More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4477 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 288 aa  578  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 288 aa  578  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  69.82 
 
 		 292 aa  404  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 287 aa  348  8e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  63.35 
 
 		 289 aa  342  4e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  60.28 
 
 		 289 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  60.28 
 
 		 289 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  60.63 
 
 		 289 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  58.95 
 
 		 293 aa  333  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  56.49 
 
 		 311 aa  308  5e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  56.49 
 
 		 311 aa  308  5e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  54.06 
 
 		 295 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 305 aa  278  7e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 299 aa  278  8e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 305 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 305 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 311 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 311 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 311 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 289 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 299 aa  175  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  38.21 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 293 aa  168  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 295 aa  145  9e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  34.63 
 
 		 286 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 314 aa  136  4e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 274 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 313 aa  125  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  30.57 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 317 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.93 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 317 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  31.33 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  29.29 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 322 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 322 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 293 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 332 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>