5e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.607978  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1557  transcriptional regulator PaiB-like protein  71.7 
 
 		 253 aa  320  7e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204051  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3062  transcriptional regulator, putative  71.7 
 
 		 212 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1228  putative transcriptional regulator  71.7 
 
 		 212 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0639  putative transcriptional regulator  71.7 
 
 		 212 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1455  FMN-binding domain-containing protein  71.7 
 
 		 212 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0514  putative transcriptional regulator  71.7 
 
 		 212 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2821  transcriptional regulator, putative  71.23 
 
 		 212 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0396  negative transcriptional regulator  72.86 
 
 		 212 aa  317  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5016  FMN-binding negative transcriptional regulator  73.11 
 
 		 212 aa  316  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.213786  normal  0.76718 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5144  FMN-binding negative transcriptional regulator  73.33 
 
 		 212 aa  315  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.081926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4616  negative transcriptional regulator  72.86 
 
 		 212 aa  315  4e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3457  FMN-binding negative transcriptional regulator  71.7 
 
 		 212 aa  310  9e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.693471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09790  putative transcriptional regulator  69.57 
 
 		 212 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0910  transcriptional regulator  67.14 
 
 		 212 aa  305  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5850  FMN-binding negative transcriptional regulator  68.87 
 
 		 212 aa  301  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.827228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4832  FMN-binding negative transcriptional regulator  68.63 
 
 		 212 aa  283  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2039  hypothetical protein  66.5 
 
 		 210 aa  280  1e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3490  Negative transcriptional regulator  60.38 
 
 		 216 aa  272  3e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4171  negative transcriptional regulator  61.58 
 
 		 213 aa  262  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6892  FMN-binding negative transcriptional regulator  60.19 
 
 		 216 aa  255  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199077  normal  0.214366 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2223  FMN-binding negative transcriptional regulator  58.13 
 
 		 227 aa  252  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128259 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2937  negative transcriptional regulator  57.34 
 
 		 223 aa  247  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2440  negative transcriptional regulator  54.63 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0623285  normal  0.532082 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1405  FMN-binding negative transcriptional regulator  54.68 
 
 		 206 aa  224  8e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3744  FMN-binding negative transcriptional regulator  49.48 
 
 		 214 aa  194  6e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0134  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.27 
 
 		 207 aa  191  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.435875 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5634  negative transcriptional regulator  50 
 
 		 217 aa  191  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166021  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6076  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.8 
 
 		 214 aa  190  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3387  negative transcriptional regulator  47.94 
 
 		 213 aa  186  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1673  FMN-binding negative transcriptional regulator  49.72 
 
 		 219 aa  185  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2006  transcriptional regulator, putative  49.72 
 
 		 219 aa  185  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0027  FMN-binding negative transcriptional regulator  49.46 
 
 		 209 aa  184  9e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.467521 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5057  negative transcriptional regulator  46.39 
 
 		 212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0073129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0091  negative transcriptional regulator  49.18 
 
 		 205 aa  180  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2807  transcriptional regulator, putative  49.16 
 
 		 218 aa  180  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.233937  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2433  FMN-binding negative transcriptional regulator  49.16 
 
 		 218 aa  180  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00303402  hitchhiker  0.0000000627876 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2763  FMN-binding negative transcriptional regulator  49.16 
 
 		 218 aa  180  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.124259 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4597  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.33 
 
 		 212 aa  177  8e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.300981  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4337  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.5 
 
 		 216 aa  177  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5505  transcriptional regulator, putative  45.36 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0662  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.96 
 
 		 208 aa  174  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0131  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.9 
 
 		 210 aa  170  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5392  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.78 
 
 		 209 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104323 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3644  transcriptional regulator protein  46.63 
 
 		 212 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0275  negative transcriptional regulator  43.43 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.594714  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3707  negative transcriptional regulator  40.31 
 
 		 202 aa  165  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0908965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5343  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.93 
 
 		 209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.85549  unclonable  0.000000472337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2930  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.18 
 
 		 208 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6596  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.16 
 
 		 211 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127183  normal  0.105964 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5252  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.02 
 
 		 209 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.593041 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2719  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.18 
 
 		 211 aa  161  7e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.73362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1155  negative transcriptional regulator  42.93 
 
 		 218 aa  159  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.24 
 
 		 210 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5118  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.77 
 
 		 209 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000184887  normal  0.127923 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1141  FMN-binding negative transcriptional regulator  42.36 
 
 		 212 aa  156  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101905 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2455  negative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.361522  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1332  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.75 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3864  negative transcriptional regulator  41.88 
 
 		 208 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4176  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.36 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00181829  normal  0.167994 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50195  predicted protein  36.04 
 
 		 221 aa  148  6e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.273335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3668  negative transcriptional regulator  35.9 
 
 		 251 aa  148  8e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2380  FMN-binding negative transcriptional regulator  40.72 
 
 		 202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.49 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5075  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.25 
 
 		 207 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8096  FMN-binding negative transcriptional regulator  40.31 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0395  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.75 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0976  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.14 
 
 		 200 aa  138  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0083  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.81 
 
 		 200 aa  135  5e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4787  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.1 
 
 		 218 aa  132  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0243  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.29 
 
 		 209 aa  132  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0091  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.07 
 
 		 205 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3512  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 205 aa  128  6e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0096  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.56 
 
 		 205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4259  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.56 
 
 		 205 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0092  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.56 
 
 		 205 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3641  negative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 210 aa  122  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.691719  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0853  negative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3526  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.87 
 
 		 199 aa  118  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.02519 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3311  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.87 
 
 		 199 aa  118  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.262888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3571  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.87 
 
 		 199 aa  118  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2431  negative transcriptional regulator  35.78 
 
 		 206 aa  117  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3225  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  34.47 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2334  negative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188338  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2407  negative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1997  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  31.98 
 
 		 207 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3276  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.64 
 
 		 207 aa  116  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0785112  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3253  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.64 
 
 		 207 aa  115  6e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3511  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.85 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3223  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.690612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3532  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  32.82 
 
 		 219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2953  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.64 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.636626  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1658  negative transcriptional regulator  37.44 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3371  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.44 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.721094  normal  0.299438 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>